Modification du nom du package vers cosmosR

Modification du nom des fonctions (desc -> desc_global, pour pouvoir nommer desc_groupe)
Unification du CSS et JS dans cosmosR.css et cosmosR.js
Headers de table de desc_groupe
Copie auto des CSS et JS dans le répertoire de destination
Fonction diagnostic() terminée

DESCRIPTION

@@ -1,6 +1,6 @@
-Package: SEECNancy
+Package: cosmosR
 Type: Package
-Title: Fonctions pour le SEEC de Nancy
+Title: Production facilitee de tableaux statistiques
 Version: 1.0
 Date: 2013-09-18
 Author: Maxime Wack
@@ -9,8 +9,3 @@ Depends:
     xlsx
 Description: 
 License: GPLv3
-Collate:
-    'charger.R'
-    'desc.R'
-    'label.R'
-    'html.R'

NAMESPACE

@@ -1,11 +1,12 @@
+S3method("label<-",data.frame)
+S3method("label<-",default)
+S3method(label,default)
 export("label<-")
-export("label<-.data.frame")
-export("label<-.default")
 export(HTML)
 export(HTMLEnd)
 export(HTMLInit)
 export(charger)
-export(desc)
-export(diag)
+export(desc_global)
+export(desc_groupe)
+export(diagnostic)
 export(label)
-export(label.default)

R/charger.R

@@ -32,16 +32,16 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
   
   # Lecture du fichier selon l'extension
   if (grepl("\\.csv$",fichier) || grepl("\\.txt$",fichier))
-    x<-read.csv2(fichier,encoding="ISO-8859-1")
+    x<-read.csv2(fichier)
   else if (grepl("\\.xlsx?$",fichier))
-    x<-read.xlsx(fichier,feuille,encoding="ISO-8859-1")
+    x<-read.xlsx(fichier,feuille)
   
   # Lecture des formats a partir du fichier SAS
   if (file.exists("formats.sas"))
   {
     formats=list(0)
     
-    con=file("formats.sas","r",encoding="ISO-8859-1")
+    con=file("formats.sas","r")
       formatsfile=readLines(con)
     close(con)
     
@@ -67,7 +67,7 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
     # Lecture des attributions de format depuis le fichier SAS
     if (file.exists("attribformats.sas"))
     {
-      con=file("attribformats.sas","r",encoding="ISO-8859-1")
+      con=file("attribformats.sas","r")
         attribfile=readLines(con)
       close(con)
       
@@ -108,5 +108,4 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
   # Enregistrement de la table dans l'environnement, attach et assignation de la variable .attachd
   assign(".attachd",nom,pos=1)
   assign(nom,x,pos=1)
-  attach(eval(parse(text=.attachd)),name=.attachd)
 }

R/desc.R → R/desc_global.R

@@ -6,7 +6,7 @@
 #' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
 #' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
 #' @encoding UTF-8
-#' @param html Nom du fichier html, par defaut "desc.html", eventuellement suffixe d'un nombre si le fichier existe deja
+#' @param html Nom du fichier html, par defaut "desc_global.html"
 #' @param titre Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"
 #' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table
@@ -17,7 +17,7 @@
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @export
-desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","ic95"), miss=TRUE, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
+desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","ic95"), miss=TRUE, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
 {
   if (anglais)
     decmark="."
@@ -49,28 +49,30 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
   
   # Header de la table
   HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre)
-  HTML("<table>")
+  HTML("<div class='desc'>")
   inc()
-    HTML("<caption>", titre, "</caption>")
-    HTML("<thead>")
-    inc()
-      HTML("<tr><th></th>", paste("<th>",stats,"</th>",sep="", collapse=""), "</tr>")
-    dec()
-    HTML("</thead>")
+  HTML("<table class='desc'>")
+  inc()
+  HTML("<caption>", titre, "</caption>")
+  HTML("<thead>")
+  inc()
+  HTML("<tr><th></th>", paste("<th>",stats,"</th>",sep="", collapse=""), "</tr>")
+  dec()
+  HTML("</thead>")
   
