From b0ec7a387c7734a0f3a689f7f3159a8d16773b65 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Maxime Wack <maximewack@free.Fr>
Date: Wed, 25 Mar 2015 11:52:59 -0400
Subject: [PATCH] Option for paired tests in desc_groupe

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 R/desc_groupe.R | 9 +++++----
 1 file changed, 5 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/R/desc_groupe.R b/R/desc_groupe.R
index 45f63a0..576d0e3 100644
--- a/R/desc_groupe.R
+++ b/R/desc_groupe.R
@@ -13,10 +13,11 @@
 #' @param titre Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable"
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison
-#' #' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")
+#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @param pourcent Pourcentages pour les variables qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), par defaut sur le total
+#' @param paired Use a paired test for quantitative values. Must have equal number of observations in the two groups. Only works for two groups.
 #' @examples
 #' \dontrun{
 #' Ma_table <- charger("donnees.xls")
@@ -27,7 +28,7 @@
 #' desc_groupe(Ma_table, "sexe", param = para, titre="Comparatif selon le sexe", pourcent="row")
 #' }
 #' @export
-desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL,stats=c("N","%/moy","et"), note=NULL, nbdec=1, pourcent="total")
+desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL,stats=c("N","%/moy","et"), note=NULL, nbdec=1, pourcent="total", paired=F)
 {
   if (nbdec<2)
     nbdecp<-2
@@ -132,7 +133,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
       {
         if (nlevels(modulo) == 2)
         {
-          p <- tryCatch(t.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test t")})
+          p <- tryCatch(t.test(table[[var]] ~ modulo, paired=paired,na.action=na.pass)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test t")})
           test <- "t"
         }
         else if (nlevels(modulo) > 2)
@@ -145,7 +146,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
       {
         if (nlevels(modulo) == 2)
         {
-          p <- tryCatch(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Mann-Whitney")})
+          p <- tryCatch(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo, paired=paired, na.action=na.pass)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Mann-Whitney")})
           test <- "M-W"
         }
         else if (nlevels(modulo) > 2)