Retrait dépendance à R2HTML

Codage de fonctions propres pour l'écriture en HTML
Passage de tout en UTF-8 et sans caractères spéciaux ou accentués
Header et footer du tableau de desc

.gitignore

@@ -3,3 +3,5 @@
 .RData
 Read-and-delete-me
 desktop.ini
+Ott
+*.xls

DESCRIPTION

@@ -6,6 +6,11 @@ Date: 2013-09-18
 Author: Maxime Wack
 Maintainer: Maxime Wack <maximewack@free.fr>
 Depends:
-    R2HTML,xlsx
+    xlsx
 Description: 
 License: GPLv3
+Collate:
+    'charger.R'
+    'desc.R'
+    'label.R'
+    'html.R'

NAMESPACE

@@ -1,7 +1,10 @@
-S3method("label<-",data.frame)
-S3method("label<-",default)
-S3method(label,default)
 export("label<-")
+export("label<-.data.frame")
+export("label<-.default")
+export(HTML)
+export(HTMLEnd)
+export(HTMLInit)
 export(charger)
 export(desc)
 export(label)
+export(label.default)

R/charger.R

@@ -1,15 +1,15 @@
-#' Charger un fichier de données dans l'environnement
+#' Charger un fichier de donnees dans l'environnement
 #' 
-#' Charge un fichier texte ou excel contenant les données ainsi que les formats et labels
+#' Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees ainsi que les formats et labels
 #' 
-#' La fonction charge les données contenues dans le fichier de données et créé une table de valeurs.
-#' Si des labels/formats sont définis ils seront appliqués.
-#' Les variables pour lesquelles un format est défini seront considérées comme des variables qualitatives.
-#' La table de valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixé par le numéro de feuille) et est attachée à l'environnement courant.
-#' @encoding ISO-8859-1
-#' @param fichier Fichier de données à charger
-#' @param nom Nom de la data frame dans laquelle stocker les données chargées
-#' @param feuille Feuille à utiliser si fichier excel et en cas de feuilles mutiples (et qu'on veut accéder à une feuille au-delà de la première)
+#' La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de donnees et cree une table de valeurs.
+#' Si des labels/formats sont definis ils seront appliques.
+#' Les variables pour lesquelles un format est defini seront considerees comme des variables qualitatives.
+#' La table de valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de feuille) et est attachee a l'environnement courant.
+#' @encoding UTF-8
+#' @param fichier Fichier de donnees a charger
+#' @param nom Nom de la data frame dans laquelle stocker les donnees chargees
+#' @param feuille Feuille a utiliser si fichier excel et en cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder a une feuille au-dela de la premiere)
 #' @export
 #' @examples
 #' charger("data.csv") #charger un fichier texte (marche aussi pour les .txt)

R/desc.R

@@ -3,20 +3,21 @@
 #' Produit un tableau descriptif de la table courante
 #' 
 #' Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table courante.
-#' Si les labels et formats sont définis et chargés ils seront utilisés pour peupler le tableau.
-#' Tous les paramètres ont une valeur par défaut, il est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir un tableau descriptif par défaut.
-#' @encoding ISO-8859-1
-#' @param html Nom du fichier html, par défaut "desc.html", éventuellement suffixé d'un nombre si le fichier existe déjà
-#' @param titre Titre du tableau, par défaut "Descriptif global de nom_de_la_table"
-#' @param table Table à utiliser, par défaut la dernière chargée
-#' @param variables Vecteur de noms de variables à décrire, par défaut toutes les variables contenues dans la table
-#' @param variables_neg Vecteur de noms de variables à exclure de la description
-#' @param miss Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par défaut FALSE
-#' @param anglais Booleen : obtenir un tableau en anglais(intitulés, séparation des décimales), par défaut FALSE
-#' @param note Note de bas de page, par défaut vide
-#' @param nbdec Nombre de décimales après la virgule, par défaut 1
+#' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
+#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
+#' @encoding UTF-8
+#' @param html Nom du fichier html, par defaut "desc.html", eventuellement suffixe d'un nombre si le fichier existe deja
+#' @param titre Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"
+#' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
+#' @param variables Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table
+#' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la description
+#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, et, ic95, q1, med, q3. Par defaut c("N","\%/moy","ic95")
+#' @param miss Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut FALSE
+#' @param anglais Booleen : obtenir un tableau en anglais(intitules, separation des decimales), par defaut FALSE
+#' @param note Note de bas de page, par defaut vide
+#' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @export
-desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, miss=FALSE, anglais=FALSE, note="", nbdec=1)
+desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","ic95"), miss=FALSE, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
 {
   nbdec_orig=getOption("digits")
   dec_mark=getOption("OutDec")
@@ -42,7 +43,31 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
   if (!is.null(variables)) table=table[variables]
   if (!is.null(variables_neg)) table[variables_neg]<-list(NULL)
   
