diff --git a/donnees.R b/donnees.R index 65d0fa7..535bf27 100644 --- a/donnees.R +++ b/donnees.R @@ -20,7 +20,7 @@ if (length(arguments) != 13) mois <- as.numeric(arguments[13]) } -# Récupération des fichiers ePMSI +# Récupération des fichiers ePMSI ---- print("1/9 - Connexion à ePMSI") connectOvalide(CHUuser, CHUpass, ATIHuser, ATIHpass) print(str_c("2/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee, sep = " ")) @@ -49,7 +49,7 @@ read.csv2("listOvalide.csv") %>% names(OvalideP) <<- .$name } -# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU +# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU ---- if (annee == 2016) { load("Ovalide.Rdata") @@ -57,11 +57,11 @@ if (annee == 2016) rm("CCEGCHU2015") } -# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées. +# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées. ---- unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee, mois, "html", sep = ".")) unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee - 1, mois, "html", sep = ".")) -# RUM + structure + calcul durée de séjour +# RUM + structure + calcul durée de séjour ---- print("5/9 - LIVENNE : RUM et structure") src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>% tbl(sql("SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix116 @@ -89,12 +89,12 @@ src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>% left_join(group_by(., idrss) %>% summarise(duree_rss = sum(duree_rum))) -> rum -# CLOS14 Hémato +# CLOS14 Hémato ---- rum %<>% mutate(pole_libelle = ifelse(pole_libelle == "CLOS14 HEMATOLOGIE", "SPECIALITES MEDICALES", pole_libelle), service_libelle = ifelse(service_libelle == "CLOS14 HEMATO.S.INTENSIFS", "SERVICE HEMATOLOGIE", service_libelle)) -# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs +# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs ---- print("6/9 - Création des RSS") rum %>% group_by(idrss) %>% @@ -104,7 +104,7 @@ rum %>% mois_sortie = month(date_sortie)) %>% filter(annee_sortie > annee - 3) -> rss -# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS +# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS ---- print("7/9 - Sélection des RUMs") rum %<>% right_join(rss %>% select(idrss, annee_sortie, mois_sortie)) @@ -112,7 +112,7 @@ rum %<>% # Exhaustivité ---- print("8/9 - Exhaustivité") exhau_pims <- read_csv("exhau_pims.csv") -names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie") +names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie", "Duree") exhau_pims %<>% mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>%