Creation de loadLabels en standalone permettant le chargement de labels après data management, et le choix d'un fichier arbitraire

stats dans desc_groupe avec valeur par défaut à c("N","%/moy","et")
p dans les tests stats à 2 chiffres derrière la virgule par défaut
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NAMESPACE

@@ -10,3 +10,4 @@ export(desc_global)
 export(desc_groupe)
 export(diagnostic)
 export(label)
+export(loadLabels)

R/charger.R

@@ -91,16 +91,7 @@ charger <- function(fichier,feuille=1,chemin="../../data/")
   }
   
   # Lecture des labels a partir du fichier SAS
-  if (file.exists("labels.sas"))
-  {
-    con=file("labels.sas","r",encoding="native.enc")
-    labelsfile=readLines(con)
-    close(con)
-    labels=labelsfile[grepl('^ *\\w*?[[:space:]]*=[[:space:]]*\\".*?\\" *$',labelsfile)]
-    labels=paste(labels,collapse=",")
-    label_exe = paste("label(x)<-c(",labels,")")
-    eval(parse(text=label_exe))
-  }
+  x <- loadLabels(x,"labels.sas")
   
   # Remplacement des "" par NA dans les facteurs
   for (var in names(x))
@@ -110,4 +101,45 @@ charger <- function(fichier,feuille=1,chemin="../../data/")
   }
 
   return(x)
+}
+
+
+#' Load labels from a flat file
+#' 
+#' Loads label values from a flat file and applies them to the provided dataframe
+#' 
+#' This function takes a dataframe and adds label attributes to the variables.
+#' The file must be formatted like this :
+#' variablename = "Label for the variable"
+#' with one line per variable
+#' @encoding UTF-8
+#' @param dataframe The dataframe to which you want to assign labels
+#' @param file The flat file from which to load the label data
+#' @return The dataframe with label attributes
+#' @examples
+#' \dontrun{df <- loadLabels(df,"labels.txt")}
+#' @export
+loadLabels <- function(dataframe,file)
+{
+  if (missing(dataframe) | missing(file))
+  {
+    warning("Dataframe or file missing")
+    return -1
+  }
+  
+  if (!file.exists(file))
+  {
+    warning("File doesn't exists")
+    return -1
+  }
+  
+  con=file(file,"r",encoding="native.enc")
+  labelsfile=readLines(con)
+  close(con)
+  labels=labelsfile[grepl('^ *\\w*?[[:space:]]*=[[:space:]]*\\".*?\\" *$',labelsfile)]
+  labels=paste(labels,collapse=",")
+  label_exe = paste("label(dataframe)<-c(",labels,")")
+  eval(parse(text=label_exe))
+  
+  dataframe
 }

R/desc_global.R

@@ -11,7 +11,7 @@
 #' @param titre Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la description
-#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par defaut c("N","\%/moy","ic95")
+#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par defaut c("N","\%/moy","et")
 #' @param miss Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut TRUE
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
@@ -23,7 +23,7 @@
 #' desc_global(Ma_table, variables=c("var1","var2"), stats=c("N","%"), note="Note de bas de page")
 #' }
 #' @export
-desc_global <- function(table, html="desc_global", titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","ic95"), miss=TRUE, note=NULL, nbdec=1)
+desc_global <- function(table, html="desc_global", titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","et"), miss=TRUE, note=NULL, nbdec=1)
 {
   if (missing(table))
   {

R/desc_groupe.R

@@ -28,6 +28,11 @@
 #' @export
 desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, note=NULL, nbdec=1, pourcent="total")
 {
+  if (nbdec<2)
+    nbdecp<-2
+  else
+    nbdecp<-nbdec
+  
   if (missing(table))
   {
     warning("Pas de table donnee !")
@@ -155,7 +160,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
       for (level in levels(modulo))
         HTML("<td>",format(mean(table[[var]][modulo==level], na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td><td>", format(sd(table[[var]][modulo==level],na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td>", sep="")
       
-      HTML("<td>", format(p,digits=nbdec,nsmall=nbdec), sep="")
+      HTML("<td>", format(p,digits=nbdecp,nsmall=nbdecp), sep="")
       if (p<.05)
         HTML("*", sep="")
       HTML(" (",test,")</td>", sep="")
@@ -189,7 +194,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU
         })
       
       HTML("<tr><td class='var' colspan='", nlevels(modulo)*2+1, "'>", etiq, "</td>", sep="")
-      HTML("<td>", format(p,digits=nbdec,nsmall=nbdec), sep="")
+      HTML("<td>", format(p,digits=nbdecp,nsmall=nbdecp), sep="")
       if (p<.05)
         HTML("*", sep="")
       HTML(" (",test,")</td>", sep="")

man/desc_global.Rd

@@ -4,7 +4,7 @@
 \title{Descriptif global d'une table}
 \usage{
 desc_global(table, html = "desc_global", titre = NULL, variables = NULL,
-  variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = TRUE,
+  variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy", "et"), miss = TRUE,
   note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
@@ -24,7 +24,7 @@ desc_global(table, html = "desc_global", titre = NULL, variables = NULL,
 
   \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%,
   \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par
-  defaut c("N","\%/moy","ic95")}
+  defaut c("N","\%/moy","et")}
 
   \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs
   manquantes, par defaut TRUE}

man/loadLabels.Rd

@@ -0,0 +1,31 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{loadLabels}
+\alias{loadLabels}
+\title{Load labels from a flat file}
+\usage{
+loadLabels(dataframe, file)
+}
+\arguments{
+  \item{dataframe}{The dataframe to which you want to
+  assign labels}
+
+  \item{file}{The flat file from which to load the label
+  data}
+}
+\value{
+The dataframe with label attributes
+}
+\description{
+Loads label values from a flat file and applies them to the
+provided dataframe
+}
+\details{
+This function takes a dataframe and adds label attributes
+to the variables. The file must be formatted like this :
+variablename = "Label for the variable" with one line per
+variable
+}
+\examples{
+\dontrun{df <- loadLabels(df,"labels.txt")}
+}
+