More slides and code

02_Regression/lm.R

@@ -3,24 +3,36 @@ library(broom)
 
 data(iris)
 
+# Création du modèle
 fit <- lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = iris)
 
+# Résultat
 fit
 
+# Résultat détaillé
 fit %>% summary
 
+# Test de corrélation
 cor.test(iris$Sepal.Length, iris$Petal.Length)
 
+# Coefficient de corrélation -> R²
 cor.test(iris$Sepal.Length, iris$Petal.Length)$estimate ^ 2
 
+# Utilisation de broom pour extraire les données du modèle
+
+# Glance -> paramètres du modèle
 fit %>% glance
 
+# Tidy -> résultats pour chaque prédicteur
 fit %>% tidy
 
+# Augment -> détail pour chaque observation
 fit %>% augment
 
+# Diagnostic du modèle
 fit %>% plot
 
+# Prédiction de valeurs
 tibble(Petal.Length = 1:7,
        Sepal.Length = predict(fit, tibble(Petal.Length = Petal.Length))) -> pred
 
@@ -31,3 +43,50 @@ iris %>%
   # geom_abline(intercept = fit %>% tidy %>% filter(term == "(Intercept)") %>% pull(estimate),
               # slope = fit %>% tidy %>% filter(term == "Petal.Length") %>% pull(estimate)) +
   geom_point(data = pred, aes(x = Petal.Length, y = Sepal.Length), color = "red")
+
+# Exemple avec gapminder
+library(gapminder)
+data(gapminder)
+
+gapminder %>%
+  ggplot() +
+  aes(x = year, y = lifeExp, group = country) +
+  geom_line()
+
+gapminder %>%
+  filter(country == "France") -> france
+
+lm(lifeExp ~ year, data = france) -> fit_fr
+
+fit_fr %>% glance
+fit_fr %>% tidy
+
+france %>%
+  ggplot() +
+  aes(x = year, y = lifeExp) +
+  geom_line()
+
+tibble(year = 2008:2050,
+       lifeExp = predict(fit_fr, tibble(year = year))) -> pred
+
+france %>%
+  bind_rows(pred) %>%
+  ggplot() +
+  aes(x = year, y = lifeExp) +
+  geom_line()
+
+gapminder %>%
+  group_by(continent, country) %>%
+  do(rsquared = lm(data = ., lifeExp ~ year) %>% glance %>% pull(r.squared)) %>%
+  unnest -> rsq
+
+rsq %>%
+  ggplot() +
+  aes(x = rsquared) +
+  geom_histogram()
+
+rsq %>%
+  mutate(country = country %>% fct_reorder(rsquared)) %>%
+  ggplot() +
+  aes(x = rsquared, y = country, color = continent) +
+  geom_point()