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- library(tidyverse)
- library(FactoMineR)
- library(Rtsne)
-
- # PCA
-
- iris %>%
- PCA(quali.sup = 5, graph = F) -> pca_iris
-
- pca_iris
-
- summary(pca_iris)
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- plot(pca_iris, choix = "var")
- plot(pca_iris, choix = "ind")
-
- plotellipses(pca_iris)
-
- # t-SNE
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- iris %>%
- select(-Species) %>%
- Rtsne(check_duplicates = F,
- pca = F,
- verbose = T) -> tsne_iris
-
- tsne_iris
-
- tsne_iris$Y %>%
- as.tibble %>%
- ggplot() +
- aes(x = V1, y = V2) +
- geom_point()
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