charger.R : na.strings="" dans read.csv2 (alternative pour read.xlsx ?)

oubli d'un encoding=iso8859-1 dans la lecture de labels.sas
Re-séparation des fichiers CSS à cause de collisions de styles (wtf?), et  ajout du paramètre CSSfile dans HTMLInit()
Correction du charset auto dans HTMLInit()

TODO : gestion douce des erreurs lors de l'utilisation des tests statistiques -> warnings et toujours produire un fichier html

DESCRIPTION

@@ -9,3 +9,9 @@ Depends:
     xlsx
 Description: 
 License: GPLv3
+Collate:
+    'charger.R'
+    'desc_global.R'
+    'desc_groupe.R'
+    'html.R'
+    'label.R'

NAMESPACE

@@ -1,7 +1,6 @@
-S3method("label<-",data.frame)
-S3method("label<-",default)
-S3method(label,default)
 export("label<-")
+export("label<-.data.frame")
+export("label<-.default")
 export(HTML)
 export(HTMLEnd)
 export(HTMLInit)
@@ -10,3 +9,4 @@ export(desc_global)
 export(desc_groupe)
 export(diagnostic)
 export(label)
+export(label.default)

R/charger.R

@@ -32,7 +32,7 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
   
   # Lecture du fichier selon l'extension
   if (grepl("\\.csv$",fichier) || grepl("\\.txt$",fichier))
-    x<-read.csv2(fichier)
+    x<-read.csv2(fichier, na.strings="")
   else if (grepl("\\.xlsx?$",fichier))
     x<-read.xlsx(fichier,feuille)
   
@@ -96,7 +96,7 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
   # Lecture des labels a partir du fichier SAS
   if (file.exists("labels.sas"))
   {
-    con=file("labels.sas","r",encoding="ISO-8859-1")
+    con=file("labels.sas","r")
     labelsfile=readLines(con)
     close(con)
     labels=labelsfile[grepl('^ *\\w*? *= *\\".*?\\" *$',labelsfile)]

R/desc_global.R

@@ -48,7 +48,7 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
   }
   
   # Header de la table
-  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre)
+  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre, CSSfile="desc.css")
   HTML("<div class='desc'>")
   inc()
   HTML("<table class='desc'>")
@@ -176,8 +176,8 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
 #' 
 #' Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table courante.
 #' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
-#' La fonction attribue un paramètre "param" à chaque variable à partir de tests de normalité, ce paramètre est modifiable ensuite, il conditionne l'utilisation des tests statistiques dans la fonction comparer().
-#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer diag() pour obtenir le diagnostic par defaut.
+#' La fonction attribue un parametre "param" a chaque variable a partir de tests de normalite, ce parametre est modifiable ensuite, il conditionne l'utilisation des tests statistiques dans la fonction comparer().
+#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer diagnostic() pour obtenir le diagnostic par defaut.
 #' @encoding UTF-8
 #' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
 #' @export
@@ -185,7 +185,7 @@ diagnostic <- function(table=NULL)
 {
   if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
   
-  HTMLInit()
+  HTMLInit(CSSfile="diag.css")
   assign(".param", character(), pos=1)
   
   HTML("<div class='diag_menu'>")

R/desc_groupe.R

@@ -63,7 +63,7 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
     html <- paste0("desc_groupe_",groupe)
   
   # Header de la table
-  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre)
+  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre, CSSfile="desc.css")
   HTML("<div class='desc'>")
   inc()
   HTML("<table class='desc'>")

