Fichier paramétrisé

endoscopies.rmd

@@ -18,6 +18,11 @@ library(knitr)
 library(magrittr)
 library(stringr)
 
+endoscopies <- params$endoscopies
+endoscopies_ext <- params$endoscopies_ext
+endoscopies_hos <- params$endoscopies_hos
+liste_actes <- params$liste_actes
+
 opts_chunk$set(message = F,
                echo = F,
                warning = F)
@@ -71,7 +76,7 @@ liste_actes %>%
 ## Total
 
 ```{r global_total}
-endoscopies() %>%
+endoscopies %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue)) %>%
   datatable(rownames = F,
             extensions = "Buttons")
@@ -79,7 +84,7 @@ endoscopies() %>%
 
 ## Par service exécutant
 ```{r global_par_service}
-endoscopies() %>%
+endoscopies %>%
   group_by(Service) %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue)) %>%
   ungroup %>%
@@ -92,7 +97,7 @@ endoscopies() %>%
 
 ## Total
 ```{r ext_total}
-endoscopies_ext() %>%
+endoscopies_ext %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue),
             Valorisation = sum(Tarif)) %>%
   datatable(rownames = F,
@@ -102,7 +107,7 @@ endoscopies_ext() %>%
 
 ## Par appareil
 ```{r ext_par_appareil}
-endoscopies_ext() %>%
+endoscopies_ext %>%
   group_by(Appareil) %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue),
             Valorisation = sum(Tarif)) %>%
@@ -114,7 +119,7 @@ endoscopies_ext() %>%
 
 ## Par acte
 ```{r ext_par_acte}
-endoscopies_ext() %>%
+endoscopies_ext %>%
   group_by(Acte, Acte_libelle) %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue),
             Valorisation = sum(Tarif)) %>%
@@ -129,7 +134,7 @@ endoscopies_ext() %>%
 
 ## Par service exécutant
 ```{r ext_par_service}
-endoscopies_ext() %>%
+endoscopies_ext %>%
   group_by(Service) %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue),
             Valorisation = sum(Tarif)) %>%
@@ -142,7 +147,7 @@ endoscopies_ext() %>%
 
 ## Par service exécutant et par acte
 ```{r ext_par_acte_et_service}
-endoscopies_ext() %>%
+endoscopies_ext %>%
   group_by(Service, Acte, Acte_libelle) %>%
   summarise(Venues = n_distinct(Venue),
             Valorisation = sum(Tarif)) %>%
@@ -161,7 +166,7 @@ endoscopies_ext() %>%
 
 ## Total
 ```{r total_hos}
-endoscopies_hos() %>%
+endoscopies_hos %>%
   summarise(RSS = n(),
             Valorisation = sum(Valorisation)) %>%
   datatable(rownames = F,
@@ -171,7 +176,7 @@ endoscopies_hos() %>%
 
 ## Par durée d'hospitalisation
 ```{r hos_par_durée}
-endoscopies_hos() %>%
+endoscopies_hos %>%
   group_by(Type_duree) %>%
   summarise(RSS = n(),
             Valorisation = sum(Valorisation)) %>%
@@ -185,7 +190,7 @@ endoscopies_hos() %>%
 
 ### 0 ou 1j
 ```{r ghm_hos_0j}
-endoscopies_hos() %>%
+endoscopies_hos %>%
   filter(Type_duree == "0 ou 1 j") %>%
   group_by(GHM, GHM_libelle) %>%
   summarise(RSS = n(),
@@ -202,7 +207,7 @@ endoscopies_hos() %>%
 
 ### 1+ j
 ```{r ghm_hos_1j}
-endoscopies_hos() %>%
+endoscopies_hos %>%
   filter(Type_duree == "1+ j") %>%
   group_by(GHM, GHM_libelle) %>%
   summarise(RSS = n(),