Now stats can be specified also for desc_groupe, in the same fashion as for desc_global and with the same defaults.

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Small fix in desc.css to allow the centering of the stats names

R/desc_global.R

@@ -11,7 +11,7 @@
 #' @param titre Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la description
-#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")
+#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")
 #' @param miss Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut TRUE
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1

R/desc_groupe.R

@@ -13,6 +13,7 @@
 #' @param titre Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable"
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison
+#' #' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @param pourcent Pourcentages pour les variables qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), par defaut sur le total
@@ -26,7 +27,7 @@
 #' desc_groupe(Ma_table, "sexe", param = para, titre="Comparatif selon le sexe", pourcent="row")
 #' }
 #' @export
-desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, note=NULL, nbdec=1, pourcent="total")
+desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL,stats=c("N","%/moy","et"), note=NULL, nbdec=1, pourcent="total")
 {
   if (nbdec<2)
     nbdecp<-2
@@ -92,16 +93,15 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
   HTML("<thead>")
   inc()
   
-  HTML("<tr><th></th>", paste0("<th colspan='3'>",levels(modulo),"</th>", collapse=""), "<th>p</th></tr>")
+  HTML("<tr><th></th>", paste0("<th colspan='",length(stats),"'>",levels(modulo),"</th>", collapse=""), "<th>p</th></tr>")
   
   HTML("<tr><td></td>", sep="")
   for (i in levels(modulo))
-  {
-    HTML("<td colspan='3'>N=", length(na.omit(modulo[modulo==i])), "</td>", sep="")
-  }
+    HTML("<td colspan='",length(stats),"'>N=", length(na.omit(modulo[modulo==i])), "</td>", sep="")
+  
   HTML("<td></td></tr>")
 
-  HTML("<tr><td></td>", paste0(rep(c("<td>N</td>","<td>%/moy</td>","<td>et</td>"),nlevels(modulo)),collapse=""), "<td></td></tr>")
+  HTML("<tr><td></td>", paste0(rep(paste("<td>",stats,"</td>",sep="", collapse=""),nlevels(modulo)),collapse=""), "<td></td></tr>")
 
   dec()
   HTML("</thead>")
@@ -111,7 +111,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
   {
     HTML("<tfoot>")
     inc()
-    HTML("<tr><td colspan='", nlevels(modulo)*3+2, "'>", note,"</td></tr>")
+    HTML("<tr><td colspan='", nlevels(modulo)*length(stats)+2, "'>", note,"</td></tr>")
     dec()
     HTML("</tfoot>")
   }
@@ -158,7 +158,32 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
       HTML("<tr><td class='var'>", etiq, "</td>", sep="")
       
       for (level in levels(modulo))
-        HTML("<td>",length(na.omit(table[[var]][modulo==level])) ,"</td><td>",format(mean(table[[var]][modulo==level], na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td><td>", format(sd(table[[var]][modulo==level],na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td>", sep="")
+      {
+        for (stat in stats)
+        {
+          HTML("<td>",sep="")
+          
+          HTML(tryCatch(
+          {
+            format(switch(stat,
+                          N = length(na.omit(table[[var]][modulo==level])),
+                          "%/moy" = ,
+                          moy = mean(table[[var]][modulo==level],na.rm=T),
+                          "%/med" = ,
+                          med = median(table[[var]][modulo==level],na.rm=T),
+                          Q1 = quantile(table[[var]][modulo==level], probs=.25, na.rm=T,names=F,type=3),
+                          Q3 = quantile(table[[var]][modulo==level], probs=.75, na.rm=T,names=F,type=3),
+                          min = min(table[[var]][modulo==level],na.rm=T),
+                          max = max(table[[var]][modulo==level],na.rm=T),
+                          et = sd(table[[var]][modulo==level],na.rm=T),
+                          ic95 = paste0("&plusmn;",format(mean(table[[var]][modulo==level],na.rm=T) - t.test(table[[var]][modulo==level])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec)),
+                          ... = "ERR"
+            ),digits=nbdec,nsmall=nbdec)
+          },error = function(e){erreur(e,var,"dans le calcul de ",stat)}), sep="")
+          
+          HTML("</td>", sep="")
+        }
+      }
       
