From 1726e6bac4b60a8d5d69868f8d5ebc5d1f30e9bf Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: unknown Date: Wed, 9 Jul 2014 10:51:26 +0200 Subject: [PATCH] Summary in diagnostic corrected : Dates now work, and the code is simpler ! --- NAMESPACE | 2 ++ R/desc_global.R | 5 +---- man/HTML.Rd | 14 ++++++------ man/HTMLEnd.Rd | 4 ++-- man/HTMLInit.Rd | 13 ++++++----- man/charger.Rd | 27 +++++++++-------------- man/desc_global.Rd | 34 +++++++++++------------------ man/desc_groupe.Rd | 44 ++++++++++++++------------------------ man/diagnostic.Rd | 28 +++++++++--------------- man/label.Rd | 13 ++++++----- man/loadFormatsFromFile.Rd | 36 +++++++++++++++---------------- man/loadLabelsFromFile.Rd | 20 ++++++++--------- 12 files changed, 98 insertions(+), 142 deletions(-) diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 9294b2b..322486c 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -1,3 +1,5 @@ +# Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand + S3method("label<-",data.frame) S3method("label<-",default) S3method(label,default) diff --git a/R/desc_global.R b/R/desc_global.R index 05dfdb0..1813b7e 100644 --- a/R/desc_global.R +++ b/R/desc_global.R @@ -248,10 +248,7 @@ diagnostic <- function(table, variables=NULL, variables_neg=NULL) inc() HTML("", paste("", names(summary(table[[var]])), "", collapse=""), "") HTML("", sep="") - for (valeur in summary(table[[var]])) - { - HTML("", valeur, "", sep="") - } + HTML("",summary(table[[var]]),"",sep="") HTML("") dec() HTML("") diff --git a/man/HTML.Rd b/man/HTML.Rd index 73ecae8..23dcbb1 100644 --- a/man/HTML.Rd +++ b/man/HTML.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{HTML} \alias{HTML} @@ -6,21 +7,18 @@ HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n") } \arguments{ - \item{x}{Contenu a ecrire} +\item{x}{Contenu a ecrire} - \item{...}{Contenu concatene sans espace a x} +\item{...}{Contenu concatene sans espace a x} - \item{append}{Decide si x... doit etre ajoute a un - fichier existant} +\item{append}{Decide si x... doit etre ajoute a un fichier existant} - \item{sep}{Separateur de fin de ligne, modifier pour - ecrire sur la meme ligne du fichier} +\item{sep}{Separateur de fin de ligne, modifier pour ecrire sur la meme ligne du fichier} } \description{ Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit } \details{ -Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom -est contenu dans .HTML.file +Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom est contenu dans .HTML.file } diff --git a/man/HTMLEnd.Rd b/man/HTMLEnd.Rd index f4228e2..ba6140f 100644 --- a/man/HTMLEnd.Rd +++ b/man/HTMLEnd.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{HTMLEnd} \alias{HTMLEnd} @@ -9,7 +10,6 @@ HTMLEnd() Ecrit le footer du fichier hTML } \details{ -Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre -le fichier dans le navigateur et supprime l'acces. +Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre le fichier dans le navigateur et supprime l'acces. } diff --git a/man/HTMLInit.Rd b/man/HTMLInit.Rd index 016cdb6..ba5c4f8 100644 --- a/man/HTMLInit.Rd +++ b/man/HTMLInit.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{HTMLInit} \alias{HTMLInit} @@ -7,20 +8,18 @@ HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"), title = "", CSSfile = "") } \arguments{ - \item{file}{Nom du fichier HTML a creer, par defaut un - fichier temporaire} +\item{file}{Nom du fichier HTML a creer, par defaut un fichier temporaire} - \item{title}{Titre de la page} +\item{title}{Titre de la page} - \item{CSSfile}{Fichier CSS a utiliser} +\item{CSSfile}{Fichier CSS a utiliser} } \description{ Cree et remplit les headers pour un fichier hTML } \details{ -Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier -temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du fichier -actuel est stocke dans .HTML.file +Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier temporaire dans le repertoire temporaire +Le nom du fichier actuel est stocke dans .HTML.file } \examples{ \dontrun{ diff --git a/man/charger.Rd b/man/charger.Rd index aa3a27e..0d8ef78 100644 --- a/man/charger.Rd +++ b/man/charger.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{charger} \alias{charger} @@ -6,32 +7,24 @@ charger(fichier, feuille = 1, chemin = "../../data/") } \arguments{ - \item{fichier}{Fichier de donnees a charger} +\item{fichier}{Fichier de donnees a charger} - \item{feuille}{Feuille a utiliser si fichier excel et en - cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder a une - feuille au-dela de la premiere)} +\item{feuille}{Feuille a utiliser si fichier excel et en cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder a une feuille au-dela de la premiere)} - \item{chemin}{Chemin ou trouver le fichier de donnees - (par defaut ../../data/)} +\item{chemin}{Chemin ou trouver le fichier de donnees (par defaut ../../data/)} } \value{ La data frame avec les labels et formats } \description{ -Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees -ainsi que les formats et labels +Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees ainsi que les formats et labels } \details{ -La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de -donnees et renvoie une table de valeurs. Si des -labels/formats sont definis ils seront appliques (fichiers -labels.sas, formats.sas et attribformats.sas) Les variables -pour lesquelles un format est defini seront considerees -comme des variables qualitatives. La table de valeurs prend -automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de -feuille). Le fichier de donnees est charge depuis -../../data/, les formats depuis le repertoire courant. +La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de donnees et renvoie une table de valeurs. +Si des labels/formats sont definis ils seront appliques (fichiers labels.sas, formats.sas et attribformats.sas) +Les variables pour lesquelles un format est defini seront considerees comme des variables qualitatives. +La table de valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de feuille). +Le fichier de donnees est charge depuis ../../data/, les formats depuis le repertoire courant. } \examples{ \dontrun{Ma_table <- charger("donnees.xls", feuille=2)} diff --git a/man/desc_global.Rd b/man/desc_global.Rd index 68798c6..7a9a3f8 100644 --- a/man/desc_global.Rd +++ b/man/desc_global.