-  #code code code code code code
+  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre)
+  HTML("<table>")
+  inc()
+    HTML("<caption>", titre, "</caption>")
+    HTML("<thead>")
+    inc()
+      HTML("<tr><th></th>", paste("<th>",stats,"</th>",sep="", collapse=" "), "</tr>")
+    dec()
+    HTML("</thead>")
+    if (!is.null(note))
+    {
+      HTML("<tfoot>")
+      inc()
+        HTML("<tr><td colspan='", length(stats)+1, "'>", note,"</td></tr>")
+      dec()
+      HTML("</tfoot>")
+    }
+    HTML("<tbody>")
+    inc()
+      
+    dec()
+    HTML("</tbody>")
+  dec()
+  HTML("</table>")
+  HTMLEnd()
   
   options(digits=nbdec_orig)
   options(OutDec=dec_mark)

R/html.R

@@ -0,0 +1,73 @@
+#' Initialiser un fichier HTML
+#' 
+#' Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
+#' 
+#' Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier temporaire dans le repertoire temporaire
+#' Le nom du fichier actuel est stocke dans .HTML.file
+#' @encoding UTF-8
+#' @param file Nom du fichier HTML à creer, par defaut un fichier temporaire
+#' @param title Titre de la page
+#' @export
+HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="")
+{
+  assign(".HTML.file", file, pos=1)
+  assign(".tabs", 0, pos=1)
+  
+  HTML("<!DOCTYPE html>")
+  HTML("<HTML>", append=F)
+  inc()
+    HTML("<HEAD>")
+    inc()
+      HTML("<meta charset='utf-8' />")
+      HTML("<title>", title, "</title>")
+      HTML("<link rel='stylesheet' href='cosmosR.css' />")
+    dec()
+    HTML("</HEAD>")
+    HTML("<BODY>")
+    inc()
+}
+
+#' Termine et clos le fichier HTML
+#' 
+#' Ecrit le footer du fichier hTML
+#' 
+#' Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, et en supprime l'acces.
+#' @encoding UTF-8
+#' @export
+HTMLEnd <- function()
+{
+  if (!exists(".HTML.file")) return
+  
+    dec()
+    HTML("</BODY>")
+  dec()
+  HTML("</HTML>")
+}
+
+#' Ecrit dans le fichier HTML
+#' 
+#' Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
+#' 
+#' Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom est contenu dans .HTML.file
+#' @encoding UTF-8
+#' @export
+HTML <- function(x, ..., append=T)
+{
+  if (!exists(".HTML.file")) return
+  
+  x <- paste0(x,...,collapse="")
+  tabs <- paste0(rep("\t", .tabs),collapse="")
+  x <- paste0(tabs, x)
+  
+  cat(x,file=.HTML.file,sep="\n", append=append)
+}
+
+inc <- function()
+{
+  assign(".tabs", .tabs+1, pos=1)
+}
+
+dec <- function()
+{
+  if (.tabs>0) assign(".tabs", .tabs-1, pos=1)
+}

