diff --git a/cloture.Rmd b/cloture.Rmd index 224cc49..211928a 100644 --- a/cloture.Rmd +++ b/cloture.Rmd @@ -338,9 +338,9 @@ rum %>% ### Nombre de RSS produits et transmis, et taux d'exhaustivité : historique des clôtures de l'année ```{r tab5} exhau %>% - mutate(rss_prod = rss + manq, - exh = rss / rss_prod) %>% - select(rss_prod, rss, exh) %>% + mutate(rss_trans = rss - manq, + exh = rss_trans / rss) %>% + select(rss, rss_trans, exh) %>% datatable(colnames = c("Clôture", "Total RSS produits", "Nombre de RSS transmis", "Taux d'exhaustivité RSS (%)"), extensions = "Buttons", @@ -352,8 +352,8 @@ exhau %>% ### Taux d'exhaustivité selon le mois clôturé de l'année courante ```{r fig5a} exhau %>% - mutate(rss_prod = rss + manq, - exh = 100 * rss / rss_prod) %>% + mutate(rss_trans = rss - manq, + exh = 100 * rss_trans / rss) %>% ggplot( aes(x = mois, diff --git a/donnees.R b/donnees.R index 5b8ca9c..65d0fa7 100644 --- a/donnees.R +++ b/donnees.R @@ -1,5 +1,6 @@ source("functionsOvalide.R") library(lubridate) +library(RMySQL) # Récupération des arguments pour utilisation non interactive ---- arguments <- commandArgs() @@ -117,4 +118,17 @@ exhau_pims %<>% mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>% filter(month(Sortie) <= mois) -save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, gam, exhau, exhau_pims, file = "donnees.Rdata") +dbConnect(MySQL(), host = "localhost", dbname = "pmsi_dim", user = user, password = password) %>% + dbWriteTable("exhaustivite", data.frame(annee = annee, mois = mois, nb_rss_tot = exhau_pims %>% nrow, nb_rss_manq = exhau_pims %>% filter(is.na(DP)) %>% nrow), row.names = F, append = T) + +src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>% + tbl("exhaustivite") %>% + filter(annee == annee) %>% + collect %>% + full_join(data.frame(mois = 1:12), by = "mois") %>% + select(mois, rss = nb_rss_tot, manq = nb_rss_manq) -> exhau + +# Écriture des données ---- +print("9/9 - Écriture des données") + +save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, exhau, exhau_pims, file = "donnees.Rdata")