   # Footer de la table
   if (!is.null(note))
   {
-      HTML("<tfoot>")
-      inc()
-        HTML("<tr><td colspan='", length(stats)+1, "'>", note,"</td></tr>")
-      dec()
-      HTML("</tfoot>")
+    HTML("<tfoot>")
+    inc()
+    HTML("<tr><td colspan='", length(stats)+1, "'>", note,"</td></tr>")
+    dec()
+    HTML("</tfoot>")
   }
   
   # Corps de la table
-    HTML("<tbody>")
-    inc()
+  HTML("<tbody>")
+  inc()
   for (var in names(table))
   {
     # Creation du label de la variable
@@ -98,7 +100,7 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
           min = min(table[[var]],na.rm=T),
           max = max(table[[var]],na.rm=T),
           et = sd(table[[var]],na.rm=T),
-          ic95 = paste0("±",format(mean(table[[var]],na.rm=T) - t.test(table[[var]])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark))
+          ic95 = paste0("&plusmn;",format(mean(table[[var]],na.rm=T) - t.test(table[[var]])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark))
           ),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), sep="")
         
         HTML("</td>", sep="")
@@ -115,49 +117,50 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
       if ((miss) & (!is.na(summary(table[[var]])["NA's"])))
       {
         if (anglais)
-      HTML("<tr><td class='level'>Missing</td>",sep="")
+          HTML("<tr><td class='level'>Missing</td>",sep="")
         else
-      HTML("<tr><td class='level'>Manquant</td>",sep="")
+          HTML("<tr><td class='level'>Manquant</td>",sep="")
       
         for (stat in stats)
         {
-        HTML("<td>",sep="")
+          HTML("<td>",sep="")
       
           if (stat == "N")
-        HTML(summary(table[[var]])["NA's"],sep="")
+            HTML(summary(table[[var]])["NA's"],sep="")
 #         else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy"))
-#       HTML(format(mean(is.na(table[[var]]))*100,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+#           HTML(format(mean(is.na(table[[var]]))*100,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
       
-        HTML("</td>",sep="")
+          HTML("</td>",sep="")
         }
-      HTML("</tr>")
+        HTML("</tr>")
       }
 
       # Levels de la variable qualitative
       for (level in levels(table[[var]]))
       {
-      HTML("<tr><td class='level'>", level, "</td>",sep="")
+        HTML("<tr><td class='level'>", level, "</td>",sep="")
         for (stat in stats)
         {
-        HTML("<td>",sep="")
+          HTML("<td>",sep="")
       
           if (stat == "N")
-        HTML(summary(table[[var]])[level],sep="")
+            HTML(summary(table[[var]])[level],sep="")
           else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy") | (stat == "%/med"))
-        HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(na.omit(table[[var]])),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
-#       HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(table[[var]]),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+            HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(na.omit(table[[var]])),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+#           HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(table[[var]]),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
 
-        HTML("</td>",sep="")
+          HTML("</td>",sep="")
         }
-      HTML("</tr>")
+        HTML("</tr>")
       }
     }
     else next
   }
-    dec()
-    HTML("</tbody>")
+  dec()
+  HTML("</tbody>")
   dec()
   HTML("</table>")
+  HTML("</div>")
   HTMLEnd()
 }
 
@@ -172,24 +175,41 @@ desc <- function(html="desc", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_
 #' @encoding UTF-8
 #' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
 #' @export
-diag <- function(table=NULL)
+diagnostic <- function(table=NULL)
 {
   if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
   
   HTMLInit()
   assign(".param", character(), pos=1)
   
+  HTML("<div class='diag_menu'>")
+  inc()
+  for (var in names(table))
+  {
+    # Creation du label de la variable
+    etiq <- label(table[[var]])
+    if (etiq == "table[[var]]") etiq <- var
+    
+    HTML("<p id='", var, "'>", etiq, sep="")
+    if (is.numeric(table[[var]]))
+      if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
+        HTML("*", sep="")
+    HTML("</p>")
+  }
+  dec()
+  HTML("</div>")
+  
   for (var in names(table))
   {
     # Creation du label de la variable
     etiq <- label(table[[var]])
     if (etiq == "table[[var]]") etiq <- var
     
