diff --git a/README.md b/README.md index 8df091c..f5dd92d 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -5,64 +5,32 @@ Les scripts ont été développés sous R version 3.3.1, à l'aide des packages suivants : * Versions stables (CRAN) - * tidyr 0.5.1 + * tidyverse * ggplot2 2.1.0 * lubridate 1.5.6 * rvest 0.3.2 * stringr 1.0.0 - * readr 0.2.2 * magrittr 1.5 - * dplyr 0.5.0 * knitr 1.13 * rmarkdown 1.0 * htmlwidgets 0.7 - -* Versions de développement (github) * DT 0.1.57 Ces paquets sont installés au niveau système pour tous les utilisateurs livenne. ## Utilisation -La génération du rapport est séparée en deux parties : -* l'acquisition et le pré-traitement des données -* la génération du rapport en lui-même +Le rapport est sous la forme d'une application shiny+rmarkdown. +Une page permet d'entrer les informations nécessaires à la génération du rapport (codes d'accès, fichier d'exhaustivité issu de la requête BO), qui est généré au fur et à mesure dans un second onglet. +Une fois le rapport généré, il est possible d'en télécharger une version statique. ### Acquisition des données -Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ",") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script. +Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ","). -Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL (tables fix116, fix117, mvt_gam et structure) sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH, exhaustivité WebBIMS dans le fichier **exhau_pims.csv**, tableaux ePMSI CCEG+CHU de 2015 pré-assemblés dans le fichier **Ovalide.Rdata** (nécessaires uniquement pour les bilans de 2016). Les tableaux ePMSI sont archivés dans le dossier **ePMSI**. -Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants : -* nom d'utilisateur de session CHU -* mot de passe de session CHU (pour passer à travers le proxy) - -* nom d'utilisateur ePMSI -* mot de passe ePMSI (pour télécharger les tableaux depuis ePMSI) - -* nom d'utilisateur MySQL livenne -* mot de passe MySQL livenne (pour interroger la base de données) - -* annee de la clôture -* mois de la clôture - -Un appel incorrect au script rappelle les paramètres de ligne de commande à utiliser. -Les noms d'utilisateurs/mots de passe contenant des caractères spéciaux (autres qu'alphanumériques) doivent être entourés de guillemets. - -Le script **donnees.R** utilise le fichier **Ovalide.Rdata** contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier **exhau.Rdata** pour sauvegarder les données d'exhaustivité depuis le début de l'année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d'année. - -Les données récupérées et pré-traitées son enregistrées dans le fichier **donnees.Rdata** pour l'utilisation par le script de génération du rapport. - -Le fichier **gam.csv** est généré. Il contient les séjours présents dans la base de mouvements (GAM), mais qui n'ont ni été envoyés à l'ATIH, ni sont connus comme étant non exhaustifs dans WebPIMS. Il s'agit principalement d'erreurs de la base GAM (annulations, transformations) à corriger. - ### Génération du rapport -Le script **render.sh** appelle la commande *render* de Rmarkdown pour générer le rapport de clôture **cloture.html** à partir du fichier **cloture.Rmd**. -Celui-ci génère les différents tableaux et figures à la volée à partir des données pré-traitées fournies par **donnees.R** dans le fichier **donnees.Rdata**. - -Le fichier **cloture.html** généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire au-dessus dans l'arborescence (/var/www/html/cloture). +Le fichier **cloture.html** généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire /var/www/html/cloture. Ce fichier doit également être copié dans le répertoire **archive** sous la forme **cloture*ANNEE_MOIS*.html** pour archivage. - -![](README.png) diff --git a/README.png b/README.png deleted file mode 100644 index b6395a1..0000000 Binary files a/README.png and /dev/null differ diff --git a/README.svg b/README.svg deleted file mode 100644 index 3963684..0000000 --- a/README.svg +++ /dev/null @@ -1,1583 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Magnetic Disk (Database) - A magnetic disk. (ISO) - - - - - - - Rounded Balloon - - - - - - - - - - - - - - - - image/svg+xml - - - - - - - - - listOvalide.csv - - - - Uniquementpour 2016,pré-exécuté - - - - Sauvegarde - - - - - - cookie.jar - - - - ePMSI - - - BO - - - - Ovalide 2015 - - - - Ovalide.Rdata - - - - archive - - - - ePMSI - - - - cloture.html - - - - cloture.Rmd - - - - donnees.R - - - - donnees.Rdata - - - - R - - - - exhau_pims.csv - - - - exhau.Rdata - - - - functionsOvalide.R - - - - - R - - - - - - - - - - R - - - - - - - - gam.csv - - - - R - - - - - exhaustivite.wid - - - - 1 - - - - - - donnees.sh - - - - 2 - - - - - - render.sh - - - - 3 - - - - - 4 - - - - - - - - - ExhaustivitéWebPIMS - - - - - - - - RUMsStructureMouvements - - - - - - - Tableaux ePMSICHU+CCEG2015 - - - - - - Tableaux ePMSI - - - - - - Historique desexhaustivités del'année en cours - - - - - - Livenne - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Séjours présents dans GAMmais ni dans RUMs,ni dans WebPIMS - - -