R/label.R

@@ -1,15 +1,15 @@
 #' Etiquetter un objet
 #' 
-#' Attribuer ou récupérer l'étiquette d'un objet
+#' Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
 #' 
-#' Méthode par défaut pour accéder et modifier l'étiquette d'un objet ou d'un élément d'un objet.
-#' Il est possible de supprimer l'étiquette en passant NULL à la fonction.
+#' Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette d'un objet ou d'un element d'un objet.
+#' Il est possible de supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
 #' @rdname label
-#' @encoding ISO-8859-1
-#' @param objet L'objet à nommer
-#' @param value Le texte de l'étiquette
+#' @encoding UTF-8
+#' @param objet L'objet a nommer
+#' @param value Le texte de l'etiquette
 #' @export
-#' @return Renvoie une chaîne de caractères contenant l'étiquette de l'objet
+#' @return Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de l'objet
 #' @examples
 #' label(a) <- "Une variable"
 #' 
@@ -60,7 +60,7 @@ label.default <- function(objet)
       for (nom in names(value))
       {
         if (is.null(objet[[nom]]))
-          warning(paste(nom,"n'est pas un élément"))
+          warning(paste(nom,"n'est pas un element"))
         else
           label(objet[[nom]])<-value[[nom]]
       }

man/HTML.Rd

@@ -0,0 +1,15 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{HTML}
+\alias{HTML}
+\title{Ecrit dans le fichier HTML}
+\usage{
+  HTML(x, ..., append = T)
+}
+\description{
+  Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
+}
+\details{
+  Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
+  est contenu dans .HTML.file
+}
+

man/HTMLEnd.Rd

@@ -0,0 +1,15 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{HTMLEnd}
+\alias{HTMLEnd}
+\title{Termine et clos le fichier HTML}
+\usage{
+  HTMLEnd()
+}
+\description{
+  Ecrit le footer du fichier hTML
+}
+\details{
+  Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, et en
+  supprime l'acces.
+}
+

man/HTMLInit.Rd

@@ -0,0 +1,20 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{HTMLInit}
+\alias{HTMLInit}
+\title{Initialiser un fichier HTML}
+\usage{
+  HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"),
+    title = "")
+}
+\arguments{
+  \item{title}{Titre de la page}
+}
+\description{
+  Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
+}
+\details{
+  Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
+  temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du
+  fichier actuel est stocke dans .HTML.file
+}
+

man/charger.Rd

@@ -1,32 +1,33 @@
-\encoding{ISO-8859-1}
+\encoding{UTF-8}
 \name{charger}
 \alias{charger}
-\title{Charger un fichier de données dans l'environnement}
+\title{Charger un fichier de donnees dans l'environnement}
 \usage{
-charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
+  charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
 }
 \arguments{
-  \item{fichier}{Fichier de données à charger}
+  \item{fichier}{Fichier de donnees à charger}
 
   \item{nom}{Nom de la data frame dans laquelle stocker les
-  données chargées}
+  donnees chargees}
 
-  \item{feuille}{Feuille à utiliser si fichier excel et en
-  cas de feuilles mutiples (et qu'on veut accéder à une
-  feuille au-delà de la première)}
+  \item{feuille}{Feuille à utiliser si fichier excel et en
+  cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder à une
+  feuille au-dela de la premiere)}
 }
 \description{
-Charge un fichier texte ou excel contenant les données
-ainsi que les formats et labels
+  Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
+  ainsi que les formats et labels
 }
 \details{
-La fonction charge les données contenues dans le fichier de
-données et créé une table de valeurs. Si des labels/formats
-sont définis ils seront appliqués. Les variables pour
-lesquelles un format est défini seront considérées comme
-des variables qualitatives. La table de valeurs prend
-automatiquement le nom du fichier (suffixé par le numéro de
-feuille) et est attachée à l'environnement courant.
+  La fonction charge les donnees contenues dans le fichier
+  de donnees et cree une table de valeurs. Si des
+  labels/formats sont définis ils seront appliques. Les
+  variables pour lesquelles un format est défini seront
+  considerees comme des variables qualitatives. La table de
+  valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe
+  par le numero de feuille) et est attachee à
+  l'environnement courant.
 }
 \examples{
 charger("data.csv") #charger un fichier texte (marche aussi pour les .txt)