-    HTML("<div class='varblock'>",etiq)
+    HTML("<div class='diag_varblock' id='div_", var, "' style='display:none'>",etiq)
     inc()
-      HTML("<div class='varstat'>")
+      HTML("<div class='diag_varstat'>")
       inc()
-        HTML("<table>")
+        HTML("<table class='diag'>")
         inc()
         HTML("<tr>", paste("<th>", names(summary(table[[var]])), "</th>", collapse=""), "</tr>")
         HTML("<tr>", sep="")
@@ -203,33 +223,33 @@ diag <- function(table=NULL)
         if (is.numeric(table[[var]]))
         {
           HTML("IC95 : [ ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[1],digits=2,nsmall=2), " - ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[2],digits=2,nsmall=2), " ]<br/>")
-          HTML("Test de normalité de Shapiro-Wilk : p = ", format(shapiro.test(table[[var]])$p.value,digits=2,nsmall=2), "<br/>")
-          if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > 5) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
+          HTML("Test de normalit&eacute; de Shapiro-Wilk : p = ", format(shapiro.test(table[[var]])$p.value,digits=2,nsmall=2), "<br/>")
+          if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
           {
-            assign(".param", c(.param,var))
-            HTML("<b>Paramétrique</b>")
+            assign(".param", c(.param,var), pos=1)
+            HTML("<b>Param&eacute;trique</b>")
           }
         }
       dec()
       HTML("</div>")
     
-      HTML("<div class='varplot'>")
+      HTML("<div class='diag_varplot'>")
       inc()
         if (is.numeric(table[[var]]))
         {
           pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
           png(filename=pngfile)
-          hist(table[[var]],freq=F,col="lightblue",border="darkblue",xlab=etiq,ylab="Densité",main=paste0("Distribution de ",etiq))
+          hist(table[[var]],freq=F,col="lightblue",border="darkblue",xlab=etiq,ylab="Densite",main=paste0("Distribution de ",etiq))
           lines(density(table[[var]],na.rm=T),col="red")
           dev.off()
-          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+          HTML("<img src='", basename(pngfile), "'/>")
           
           pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
           png(filename=pngfile)
-          qqnorm(table[[var]], xlab="Quantiles théoriques",ylab="Quantiles de l'échantillon")
+          qqnorm(table[[var]], xlab="Quantiles theoriques",ylab="Quantiles de l'echantillon")
           qqline(table[[var]])
           dev.off()
-          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+          HTML("<img src='", basename(pngfile), "'/>")
         }
         else if (is.factor(table[[var]]))
         {
@@ -237,7 +257,7 @@ diag <- function(table=NULL)
           png(filename=pngfile)
           barplot(table(table[[var]]), col="lightblue", border="darkblue")
           dev.off()
-          HTML("<img src='", pngfile, "'/>")
+          HTML("<img src='", basename(pngfile), "'/>")
         }
       dec()
       HTML("</div>")

