From 03aafee33d19d4a0e5f3be07c72bfdc3c5d870e9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Maxime Wack Date: Tue, 5 Jul 2016 16:42:24 +0200 Subject: [PATCH] Format export webpims --- README.md | 2 +- donnees.R | 2 +- 2 files changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 850a578..9b05ee9 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -32,7 +32,7 @@ Il convient pour le moment d'**archiver** le rapport précédent dans le sous-r ### Acquisition des données -Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **Exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (format par défaut : séparateur = ",") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script. +Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **Exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ";") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script. Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH). Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants : * nom d'utilisateur de session CHU diff --git a/donnees.R b/donnees.R index fbf4918..325feba 100644 --- a/donnees.R +++ b/donnees.R @@ -159,7 +159,7 @@ exhau[exhau$mois == mois,]$manq <- gam %>% nrow save(exhau, file = "exhau.Rdata") # Données extraites de web100T pour l'exhaustivité par service -exhau_pims <- read_csv("exhau_pims.csv", locale = locale(encoding = "ISO-8859-1")) +exhau_pims <- read_csv2("exhau_pims.csv") names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie") exhau_pims %<>%