R/html.R

@@ -7,10 +7,12 @@
 #' @encoding UTF-8
 #' @param file Nom du fichier HTML à creer, par defaut un fichier temporaire
 #' @param title Titre de la page
+#' @param CSSfile Fichier CSS à utiliser
 #' @export
-HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="")
+HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="", CSSfile="")
 {
-  file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","cosmosR.css"), to=file.path(dirname(file),"cosmosR.css"),overwrite=T)
+  file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","desc.css"), to=file.path(dirname(file),"desc.css"),overwrite=T)
+  file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","diag.css"), to=file.path(dirname(file),"diag.css"),overwrite=T)
   file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","cosmosR.js"), to=file.path(dirname(file),"cosmosR.js"),overwrite=T)
   assign(".HTML.file", file, pos=1)
   assign(".tabs", 0, pos=1)
@@ -21,9 +23,9 @@ HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="")
   inc()
     HTML("<HEAD>")
     inc()
-      HTML("<meta charset='", localeToCharset(), "' />")
+      HTML("<meta charset='", localeToCharset()[1], "' />")
       HTML("<title>", title, "</title>")
-      HTML("<link rel='stylesheet' href='cosmosR.css' />")
+      HTML("<link rel='stylesheet' href='", CSSfile, "' />")
       HTML("<script src='cosmosR.js'></script>")
     dec()
     HTML("</HEAD>")

SEEC_Nancy.Rproj

@@ -7,7 +7,7 @@ AlwaysSaveHistory: Default
 EnableCodeIndexing: Yes
 UseSpacesForTab: Yes
 NumSpacesForTab: 2
-Encoding: ISO8859-1
+Encoding: UTF-8
 
 RnwWeave: Sweave
 LaTeX: pdfLaTeX

data/cosmosR.css → data/desc.css

@@ -8,7 +8,7 @@ div.desc
   background-color: white;
   border-radius: 10px;
   box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
-  margin: 20px auto;
+  margin: 20px 10px;
   padding: 10px;
   display: inline-block;
   overflow: hidden;
@@ -31,7 +31,7 @@ table.desc caption
 
 table.desc thead, th
 {
-  padding: 0 1em;
+  padding: 0 3em;
   border-bottom: 1px solid black;
   height: 2em;
   font-weight: normal;
@@ -61,69 +61,7 @@ table.desc tbody td.level
 }
 
 table.desc tbody td
-{
-  padding-top: 1em;
-  text-align: right;
-}
-
-div.diag_menu
-{
-  background-color: white;
-  border-radius: 10px;
-  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
-  margin: 10px 10px;
-  width: 15%;
-  padding: 10px;
-  display: inline-block;
-  vertical-align: top;
-  overflow: hidden;
-  resize: both;
-}
-
-div.diag_menu p
-{
-    margin: 0px;
-    font-weight: bold;
-}
-
-div.diag_menu p:hover
-{
-    background-color: grey;
-}
-
-table.diag{
-  text-align: center;
-  padding: 5px 0;
-}
-
-table.diag td, th
-{
-  padding: 3px;
-}
-
-div.diag_varblock
-{
-  background-color: white;
-  border-radius: 10px;
-  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
-  margin: 10px 10px;
-  padding: 10px;
-  font-weight: bold;
-  font-size: 1.2em;
-  display: inline-block;
-  vertical-align: top;
-  overflow: hidden;
-  position: fixed;
-}
-
-div.diag_varstat
-{
-  margin: 20px;
-  font-weight: normal;
-  font-size: 1rem;
-}
-
-div.diag_varplot
 {
   text-align: center;
+  vertical-align: bottom;
 }

data/diag.css

@@ -0,0 +1,66 @@
+body
+{
+  background-color: lightgrey;
+}
+
+div.diag_menu
+{
+  background-color: white;
+  border-radius: 10px;
+  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+  margin: 10px 10px;
+  width: 15%;
+  padding: 10px;
+  display: inline-block;
+  vertical-align: top;
+  overflow: hidden;
+  resize: both;
+}
+
+div.diag_menu p
+{
+    margin: 0px;
+    font-weight: bold;
+}
+
+div.diag_menu p:hover
+{
+    background-color: grey;
+}
+
+table.diag{
+  text-align: center;
+  padding: 5px 0;
+}
+
+table.diag td, th
+{
+  padding: 3px;
+}
+
+div.diag_varblock
+{
+  background-color: white;
+  border-radius: 10px;
+  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+  margin: 10px 10px;
+  padding: 10px;
+  font-weight: bold;
+  font-size: 1.2em;
+  display: inline-block;
+  vertical-align: top;
+  overflow: hidden;
+  position: fixed;
+}
+
+div.diag_varstat
+{
+  margin: 20px;
+  font-weight: normal;
+  font-size: 1rem;
+}
+
+div.diag_varplot
+{
+  text-align: center;
+}

