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Maxime Wack bcbbe265f1 Basé entièrement sur `httr` désormais 2 years ago
.gitignore Updated .gitignore 3 years ago
README.md Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
README.png Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
README.svg Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
cloture.Rmd Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
donnees.R Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
donnees.sh Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago
exhaustivite.wid Requête BO paramétrisée 2 years ago
functionsOvalide.R Basé entièrement sur `httr` désormais 2 years ago
listOvalide.csv Init commit 3 years ago
render.sh Revert "Retrait des fichiers de script et de données" 2 years ago

README.md

Scripts d’automatisation de cloture mensuelle

Installation

Les scripts ont été développés sous R version 3.3.1, à l’aide des packages suivants :

  • Versions stables (CRAN)

    • tidyr 0.5.1
    • ggplot2 2.1.0
    • lubridate 1.5.6
    • rvest 0.3.2
    • stringr 1.0.0
    • readr 0.2.2
    • magrittr 1.5
    • dplyr 0.5.0
    • knitr 1.13
    • rmarkdown 1.0
    • htmlwidgets 0.7
  • Versions de développement (github)

    • DT 0.1.57

Ces paquets sont installés au niveau système pour tous les utilisateurs livenne.

Utilisation

La génération du rapport est séparée en deux parties :

  • l’acquisition et le pré-traitement des données
  • la génération du rapport en lui-même

Acquisition des données

Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects exhaustivite.wid présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = “,”) sous le nom exhau_pims.csv dans le répertoire du script.

Le script donnees.sh appelle le script donnees.R qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL (tables fix116, fix117, mvt_gam et structure) sur livenne et données ePMSI sur le site de l’ATIH, exhaustivité WebBIMS dans le fichier exhau_pims.csv, tableaux ePMSI CCEG+CHU de 2015 pré-assemblés dans le fichier Ovalide.Rdata (nécessaires uniquement pour les bilans de 2016). Les tableaux ePMSI sont archivés dans le dossier ePMSI.

Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants :

  • nom d’utilisateur de session CHU
  • mot de passe de session CHU (pour passer à travers le proxy)

  • nom d’utilisateur ePMSI

  • mot de passe ePMSI (pour télécharger les tableaux depuis ePMSI)

  • nom d’utilisateur MySQL livenne

  • mot de passe MySQL livenne (pour interroger la base de données)

  • annee de la clôture

  • mois de la clôture

Un appel incorrect au script rappelle les paramètres de ligne de commande à utiliser. Les noms d’utilisateurs/mots de passe contenant des caractères spéciaux (autres qu’alphanumériques) doivent être entourés de guillemets.

Le script donnees.R utilise le fichier Ovalide.Rdata contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier exhau.Rdata pour sauvegarder les données d’exhaustivité depuis le début de l’année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d’année.

Les données récupérées et pré-traitées son enregistrées dans le fichier donnees.Rdata pour l’utilisation par le script de génération du rapport.

Le fichier gam.csv est généré. Il contient les séjours présents dans la base de mouvements (GAM), mais qui n’ont ni été envoyés à l’ATIH, ni sont connus comme étant non exhaustifs dans WebPIMS. Il s’agit principalement d’erreurs de la base GAM (annulations, transformations) à corriger.

Génération du rapport

Le script render.sh appelle la commande render de Rmarkdown pour générer le rapport de clôture cloture.html à partir du fichier cloture.Rmd. Celui-ci génère les différents tableaux et figures à la volée à partir des données pré-traitées fournies par donnees.R dans le fichier donnees.Rdata.

Le fichier cloture.html généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire au-dessus dans l’arborescence (/var/www/html/cloture). Ce fichier doit également être copié dans le répertoire archive sous la forme clotureANNEE_MOIS.html pour archivage.