R/desc_groupe.R

@@ -0,0 +1,190 @@
+#' Comparatif par groupe de la table courante
+#' 
+#' Produit un tableau comparatif par groupe de la table courante
+#' 
+#' Permet de produire un tableau comparatif des variables contenues dans la table courante selon les modalites d'une d'entre elles.
+#' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
+#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
+#' @encoding UTF-8
+#' @param html Nom du fichier html, par defaut "desc_groupe_nomdelavariable.html"
+#' @param titre Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable"
+#' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
+#' @param groupe Variable à utiliser pour la comparaison.
+#' @param variables Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur
+#' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison
+#' @param anglais Booleen : obtenir un tableau en anglais(intitules, separation des decimales), par defaut FALSE
+#' @param note Note de bas de page, par defaut vide
+#' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
+#' @export
+desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
+{
+  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
+  
+  if (is.null(groupe) | (!groupe %in% names(table)))
+  {
+    warning("Pas de comparateur !")
+    return
+  }
+  
+  modulo <- table[[groupe]]
+  
+  etiq <- label(modulo)
+  if (etiq == "modulo") etiq <- var
+  
+  if (anglais)
+    decmark="."
+  else
+    decmark=","
+  
+  # Creation du titre
+  if (is.null(titre))
+    titre<-paste("Comparaison selon", etiq)
+  
+  # Creation de la table temporaire contenant les variables demandees
+  if (!is.null(variables)) 
+  {
+    badvar <- variables[!variables %in% names(table)]
+    if (length(badvar) != 0)
+      warning("Les variables suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
+    table <- table[variables[variables %in% names(table)]]
+  }
+  if (!is.null(variables_neg))
+  {
+    badvar <- variables_neg[!variables_neg %in% names(table)]
+    if (length(badvar) != 0)
+      warning("Les variables suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
+    table[variables_neg]<-list(NULL)
+  }
+  table[groupe]<-NULL;
+  
+  # Creation du nom de fichier html
+  if (is.null(html))
+    html <- paste0("desc_groupe_",groupe)
+  
+  # Header de la table
+  HTMLInit(file=paste0("../HTML\ Output/",html,".html"), title=titre)
+  HTML("<div class='desc'>")
+  inc()
+  HTML("<table class='desc'>")
+  inc()
+  HTML("<caption>", titre, "</caption>")
+  HTML("<thead>")
+  inc()
+  
+  HTML("<tr><th></th>", paste0("<th colspan='2'>",levels(modulo),"</th>", collapse=""), "<th>p</th></tr>")
+  
+  HTML("<tr><td></td>", sep="")
+  for (i in levels(modulo))
+  {
+    HTML("<td colspan='2'>N=", table(modulo)[[i]], "</td>", sep="")
+  }
+  HTML("</tr>")
+
+  HTML("<tr><td></td>", paste0(rep(c("<td>N/moy</td>","<td>%/SD</td>"),nlevels(modulo)),collapse=""), "</tr>")
+
+  dec()
+  HTML("</thead>")
+  
+  # Footer de la table
+  if (!is.null(note))
+  {
+    HTML("<tfoot>")
+    inc()
+    HTML("<tr><td colspan='", nlevels(modulo)*2+2, "'>", note,"</td></tr>")
+    dec()
+    HTML("</tfoot>")
+  }
+  
+  # Corps de la table
+  HTML("<tbody>")
+  inc()
+  for (var in names(table))
+  {
+    # Creation du label de la variable
+    etiq <- label(table[[var]])
+    if (etiq == "table[[var]]") etiq <- var
+    
+    # Variable quantitative
+    if (is.numeric(table[[var]]))
+    {
+#       HTML("<tr><td class='var'>", etiq, "</td>", sep="")
+#       
+#       res <- NA
+#       for (stat in stats)
+#       {
+#         HTML("<td>",sep="")
+#         
+#         HTML(format(switch(stat,
+#                            N = length(na.omit(table[[var]])),
+#                            "%/moy" = ,
+#                            moy = mean(table[[var]],na.rm=T),
+#                            "%/med" = ,
+#                            med = median(table[[var]],na.rm=T),
+#                            Q1 = quantile(table[[var]], probs=.25, na.rm=T),
+#                            Q3 = quantile(table[[var]], probs=.75, na.rm=T),
+#                            min = min(table[[var]],na.rm=T),
+#                            max = max(table[[var]],na.rm=T),
+#                            et = sd(table[[var]],na.rm=T),
+#                            ic95 = paste0("&plusmn;",format(mean(table[[var]],na.rm=T) - t.test(table[[var]])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark))
+#         ),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), sep="")
+#         
+#         HTML("</td>", sep="")
+#       }
+#       
+#       HTML("</tr>")
+    }
+    # Variable qualitative
+    else if (is.factor(table[[var]]))
+    {
+#       HTML("<tr><td class='var' colspan='", length(stats)+1, "'>", etiq, "</td></tr>")
+#       
+#       # Donnees manquantes
+#       if ((miss) & (!is.na(summary(table[[var]])["NA's"])))
+#       {
+#         if (anglais)
+#           HTML("<tr><td class='level'>Missing</td>",sep="")
+#         else
+#           HTML("<tr><td class='level'>Manquant</td>",sep="")
+#         
+#         for (stat in stats)
+#         {
+#           HTML("<td>",sep="")
+#           
+#           if (stat == "N")
+#             HTML(summary(table[[var]])["NA's"],sep="")
+#           #         else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy"))
+#           #           HTML(format(mean(is.na(table[[var]]))*100,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+#           
+#           HTML("</td>",sep="")
+#         }
+#         HTML("</tr>")
+#       }
+#       
+#       # Levels de la variable qualitative
+#       for (level in levels(table[[var]]))
+#       {
+#         HTML("<tr><td class='level'>", level, "</td>",sep="")
+#         for (stat in stats)
+#         {
+#           HTML("<td>",sep="")
+#           
+#           if (stat == "N")
+#             HTML(summary(table[[var]])[level],sep="")
+#           else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy") | (stat == "%/med"))
+#             HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(na.omit(table[[var]])),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+#           #           HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(table[[var]]),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+#           
+#           HTML("</td>",sep="")
+#         }
+#         HTML("</tr>")
+#      }
+    }
+    else next
+  }
+  dec()
+  HTML("</tbody>")
+  dec()
+  HTML("</table>")
+  HTML("</div>")
+  HTMLEnd()
+}