man/HTML.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTML}
 \title{Ecrit dans le fichier HTML}
 \usage{
-HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n")
+  HTML(x, ..., append = T, sep = "\n")
 }
 \description{
-Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
+  Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
 }
 \details{
-Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
-est contenu dans .HTML.file
+  Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
+  est contenu dans .HTML.file
 }
 

man/HTMLEnd.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTMLEnd}
 \title{Termine et clos le fichier HTML}
 \usage{
-HTMLEnd()
+  HTMLEnd()
 }
 \description{
-Ecrit le footer du fichier hTML
+  Ecrit le footer du fichier hTML
 }
 \details{
-Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
-le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
+  Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
+  le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
 }
 

man/HTMLInit.Rd

@@ -3,20 +3,18 @@
 \alias{HTMLInit}
 \title{Initialiser un fichier HTML}
 \usage{
-HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"), title = "")
+  HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"),
+    title = "", CSSfile = "")
 }
 \arguments{
-  \item{file}{Nom du fichier HTML à creer, par defaut un
-  fichier temporaire}
-
   \item{title}{Titre de la page}
 }
 \description{
-Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
+  Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
 }
 \details{
-Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
-temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du fichier
-actuel est stocke dans .HTML.file
+  Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
+  temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du
+  fichier actuel est stocke dans .HTML.file
 }
 

man/charger.Rd

@@ -3,7 +3,7 @@
 \alias{charger}
 \title{Charger un fichier de donnees dans l'environnement}
 \usage{
-charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
+  charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
 }
 \arguments{
   \item{fichier}{Fichier de donnees a charger}
@@ -16,17 +16,18 @@ charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
   feuille au-dela de la premiere)}
 }
 \description{
-Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
-ainsi que les formats et labels
+  Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
+  ainsi que les formats et labels
 }
 \details{
-La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de
-donnees et cree une table de valeurs. Si des labels/formats
-sont definis ils seront appliques. Les variables pour
-lesquelles un format est defini seront considerees comme
-des variables qualitatives. La table de valeurs prend
-automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de
-feuille) et est attachee a l'environnement courant.
+  La fonction charge les donnees contenues dans le fichier
+  de donnees et cree une table de valeurs. Si des
+  labels/formats sont definis ils seront appliques. Les
+  variables pour lesquelles un format est defini seront
+  considerees comme des variables qualitatives. La table de
+  valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe
+  par le numero de feuille) et est attachee a
+  l'environnement courant.
 }
 \examples{
 charger("data.csv") #charger un fichier texte (marche aussi pour les .txt)

man/desc_global.Rd

@@ -3,9 +3,10 @@
 \alias{desc_global}
 \title{Descriptif global de la table courante}
 \usage{
-desc_global(html = "desc_global", titre = NULL, table = NULL,
-  variables = NULL, variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy",
-  "ic95"), miss = TRUE, anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
+  desc_global(html = "desc_global", titre = NULL,
+    table = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL,
+    stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = TRUE,
+    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
   \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
@@ -40,14 +41,14 @@ desc_global(html = "desc_global", titre = NULL, table = NULL,
   defaut 1}
 }
 \description{
-Produit un tableau descriptif de la table courante
+  Produit un tableau descriptif de la table courante
 }
 \details{
-Permet de produire un tableau descriptif des variables
-contenues dans la table courante. Si les labels et formats
-sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
-tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut, il
-est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir
-un tableau descriptif par defaut.
+  Permet de produire un tableau descriptif des variables
+  contenues dans la table courante. Si les labels et
+  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
+  peupler le tableau. Tous les parametres ont une valeur
+  par defaut, il est donc possible de simplement lancer
+  desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/desc_groupe.Rd

