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Réécriture manuel + tableau data + tableau descriptif

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Maxime Wack 6 years ago
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@@ -28,7 +28,7 @@ options(DT.options = list(paging = F,

# {.tabset}

## Manuel d'utilisation {.tabset}
## Manuel d'utilisation

Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent.

@@ -38,32 +38,27 @@ Cet outil permet les comparaisons sur les abondances relatives avec une techniqu

Il faut fournir un fichier contenant les abondances relatives, avec une ou des colonnes décrivant les groupes à comparer.

Le fichier doit être au format csv européen (celui général par excel en enregistrant au format csv), c'est à dire avec des point-virgules pour séparer les colonnes, et des virgules pour les décimales.
Le fichier doit être au format csv européen, c'est à dire avec les paramètres suivants :

L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA.
* séparateur de champs = **;**
* guillemets = "
* encodage = **latin1**
* séparateur de décimales = **,**

Il est possible de choisir la variable de groupage parmis toutes les variables textuelles du fichier, et il est possible d'exclure certaines des abondances de l'analyse.
Ce format est celui obtenu en sauvegardant un fichier en CSV depuis Excel.

Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value.
Un premier onglet permet de visualiser les données, afin de vérifier leur bonne lecture.
Les colonnes des variables textuelles peuvent être filtrées selon les niveaux.
Les colonnes numériques peuvent être triées et filtrées par plage de valeurs.

### Comparaison de techniques

Fournir un fichier avec les abondances relatives selon différentes techniques.
L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA.

(pas encore implémenté)
Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value.

## Comparaison d'abondances
## Comparaison d'abondances {.tabset}

### Données

Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants :

* séparateur de champs = **;**
* guillemets = "
* encodage = **UTF-8**
* séparateur de décimales = **,**

```{r data_abondances}
inputPanel(
fileInput("data_abondances", "Abondances relatives", accept = "text/csv"),
@@ -76,21 +71,11 @@ data_abondances <- reactive(
{
req(input$data_abondances)

#excel_sheets(input$data_abondances$datapath) -> sheets
#sheets %>%
# map(~read_excel(input$data_abondances$datapath, sheet = .x) %>%
# mutate_if(is.character, factor)) %>%
#setNames(sheets)
read_csv2(input$data_abondances$datapath, locale = locale(encoding = "latin1")) %>%
mutate_if(is.character, factor)
}
)

#output$sheets <- renderUI({
# req(data_abondances())
# selectInput("sheets", "Feuillet", names(data_abondances()))
#})

output$groupes_abondances <- renderUI({
req(data_abondances())
radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances() %>% keep(is.factor)))
@@ -103,8 +88,29 @@ output$variables_abondances <- renderUI({
})
```

```{r raw_data}
DT::renderDataTable({
req(data_abondances())

data_abondances() %>%
datatable(filter = "top")
})
```

### Résultat {.tabset}

#### Descriptif

```{r resultat_descriptif}
DT::renderDataTable({
req(data_abondances())

data_abondances() %>%
desctable %>%
datatable
}, server = F)
```

#### Comparatif abondances

```{r resultat_abondances}
@@ -134,6 +140,21 @@ DT::renderDataTable({
}, server = F)
```

<!--
#### Boxplots

```{r resultats_boxplots, asis = T}

reactive({
data_abondances()[[input$groupes_abondances]] %>%
levels %>%
map(~knit_expand(text = c("##### {{grp}}", "```{r fuck-{{grp}}}", "print(\"{{grp}}\")" ,"```"), grp = .)) %>%
unlist %>%
knit(text = .)
})
```
-->

#### PCA

```{r resultat_PCA}


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