R/html.R

@@ -10,6 +10,8 @@
 #' @export
 HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="")
 {
+  file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","cosmosR.css"), to=file.path(dirname(file),"cosmosR.css"),overwrite=T)
+  file.copy(from=file.path(path.package("cosmosR"),"data","cosmosR.js"), to=file.path(dirname(file),"cosmosR.js"),overwrite=T)
   assign(".HTML.file", file, pos=1)
   assign(".tabs", 0, pos=1)
   assign(".ligne",F,pos=1)
@@ -19,9 +21,10 @@ HTMLInit <- function(file=tempfile(pattern="report", fileext=".html"), title="")
   inc()
     HTML("<HEAD>")
     inc()
-      HTML("<meta charset='utf-8' />")
+      HTML("<meta charset='", localeToCharset(), "' />")
       HTML("<title>", title, "</title>")
       HTML("<link rel='stylesheet' href='cosmosR.css' />")
+      HTML("<script src='cosmosR.js'></script>")
     dec()
     HTML("</HEAD>")
     HTML("<BODY>")

data/cosmosR.css

@@ -0,0 +1,127 @@
+body
+{
+  background-color: lightgrey;
+}
+
+div.desc
+{
+  background-color: white;
+  border-radius: 10px;
+  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+  margin: 20px auto;
+  width: 60%;
+  padding: 10px;
+}
+
+table.desc
+{
+  border-collapse: collapse;
+	font-family: "Tahoma","Trebuchet MS","Verdana","Myriad Web","sans-serif";
+	font-size: .75em;
+}
+
+table.desc caption
+{
+  font-weight: bold;
+  border-bottom: 1px solid black;
+  text-align: left;
+}
+
+table.desc thead, th
+{
+  padding: 0 1em;
+  border-bottom: 1px solid black;
+  height: 2em;
+  font-weight: normal;
+  vertical-align: top;
+  text-align: center;
+}
+
+table.desc tfoot
+{
+  font-style: italic;
+  font-size: small;
+  border-top: 1px solid black;
+}
+
+table.desc tbody td.var
+{
+  padding-top: 1em;
+  padding-left: 0;
+  font-weight: bold;
+  text-align: left;
+}
+
+table.desc tbody td.level
+{
+  padding-left: 1em;
+  text-align: left;
+}
+
+table.desc tbody td
+{
+  padding: 0 1em;
+  text-align: right;
+}
+
+div.diag_menu
+{
+  background-color: white;
+  border-radius: 10px;
+  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+  margin: 10px 10px;
+  width: 15%;
+  padding: 10px;
+  display: inline-block;
+  vertical-align: top;
+  overflow: hidden;
+  resize: both;
+}
+
+div.diag_menu p
+{
+    margin: 0px;
+    font-weight: bold;
+}
+
+div.diag_menu p:hover
+{
+    background-color: grey;
+}
+
+table.diag{
+  text-align: center;
+  padding: 5px 0;
+}
+
+table.diag td, th
+{
+  padding: 3px;
+}
+
+div.diag_varblock
+{
+  background-color: white;
+  border-radius: 10px;
+  box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
+  margin: 10px 10px;
+  padding: 10px;
+  font-weight: bold;
+  font-size: 1.2em;
+  display: inline-block;
+  vertical-align: top;
+  overflow: hidden;
+  position: fixed;
+}
+
+div.diag_varstat
+{
+  margin: 20px;
+  font-weight: normal;
+  font-size: 1rem;
+}
+
+div.diag_varplot
+{
+  text-align: center;
+}