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{desc_global} \alias{desc_global} @@ -8,40 +9,31 @@ desc_global(table, html = "desc_global", titre = NULL, variables = NULL, note = NULL, nbdec = 1) } \arguments{ - \item{table}{Table a utiliser} +\item{table}{Table a utiliser} - \item{html}{Nom du fichier html, par defaut - "desc_global.html"} +\item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc_global.html"} - \item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif - global de nom_de_la_table"} +\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"} - \item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, - par defaut toutes les variables contenues dans la table} +\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table} - \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a - exclure de la description} +\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la description} - \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, - \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et - max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} +\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} - \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs - manquantes, par defaut TRUE} +\item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut TRUE} - \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} +\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} - \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par - defaut 1} +\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1} } \description{ Produit un tableau descriptif d'une table } \details{ -Permet de produire un tableau descriptif des variables -contenues dans la table. Si les labels et formats sont -definis et charges ils seront utilises pour peupler le -tableau. Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output +Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table. +Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. +Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output } \examples{ \dontrun{ diff --git a/man/desc_groupe.Rd b/man/desc_groupe.Rd index 4625a32..6bbec97 100644 --- a/man/desc_groupe.Rd +++ b/man/desc_groupe.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{desc_groupe} \alias{desc_groupe} @@ -8,49 +9,36 @@ desc_groupe(table, groupe, param = character(0), html = NULL, "\%/moy", "et"), note = NULL, nbdec = 1, pourcent = "total") } \arguments{ - \item{table}{Table a utiliser} +\item{table}{Table a utiliser} - \item{groupe}{Nom de la variable qualitative a utiliser - pour la comparaison} +\item{groupe}{Nom de la variable qualitative a utiliser pour la comparaison} - \item{param}{Vecteur de noms de variables considerees - comme parametriques} +\item{param}{Vecteur de noms de variables considerees comme parametriques} - \item{html}{Nom du fichier html, par defaut - "desc_groupe_nomdelavariable.html"} +\item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc_groupe_nomdelavariable.html"} - \item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Comparaison - selon nom_de_la_variable"} +\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable"} - \item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer, - par defaut toutes les variables contenues dans la table - moins celle servant de comparateur} +\item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur} - \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a - exclure de la comparaison #'} +\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison +#'} - \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, - \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et - max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} +\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} - \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} +\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} - \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par - defaut 1} +\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1} - \item{pourcent}{Pourcentages pour les variables - qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), - par defaut sur le total} +\item{pourcent}{Pourcentages pour les variables qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), par defaut sur le total} } \description{ Produit un tableau comparatif par groupe } \details{ -Permet de produire un tableau comparatif des variables -contenues dans la table passee en parametre selon les -modalites d'une d'entre elles. Si les labels et formats -sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le -tableau. Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output +Permet de produire un tableau comparatif des variables contenues dans la table passee en parametre selon les modalites d'une d'entre elles. +Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. +Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output } \examples{ \dontrun{ diff --git a/man/diagnostic.Rd b/man/diagnostic.Rd index dfcccf0..2a5cdf2 100644 --- a/man/diagnostic.Rd +++ b/man/diagnostic.