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@@ -28,7 +28,7 @@ options(DT.options = list(paging = F, |
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# {.tabset} |
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## Manuel d'utilisation {.tabset} |
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## Manuel d'utilisation |
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Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent. |
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@@ -38,32 +38,27 @@ Cet outil permet les comparaisons sur les abondances relatives avec une techniqu |
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Il faut fournir un fichier contenant les abondances relatives, avec une ou des colonnes décrivant les groupes à comparer. |
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Le fichier doit être au format csv européen (celui général par excel en enregistrant au format csv), c'est à dire avec des point-virgules pour séparer les colonnes, et des virgules pour les décimales. |
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Le fichier doit être au format csv européen, c'est à dire avec les paramètres suivants : |
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L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA. |
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* séparateur de champs = **;** |
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* guillemets = " |
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* encodage = **latin1** |
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* séparateur de décimales = **,** |
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Il est possible de choisir la variable de groupage parmis toutes les variables textuelles du fichier, et il est possible d'exclure certaines des abondances de l'analyse. |
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Ce format est celui obtenu en sauvegardant un fichier en CSV depuis Excel. |
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Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value. |
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Un premier onglet permet de visualiser les données, afin de vérifier leur bonne lecture. |
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Les colonnes des variables textuelles peuvent être filtrées selon les niveaux. |
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Les colonnes numériques peuvent être triées et filtrées par plage de valeurs. |
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### Comparaison de techniques |
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Fournir un fichier avec les abondances relatives selon différentes techniques. |
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L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA. |
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(pas encore implémenté) |
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Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value. |
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## Comparaison d'abondances |
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## Comparaison d'abondances {.tabset} |
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### Données |
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Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants : |
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* séparateur de champs = **;** |
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* guillemets = " |
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* encodage = **UTF-8** |
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* séparateur de décimales = **,** |
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```{r data_abondances} |
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inputPanel( |
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fileInput("data_abondances", "Abondances relatives", accept = "text/csv"), |
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@@ -76,21 +71,11 @@ data_abondances <- reactive( |
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{ |
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req(input$data_abondances) |
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#excel_sheets(input$data_abondances$datapath) -> sheets |
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#sheets %>% |
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# map(~read_excel(input$data_abondances$datapath, sheet = .x) %>% |
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# mutate_if(is.character, factor)) %>% |
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#setNames(sheets) |
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read_csv2(input$data_abondances$datapath, locale = locale(encoding = "latin1")) %>% |
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mutate_if(is.character, factor) |
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} |
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) |
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#output$sheets <- renderUI({ |
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# req(data_abondances()) |
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# selectInput("sheets", "Feuillet", names(data_abondances())) |
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#}) |
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|
output$groupes_abondances <- renderUI({ |
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|
req(data_abondances()) |
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|
radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances() %>% keep(is.factor))) |
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@@ -103,8 +88,29 @@ output$variables_abondances <- renderUI({ |
|
|
|
}) |
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``` |
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```{r raw_data} |
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DT::renderDataTable({ |
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req(data_abondances()) |
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data_abondances() %>% |
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datatable(filter = "top") |
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}) |
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``` |
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### Résultat {.tabset} |
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#### Descriptif |
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```{r resultat_descriptif} |
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DT::renderDataTable({ |
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req(data_abondances()) |
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data_abondances() %>% |
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desctable %>% |
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datatable |
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}, server = F) |
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``` |
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#### Comparatif abondances |
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```{r resultat_abondances} |
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@@ -134,6 +140,21 @@ DT::renderDataTable({ |
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|
|
}, server = F) |
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``` |
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<!-- |
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#### Boxplots |
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```{r resultats_boxplots, asis = T} |
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reactive({ |
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|
data_abondances()[[input$groupes_abondances]] %>% |
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levels %>% |
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map(~knit_expand(text = c("##### {{grp}}", "```{r fuck-{{grp}}}", "print(\"{{grp}}\")" ,"```"), grp = .)) %>% |
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unlist %>% |
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knit(text = .) |
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}) |
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``` |
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|
--> |
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#### PCA |
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```{r resultat_PCA} |
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