Premier commit pour les CSS

Fonction diagnostique diag() (à renommer)

NAMESPACE

@@ -6,5 +6,6 @@ export(HTMLEnd)
 export(HTMLInit)
 export(charger)
 export(desc)
+export(diag)
 export(label)
 export(label.default)

R/desc.R

@@ -159,4 +159,90 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
   dec()
   HTML("</table>")
   HTMLEnd()
+}
+
+#' Diagnostics de la table courante
+#' 
+#' Produit un tableau descriptif de la table courante et des graphiques pour la verification des conditions d'utilisation des tests satistiques
+#' 
+#' Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table courante.
+#' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
+#' La fonction attribue un paramètre "param" à chaque variable à partir de tests de normalité, ce paramètre est modifiable ensuite, il conditionne l'utilisation des tests statistiques dans la fonction comparer().
+#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer diag() pour obtenir le diagnostic par defaut.
+#' @encoding UTF-8
+#' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
+#' @export
+diag <- function(table=NULL)
+{
+  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
+  
+  HTMLInit()
+  assign(".param", character(), pos=1)
+  
+  for (var in names(table))
+  {
+    # Creation du label de la variable
+    etiq <- label(table[[var]])
+    if (etiq == "table[[var]]") etiq <- var
+    
+    HTML("<div class='varblock'>",etiq)
+    inc()
+      HTML("<div class='varstat'>")
+      inc()
+        HTML("<table>")
+        inc()
+        HTML("<tr>", paste("<th>", names(summary(table[[var]])), "</th>", collapse=""), "</tr>")
+        HTML("<tr>", sep="")
+        for (valeur in summary(table[[var]]))
+        {
+          HTML("<td>", valeur, "</td>", sep="")
+        }
+        HTML("</tr>")
+        dec()
+        HTML("</table>")
+        if (is.numeric(table[[var]]))
+        {
+          HTML("IC95 : [ ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[1],digits=2,nsmall=2), " - ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[2],digits=2,nsmall=2), " ]<br/>")
+          HTML("Test de normalité de Shapiro-Wilk : p = ", format(shapiro.test(table[[var]])$p.value,digits=2,nsmall=2), "<br/>")
+          if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > 5) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
+          {
+            assign(".param", c(.param,var))
+            HTML("<b>Paramétrique</b>")
+          }
+        }
+      dec()
+      HTML("</div>")
+    
+      HTML("<div class='varplot'>")
+      inc()
+        if (is.numeric(table[[var]]))
+        {
+          pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
+          png(filename=pngfile)
+          hist(table[[var]],freq=F,col="lightblue",border="darkblue",xlab=etiq,ylab="Densité",main=paste0("Distribution de ",etiq))
+          lines(density(table[[var]],na.rm=T),col="red")
+          dev.off()
+          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+          
+          pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
+          png(filename=pngfile)
+          qqnorm(table[[var]], xlab="Quantiles théoriques",ylab="Quantiles de l'échantillon")
+          qqline(table[[var]])
+          dev.off()
+          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+        }
+        else if (is.factor(table[[var]]))
+        {
+          pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
+          png(filename=pngfile)
+          barplot(table(table[[var]]), col="lightblue", border="darkblue")
+          dev.off()
+          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+        }
+      dec()
+      HTML("</div>")
+    dec()
+    HTML("</div>")
+  }
+  HTMLEnd()
 }

desc.css

@@ -0,0 +1,49 @@
+table
+{
+	border-collapse: collapse;
+	font-family: "Tahoma","Trebuchet MS","Verdana","Myriad Web","sans-serif";
+	font-size: .75em;
+}
+
+caption
+{
+    font-weight: bold;
+    border-bottom: 1px solid black;
+    text-align: left;
+}
+
+thead th
+{
+    padding: 0 1em;
+    border-bottom: 1px solid black;
+    height: 2em;
+    font-weight: normal;
+    vertical-align: top;
+}
+
+tfoot
+{
+    font-style: italic;
+    font-size: small;
+    border-top: 1px solid black;
+}
+
+tbody td.var
+{
+    padding-top: 1em;
+    padding-left: 0;
+    font-weight: bold;
+    text-align: left;
+}
+
+tbody td.level
+{
+    padding-left: 1em;
+    text-align: left;
+}
+
+tbody td
+{
+    padding: 0 1em;
+    text-align: right;
+}

diag.css

@@ -0,0 +1,40 @@
+body
+{
+    background-color: lightgrey;
+}
+
+table{
+    text-align: center;
+    padding: 5px 0;
+}
+
+td, th
+{
+    padding: 3px;
+}
+
+div.varblock
+{
+    background-color: white;
+    border-radius: 10px;
+    box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+    margin: 20px auto;
+    width: 60%;
+    padding: 10px;
+    font-weight: bold;
+    font-size: 1.2em;
+    min-height: 1em;
+    overflow: hidden;
+}
+
+div.varstat
+{
+    margin: 20px;
+    font-weight: normal;
+    font-size: 1rem;
+}
+
+div.varplot
+{
+    text-align: center;
+}

man/diag.Rd

@@ -0,0 +1,29 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{diag}
+\alias{diag}
+\title{Diagnostics de la table courante}
+\usage{
+  diag(table = NULL)
+}
+\arguments{
+  \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
+  chargee}
+}
+\description{
+  Produit un tableau descriptif de la table courante et des
+  graphiques pour la verification des conditions
+  d'utilisation des tests satistiques
+}
+\details{
+  Permet de produire un tableau descriptif des variables
+  contenues dans la table courante. Si les labels et
+  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
+  peupler le tableau. La fonction attribue un paramètre
+  "param" à chaque variable à partir de tests de normalité,
+  ce paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
+  l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
+  comparer(). Tous les parametres ont une valeur par
+  defaut, il est donc possible de simplement lancer diag()
+  pour obtenir le diagnostic par defaut.
+}
+