data/cosmosR.js

@@ -0,0 +1,16 @@
+window.onload = function()
+{
+  var diag_menu_vars = document.querySelectorAll('div.diag_menu p');
+  for (var i in diag_menu_vars)
+  {
+    diag_menu_vars[i].onmouseover = function()
+    {
+      document.getElementById("div_"+this.id).style.display='inline-block';
+    };
+    
+    diag_menu_vars[i].onmouseout = function()
+    {
+      document.getElementById("div_"+this.id).style.display='none';
+    };
+  }
+};

desc.css

@@ -1,49 +0,0 @@
-table
-{
-	border-collapse: collapse;
-	font-family: "Tahoma","Trebuchet MS","Verdana","Myriad Web","sans-serif";
-	font-size: .75em;
-}
-
-caption
-{
-    font-weight: bold;
-    border-bottom: 1px solid black;
-    text-align: left;
-}
-
-thead th
-{
-    padding: 0 1em;
-    border-bottom: 1px solid black;
-    height: 2em;
-    font-weight: normal;
-    vertical-align: top;
-}
-
-tfoot
-{
-    font-style: italic;
-    font-size: small;
-    border-top: 1px solid black;
-}
-
-tbody td.var
-{
-    padding-top: 1em;
-    padding-left: 0;
-    font-weight: bold;
-    text-align: left;
-}
-
-tbody td.level
-{
-    padding-left: 1em;
-    text-align: left;
-}
-
-tbody td
-{
-    padding: 0 1em;
-    text-align: right;
-}

diag.css

@@ -1,45 +0,0 @@
-body
-{
-    background-color: lightgrey;
-}
-
-table{
-    text-align: center;
-    padding: 5px 0;
-}
-
-td, th
-{
-    padding: 3px;
-}
-
-div.varblock
-{
-    background-color: white;
-    border-radius: 10px;
-    box-shadow: 2px 4px 5px grey inset;
-    margin: 20px auto;
-    width: 60%;
-    padding: 10px;
-    font-weight: bold;
-    font-size: 1.2em;
-    height: 1em;
-    overflow: hidden;
-}
-
-div.varblock:hover
-{
-    height: 100%;
-}
-
-div.varstat
-{
-    margin: 20px;
-    font-weight: normal;
-    font-size: 1rem;
-}
-
-div.varplot
-{
-    text-align: center;
-}

man/HTML.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTML}
 \title{Ecrit dans le fichier HTML}
 \usage{
-  HTML(x, ..., append = T, sep = "\n")
+HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n")
 }
 \description{
-  Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
+Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
 }
 \details{
-  Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
-  est contenu dans .HTML.file
+Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
+est contenu dans .HTML.file
 }
 

man/HTMLEnd.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTMLEnd}
 \title{Termine et clos le fichier HTML}
 \usage{
-  HTMLEnd()
+HTMLEnd()
 }
 \description{
-  Ecrit le footer du fichier hTML
+Ecrit le footer du fichier hTML
 }
 \details{
-  Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
-  le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
+Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
+le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
 }
 