       HTML("<td>", format(p,digits=nbdecp,nsmall=nbdecp), sep="")
       if (!is.na(p))
@@ -194,7 +219,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
           "NA"
         })
       
-      HTML("<tr><td class='var' colspan='", nlevels(modulo)*3+1, "'>", etiq, "</td>", sep="")
+      HTML("<tr><td class='var' colspan='", nlevels(modulo)*length(stats)+1, "'>", etiq, "</td>", sep="")
       HTML("<td>", format(p,digits=nbdecp,nsmall=nbdecp), sep="")
       if (!is.na(p))
         if (p<.05)
@@ -208,12 +233,20 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
         HTML("<tr><td class='level'>", level, "</td>",sep="")
         for (level_m in levels(modulo))
         {
-          HTML("<td>", table(table[[var]],modulo)[level,level_m], "</td>", sep="")
-          switch(pourcent,
-                 row = HTML("<td>", format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/rowSums(table(table[[var]],modulo))[level], digits=nbdec, nsmall=nbdec), "</td>", sep=""),
-                 col = HTML("<td>", format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/colSums(table(table[[var]],modulo))[level_m], digits=nbdec, nsmall=nbdec), "</td>", sep=""),
-                 total = HTML("<td>", format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/sum(table(table[[var]],modulo)), digits=nbdec, nsmall=nbdec), "</td>", sep=""))
-          HTML("<td></td>",sep="")
+          for (stat in stats)
+          {
+            HTML("<td>",sep="")
+            
+            if (stat == "N")
+              HTML(table(table[[var]],modulo)[level,level_m],sep="")
+            else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy") | (stat == "%/med"))
+              switch(pourcent,
+                     row = HTML(format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/rowSums(table(table[[var]],modulo))[level], digits=nbdec, nsmall=nbdec), sep=""),
+                     col = HTML(format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/colSums(table(table[[var]],modulo))[level_m], digits=nbdec, nsmall=nbdec), sep=""),
+                     total = HTML(format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/sum(table(table[[var]],modulo)), digits=nbdec, nsmall=nbdec), sep=""))
+            
+            HTML("</td>",sep="")
+          }
         }
         
         HTML("<td></td></tr>")

inst/desc.css

@@ -61,6 +61,12 @@ table.desc tbody td.level
 }
 
 table.desc tbody td
+{
+  text-align: center;
+  vertical-align: bottom;
+}
+
+table.desc thead, td
 {
   text-align: center;
   vertical-align: bottom;

man/desc_global.Rd

@@ -23,8 +23,8 @@ desc_global(table, html = "desc_global", titre = NULL, variables = NULL,
   exclure de la description}
 
   \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%,
-  \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par
-  defaut c("N","\%/moy","et")}
+  \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et
+  max. Par defaut c("N","\%/moy","et")}
 
   \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs
   manquantes, par defaut TRUE}

man/desc_groupe.Rd

@@ -4,8 +4,8 @@
 \title{Comparatif par groupe}
 \usage{
 desc_groupe(table, groupe, param = character(0), html = NULL,
-  titre = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL, note = NULL,
-  nbdec = 1, pourcent = "total")
+  titre = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL, stats = c("N",
+  "\%/moy", "et"), note = NULL, nbdec = 1, pourcent = "total")
 }
 \arguments{
   \item{table}{Table a utiliser}
@@ -27,7 +27,11 @@ desc_groupe(table, groupe, param = character(0), html = NULL,
   moins celle servant de comparateur}
 
   \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a
-  exclure de la comparaison}
+  exclure de la comparaison #'}
+
+  \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%,
+  \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et
+  max. Par defaut c("N","\%/moy","et")}
 
   \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}