@@ -3,9 +3,9 @@
 \alias{desc_groupe}
 \title{Comparatif par groupe de la table courante}
 \usage{
-desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL, table = NULL,
-  variables = NULL, variables_neg = NULL, anglais = FALSE, note = NULL,
-  nbdec = 1)
+  desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL,
+    table = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL,
+    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
   \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
@@ -17,8 +17,6 @@ desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL, table = NULL,
   \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
   chargee}
 
-  \item{groupe}{Variable à utiliser pour la comparaison.}
-
   \item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer,
   par defaut toutes les variables contenues dans la table
   moins celle servant de comparateur}
@@ -36,16 +34,16 @@ desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL, table = NULL,
   defaut 1}
 }
 \description{
-Produit un tableau comparatif par groupe de la table
-courante
+  Produit un tableau comparatif par groupe de la table
+  courante
 }
 \details{
-Permet de produire un tableau comparatif des variables
-contenues dans la table courante selon les modalites d'une
-d'entre elles. Si les labels et formats sont definis et
-charges ils seront utilises pour peupler le tableau. Tous
-les parametres ont une valeur par defaut, il est donc
-possible de simplement lancer desc() pour obtenir un
-tableau descriptif par defaut.
+  Permet de produire un tableau comparatif des variables
+  contenues dans la table courante selon les modalites
+  d'une d'entre elles. Si les labels et formats sont
+  definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+  tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut,
+  il est donc possible de simplement lancer desc() pour
+  obtenir un tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/diagnostic.Rd

@@ -3,27 +3,27 @@
 \alias{diagnostic}
 \title{Diagnostics de la table courante}
 \usage{
-diagnostic(table = NULL)
+  diagnostic(table = NULL)
 }
 \arguments{
   \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
   chargee}
 }
 \description{
-Produit un tableau descriptif de la table courante et des
-graphiques pour la verification des conditions
-d'utilisation des tests satistiques
+  Produit un tableau descriptif de la table courante et des
+  graphiques pour la verification des conditions
+  d'utilisation des tests satistiques
 }
 \details{
-Permet de produire un tableau descriptif des variables
-contenues dans la table courante. Si les labels et formats
-sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
-tableau. La fonction attribue un paramètre "param" à
-chaque variable à partir de tests de normalité, ce
-paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
-l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
-comparer(). Tous les parametres ont une valeur par defaut,
-il est donc possible de simplement lancer diag() pour
-obtenir le diagnostic par defaut.
+  Permet de produire un tableau descriptif des variables
+  contenues dans la table courante. Si les labels et
+  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
+  peupler le tableau. La fonction attribue un parametre
+  "param" a chaque variable a partir de tests de normalite,
+  ce parametre est modifiable ensuite, il conditionne
+  l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
+  comparer(). Tous les parametres ont une valeur par
+  defaut, il est donc possible de simplement lancer
+  diagnostic() pour obtenir le diagnostic par defaut.
 }
 

man/label.Rd

@@ -7,15 +7,15 @@
 \alias{label<-.default}
 \title{Etiquetter un objet}
 \usage{
-label(objet)
+  label(objet)
 
-\method{label}{default}(objet)
+  label.default(objet)
 
-label(objet) <- value
+  label(objet, value) <- value
 
-\method{label}{default}(objet) <- value
+  label.default(objet, value) <- value
 
-\method{label}{data.frame}(objet) <- value
+  label.data.frame(objet, value) <- value
 }
 \arguments{
   \item{objet}{L'objet a nommer}
@@ -23,16 +23,16 @@ label(objet) <- value
   \item{value}{Le texte de l'etiquette}
 }
 \value{
-Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
-l'objet
+  Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
+  l'objet
 }
 \description{
-Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
+  Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
 }
 \details{
-Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
-d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
-supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
+  Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
+  d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
+  supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
 }
 \examples{
 label(a) <- "Une variable"