man/HTMLInit.Rd

@@ -3,18 +3,20 @@
 \alias{HTMLInit}
 \title{Initialiser un fichier HTML}
 \usage{
-  HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"),
-    title = "")
+HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"), title = "")
 }
 \arguments{
+  \item{file}{Nom du fichier HTML à creer, par defaut un
+  fichier temporaire}
+
   \item{title}{Titre de la page}
 }
 \description{
-  Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
+Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
 }
 \details{
-  Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
-  temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du
-  fichier actuel est stocke dans .HTML.file
+Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
+temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du fichier
+actuel est stocke dans .HTML.file
 }
 

man/charger.Rd

@@ -3,7 +3,7 @@
 \alias{charger}
 \title{Charger un fichier de donnees dans l'environnement}
 \usage{
-  charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
+charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
 }
 \arguments{
   \item{fichier}{Fichier de donnees a charger}
@@ -16,18 +16,17 @@
   feuille au-dela de la premiere)}
 }
 \description{
-  Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
-  ainsi que les formats et labels
+Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
+ainsi que les formats et labels
 }
 \details{
-  La fonction charge les donnees contenues dans le fichier
-  de donnees et cree une table de valeurs. Si des
-  labels/formats sont definis ils seront appliques. Les
-  variables pour lesquelles un format est defini seront
-  considerees comme des variables qualitatives. La table de
-  valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe
-  par le numero de feuille) et est attachee a
-  l'environnement courant.
+La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de
+donnees et cree une table de valeurs. Si des labels/formats
+sont definis ils seront appliques. Les variables pour
+lesquelles un format est defini seront considerees comme
+des variables qualitatives. La table de valeurs prend
+automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de
+feuille) et est attachee a l'environnement courant.
 }
 \examples{
 charger("data.csv") #charger un fichier texte (marche aussi pour les .txt)

man/desc.Rd

@@ -3,10 +3,9 @@
 \alias{desc}
 \title{Descriptif global de la table courante}
 \usage{
-  desc(html = "desc", titre = NULL, table = NULL,
-    variables = NULL, variables_neg = NULL,
-    stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = TRUE,
-    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
+desc(html = "desc", titre = NULL, table = NULL, variables = NULL,
+  variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = TRUE,
+  anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
   \item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc.html",
@@ -42,14 +41,14 @@
   defaut 1}
 }
 \description{
-  Produit un tableau descriptif de la table courante
+Produit un tableau descriptif de la table courante
 }
 \details{
-  Permet de produire un tableau descriptif des variables
-  contenues dans la table courante. Si les labels et
-  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
-  peupler le tableau. Tous les parametres ont une valeur
-  par defaut, il est donc possible de simplement lancer
-  desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut, il
+est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir
+un tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/desc_global.Rd

@@ -0,0 +1,53 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{desc_global}
+\alias{desc_global}
+\title{Descriptif global de la table courante}
+\usage{
+desc_global(html = "desc_global", titre = NULL, table = NULL,
+  variables = NULL, variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy",
+  "ic95"), miss = TRUE, anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
+}
+\arguments{
+  \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
+  "desc_global.html"}
+
+  \item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif
+  global de nom_de_la_table"}
+
+  \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
+  chargee}
+
+  \item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire,
+  par defaut toutes les variables contenues dans la table}
+
+  \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a
+  exclure de la description}
+
+  \item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%,
+  \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par
+  defaut c("N","\%/moy","ic95")}
+
+  \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs
+  manquantes, par defaut TRUE}
+
+  \item{anglais}{Booleen : obtenir un tableau en
+  anglais(intitules, separation des decimales), par defaut
+  FALSE}
+
+  \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}
+
+  \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par
+  defaut 1}
+}
+\description{
+Produit un tableau descriptif de la table courante
+}
+\details{
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut, il
+est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir
+un tableau descriptif par defaut.
+}
+