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{diagnostic} \alias{diagnostic} @@ -6,32 +7,23 @@ diagnostic(table, variables = NULL, variables_neg = NULL) } \arguments{ - \item{table}{Table a utiliser} +\item{table}{Table a utiliser} - \item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, - par defaut toutes les variables contenues dans la table} +\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table} - \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a - exclure de la description} +\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la description} } \value{ -Un vecteur contenant les variables considerees comme -parametriques +Un vecteur contenant les variables considerees comme parametriques } \description{ -Produit un tableau descriptif de la table et des graphiques -pour la verification des conditions d'utilisation des tests -satistiques +Produit un tableau descriptif de la table et des graphiques pour la verification des conditions d'utilisation des tests satistiques } \details{ -Permet de produire un tableau descriptif des variables -contenues dans la table. Si les labels et formats sont -definis et charges ils seront utilises pour peupler le -tableau. La fonction renvoie un vecteur de noms de -variables considerees comme parametriques apres un test de -normalite de Shapiro-Wilk. Le fichier est cree dans le -repertoire temporaire. Il est possible de le sauvegarder -avec ses graphiques a partir du navigateur. +Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table. +Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. +La fonction renvoie un vecteur de noms de variables considerees comme parametriques apres un test de normalite de Shapiro-Wilk. +Le fichier est cree dans le repertoire temporaire. Il est possible de le sauvegarder avec ses graphiques a partir du navigateur. } \examples{ \dontrun{ diff --git a/man/label.Rd b/man/label.Rd index 6fff698..0255d8a 100644 --- a/man/label.Rd +++ b/man/label.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{label} \alias{label} @@ -18,21 +19,19 @@ label(objet) <- value \method{label}{data.frame}(objet) <- value } \arguments{ - \item{objet}{L'objet a nommer} +\item{objet}{L'objet a nommer} - \item{value}{Le texte de l'etiquette} +\item{value}{Le texte de l'etiquette} } \value{ -Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de -l'objet +Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de l'objet } \description{ Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet } \details{ -Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette -d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de -supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction. +Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette d'un objet ou d'un element d'un objet. +Il est possible de supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction. } \examples{ a <- c(18,25,23,32) diff --git a/man/loadFormatsFromFile.Rd b/man/loadFormatsFromFile.Rd index c68ebfa..ecff678 100644 --- a/man/loadFormatsFromFile.Rd +++ b/man/loadFormatsFromFile.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{loadFormatsFromFile} \alias{loadFormatsFromFile} @@ -6,33 +7,30 @@ loadFormatsFromFile(dataframe, file_format, file_attrib) } \arguments{ - \item{dataframe}{The dataframe to which you want to - assign labels} +\item{dataframe}{The dataframe to which you want to assign labels} - \item{file}{The flat file from which to load the label - data} +\item{file}{The flat file from which to load the label data} } \value{ The dataframe with label attributes } \description{ -Loads factor levels from flat files and applies them to the -provided dataframe +Loads factor levels from flat files and applies them to the provided dataframe } \details{ -This function takes a dataframe and assigns factor levels -to the corresponding variables. Two files must be provided -: One describing the formats to be used (permitting the -re-use of a defined format), which must be formatted like -so: value format_name value0_in_data_frame = 'Label for -level 0' value1_in_data_frame = "Label for level 1" and so -on. As shown, both single and double quotes are accepted. -The value before the equal sign can be numeric (categorical -coding) or text for recoding. The other file assigns -defined formats to variables in the dataframe. It must be -formatted like so: var1 var2 var3 varN format=format_name -with one line for every assigned format. As always, be -careful of the case sensitiveness. +This function takes a dataframe and assigns factor levels to the corresponding variables. +Two files must be provided : +One describing the formats to be used (permitting the re-use of a defined format), which must be formatted like so: +value format_name + value0_in_data_frame = 'Label for level 0' + value1_in_data_frame = "Label for level 1" +and so on. +As shown, both single and double quotes are accepted. +The value before the equal sign can be numeric (categorical coding) or text for recoding. +The other file assigns defined formats to variables in the dataframe. It must be formatted like so: +var1 var2 var3 varN format=format_name +with one line for every assigned format. +As always, be careful of the case sensitiveness. } \examples{ \dontrun{df <- loadFormatsFromFile(df,"formats.txt","attribformats.txt")} diff --git a/man/loadLabelsFromFile.Rd b/man/loadLabelsFromFile.Rd index 2fc891b..9853a02 100644 --- a/man/loadLabelsFromFile.Rd +++ b/man/loadLabelsFromFile.Rd @@ -1,3 +1,4 @@ +% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand \encoding{UTF-8} \name{loadLabelsFromFile} \alias{loadLabelsFromFile} @@ -6,25 +7,22 @@ loadLabelsFromFile(dataframe, file) } \arguments{ - \item{dataframe}{The dataframe to which you want to - assign labels} +\item{dataframe}{The dataframe to which you want to assign labels} - \item{file}{The flat file from which to load the label - data} +\item{file}{The flat file from which to load the label data} } \value{ The dataframe with label attributes } \description{ -Loads label values from a flat file and applies them to the -provided dataframe +Loads label values from a flat file and applies them to the provided dataframe } \details{ -This function takes a dataframe and adds label attributes -to the variables. The file must be formatted like so : -variablename = "Label for the variable" with one line per -variable As always, be careful of the case sensitiveness -and the use of double quotes ! +This function takes a dataframe and adds label attributes to the variables. +The file must be formatted like so : +variablename = "Label for the variable" +with one line per variable +As always, be careful of the case sensitiveness and the use of double quotes ! } \examples{ \dontrun{df <- loadLabelsFromFile(df,"labels.txt")}