man/desc.Rd

@@ -1,46 +1,55 @@
-\encoding{ISO-8859-1}
+\encoding{UTF-8}
 \name{desc}
 \alias{desc}
 \title{Descriptif global de la table courante}
 \usage{
-desc(html = "desc.html", titre = NULL, table = NULL, variables = NULL,
-  miss = FALSE, anglais = FALSE, note = "", nbdec = 1)
+  desc(html = "desc", titre = NULL, table = NULL,
+    variables = NULL, variables_neg = NULL,
+    stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = FALSE,
+    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
-  \item{html}{Nom du fichier html, par défaut "desc.html",
-  éventuellement suffixé d'un nombre si le fichier existe
-  déjà}
+  \item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc.html",
+  eventuellement suffixe d'un nombre si le fichier existe
+  deja}
 
-  \item{titre}{Titre du tableau, par défaut "Descriptif
+  \item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif
   global de nom_de_la_table"}
 
-  \item{table}{Table à utiliser, par défaut la dernière
-  chargée}
+  \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
+  chargee}
 
-  \item{variables}{Vecteur de noms de variables à décrire,
-  par défaut toutes les variables contenues dans la table}
+  \item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire,
+  par defaut toutes les variables contenues dans la table}
+
+  \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a
+  exclure de la description}
+
+  \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%,
+  \%/moy, moy, et, ic95, q1, med, q3. Par defaut
+  c("N","\%/moy","ic95")}
 
   \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs
-  manquantes, par défaut FALSE}
+  manquantes, par defaut FALSE}
 
   \item{anglais}{Booleen : obtenir un tableau en
-  anglais(intitulés, séparation des décimales), par défaut
+  anglais(intitules, separation des decimales), par defaut
   FALSE}
 
-  \item{note}{Note de bas de page, par défaut vide}
+  \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}
 
-  \item{nbdec}{Nombre de décimales après la virgule, par
-  défaut 1}
+  \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par
+  defaut 1}
 }
 \description{
-Produit un tableau descriptif de la table courante
+  Produit un tableau descriptif de la table courante
 }
 \details{
-Permet de produire un tableau descriptif des variables
-contenues dans la table courante. Si les labels et formats
-sont définis et chargés ils seront utilisés pour peupler le
-tableau. Tous les paramètres ont une valeur par défaut, il
-est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir
-un tableau descriptif par défaut.
+  Permet de produire un tableau descriptif des variables
+  contenues dans la table courante. Si les labels et
+  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
+  peupler le tableau. Tous les parametres ont une valeur
+  par defaut, il est donc possible de simplement lancer
+  desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/label.Rd

@@ -1,4 +1,4 @@
-\encoding{ISO-8859-1}
+\encoding{UTF-8}
 \name{label}
 \alias{label}
 \alias{label.default}
@@ -7,32 +7,32 @@
 \alias{label<-.default}
 \title{Etiquetter un objet}
 \usage{
-label(objet)
+  label(objet)
 
-\method{label}{default}(objet)
+  label.default(objet)
 
-label(objet) <- value
+  label(objet, value) <- value
 
-\method{label}{default}(objet) <- value
+  label.default(objet, value) <- value
 
-\method{label}{data.frame}(objet) <- value
+  label.data.frame(objet, value) <- value
 }
 \arguments{
-  \item{objet}{L'objet à nommer}
+  \item{objet}{L'objet a nommer}
 
-  \item{value}{Le texte de l'étiquette}
+  \item{value}{Le texte de l'etiquette}
 }
 \value{
-Renvoie une chaîne de caractères contenant l'étiquette de
-l'objet
+  Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
+  l'objet
 }
 \description{
-Attribuer ou récupérer l'étiquette d'un objet
+  Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
 }
 \details{
-Méthode par défaut pour accéder et modifier l'étiquette
-d'un objet ou d'un élément d'un objet. Il est possible de
-supprimer l'étiquette en passant NULL à la fonction.
+  Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
+  d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
+  supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
 }
 \examples{
 label(a) <- "Une variable"