man/desc_groupe.Rd

@@ -0,0 +1,51 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{desc_groupe}
+\alias{desc_groupe}
+\title{Comparatif par groupe de la table courante}
+\usage{
+desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL, table = NULL,
+  variables = NULL, variables_neg = NULL, anglais = FALSE, note = NULL,
+  nbdec = 1)
+}
+\arguments{
+  \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
+  "desc_groupe_nomdelavariable.html"}
+
+  \item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Comparaison
+  selon nom_de_la_variable"}
+
+  \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
+  chargee}
+
+  \item{groupe}{Variable à utiliser pour la comparaison.}
+
+  \item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer,
+  par defaut toutes les variables contenues dans la table
+  moins celle servant de comparateur}
+
+  \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a
+  exclure de la comparaison}
+
+  \item{anglais}{Booleen : obtenir un tableau en
+  anglais(intitules, separation des decimales), par defaut
+  FALSE}
+
+  \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}
+
+  \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par
+  defaut 1}
+}
+\description{
+Produit un tableau comparatif par groupe de la table
+courante
+}
+\details{
+Permet de produire un tableau comparatif des variables
+contenues dans la table courante selon les modalites d'une
+d'entre elles. Si les labels et formats sont definis et
+charges ils seront utilises pour peupler le tableau. Tous
+les parametres ont une valeur par defaut, il est donc
+possible de simplement lancer desc() pour obtenir un
+tableau descriptif par defaut.
+}
+

man/diag.Rd

@@ -3,27 +3,27 @@
 \alias{diag}
 \title{Diagnostics de la table courante}
 \usage{
-  diag(table = NULL)
+diag(table = NULL)
 }
 \arguments{
   \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
   chargee}
 }
 \description{
-  Produit un tableau descriptif de la table courante et des
-  graphiques pour la verification des conditions
-  d'utilisation des tests satistiques
+Produit un tableau descriptif de la table courante et des
+graphiques pour la verification des conditions
+d'utilisation des tests satistiques
 }
 \details{
-  Permet de produire un tableau descriptif des variables
-  contenues dans la table courante. Si les labels et
-  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
-  peupler le tableau. La fonction attribue un paramètre
-  "param" à chaque variable à partir de tests de normalité,
-  ce paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
-  l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
-  comparer(). Tous les parametres ont une valeur par
-  defaut, il est donc possible de simplement lancer diag()
-  pour obtenir le diagnostic par defaut.
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. La fonction attribue un paramètre "param" à
+chaque variable à partir de tests de normalité, ce
+paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
+l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
+comparer(). Tous les parametres ont une valeur par defaut,
+il est donc possible de simplement lancer diag() pour
+obtenir le diagnostic par defaut.
 }
 

man/diagnostic.Rd

@@ -0,0 +1,29 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{diagnostic}
+\alias{diagnostic}
+\title{Diagnostics de la table courante}
+\usage{
+diagnostic(table = NULL)
+}
+\arguments{
+  \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
+  chargee}
+}
+\description{
+Produit un tableau descriptif de la table courante et des
+graphiques pour la verification des conditions
+d'utilisation des tests satistiques
+}
+\details{
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. La fonction attribue un paramètre "param" à
+chaque variable à partir de tests de normalité, ce
+paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
+l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
+comparer(). Tous les parametres ont une valeur par defaut,
+il est donc possible de simplement lancer diag() pour
+obtenir le diagnostic par defaut.
+}
+

man/label.Rd

@@ -7,15 +7,15 @@
 \alias{label<-.default}
 \title{Etiquetter un objet}
 \usage{
-  label(objet)
+label(objet)
 
-  label.default(objet)
+\method{label}{default}(objet)
 
-  label(objet, value) <- value
+label(objet) <- value
 
-  label.default(objet, value) <- value
+\method{label}{default}(objet) <- value
 
-  label.data.frame(objet, value) <- value
+\method{label}{data.frame}(objet) <- value
 }
 \arguments{
   \item{objet}{L'objet a nommer}
@@ -23,16 +23,16 @@
   \item{value}{Le texte de l'etiquette}
 }
 \value{
-  Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
-  l'objet
+Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
+l'objet
 }
 \description{
-  Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
+Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
 }
 \details{
-  Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
-  d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
-  supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
+Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
+d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
+supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
 }
 \examples{
 label(a) <- "Une variable"