From 502bad45495083c08760eb8f90d5a4b4030a539c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Maxime Wack <maximewack@free.Fr>
Date: Mon, 27 Nov 2017 03:34:25 +0100
Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?R=C3=A9=C3=A9criture=20manuel=20+=20tableau=20d?=
 =?UTF-8?q?ata=20+=20tableau=20descriptif?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

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 index.Rmd | 77 +++++++++++++++++++++++++++++++++++--------------------
 1 file changed, 49 insertions(+), 28 deletions(-)

diff --git a/index.Rmd b/index.Rmd
index 299c419..fb7474a 100644
--- a/index.Rmd
+++ b/index.Rmd
@@ -28,7 +28,7 @@ options(DT.options = list(paging = F,
 
 # {.tabset}
 
-## Manuel d'utilisation {.tabset}
+## Manuel d'utilisation
 
 Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent.
 
@@ -38,32 +38,27 @@ Cet outil permet les comparaisons sur les abondances relatives avec une techniqu
 
 Il faut fournir un fichier contenant les abondances relatives, avec une ou des colonnes décrivant les groupes à comparer.
 
-Le fichier doit être au format csv européen (celui général par excel en enregistrant au format csv), c'est à dire avec des point-virgules pour séparer les colonnes, et des virgules pour les décimales.
+Le fichier doit être au format csv européen, c'est à dire avec les paramètres suivants :
 
-L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA.
+* séparateur de champs = **;**
+* guillemets = "
+* encodage = **latin1**
+* séparateur de décimales = **,**
 
-Il est possible de choisir la variable de groupage parmis toutes les variables textuelles du fichier, et il est possible d'exclure certaines des abondances de l'analyse.
+Ce format est celui obtenu en sauvegardant un fichier en CSV depuis Excel.
 
-Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value.
+Un premier onglet permet de visualiser les données, afin de vérifier leur bonne lecture.  
+Les colonnes des variables textuelles peuvent être filtrées selon les niveaux.  
+Les colonnes numériques peuvent être triées et filtrées par plage de valeurs.
 
-### Comparaison de techniques
-
-Fournir un fichier avec les abondances relatives selon différentes techniques.
+L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA.
 
-(pas encore implémenté)
+Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value.
 
-## Comparaison d'abondances
+## Comparaison d'abondances {.tabset}
 
 ### Données
 
-Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants :
-
-* séparateur de champs = **;**
-* guillemets = "
-* encodage = **UTF-8**
-* séparateur de décimales = **,**
- 
-
 ```{r data_abondances}
 inputPanel(
   fileInput("data_abondances", "Abondances relatives", accept = "text/csv"),
@@ -76,21 +71,11 @@ data_abondances <- reactive(
   {
     req(input$data_abondances)
 
-    #excel_sheets(input$data_abondances$datapath) -> sheets
-    #sheets %>%
-    #  map(~read_excel(input$data_abondances$datapath, sheet = .x) %>%
-    #      mutate_if(is.character, factor)) %>%
-    #setNames(sheets)
     read_csv2(input$data_abondances$datapath, locale = locale(encoding = "latin1")) %>%
       mutate_if(is.character, factor)
   }
 )
 
-#output$sheets <- renderUI({
-#  req(data_abondances())
-#  selectInput("sheets", "Feuillet", names(data_abondances()))
-#})
-
 output$groupes_abondances <- renderUI({
   req(data_abondances())
   radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances() %>% keep(is.factor)))
@@ -103,8 +88,29 @@ output$variables_abondances <- renderUI({
 })
 ```
 
+```{r raw_data}
+DT::renderDataTable({
+  req(data_abondances())
+
+  data_abondances() %>%
+    datatable(filter = "top")
+})
+```
+
 ### Résultat {.tabset}
 
+#### Descriptif
+
+```{r resultat_descriptif}
+DT::renderDataTable({
+  req(data_abondances())
+
+  data_abondances() %>%
+    desctable %>%
+    datatable
+}, server = F)
+```
+
 #### Comparatif abondances
 
 ```{r resultat_abondances}
@@ -134,6 +140,21 @@ DT::renderDataTable({
 }, server = F)
 ```
 
+<!--
+#### Boxplots
+
+```{r resultats_boxplots, asis = T}
+
+reactive({
+data_abondances()[[input$groupes_abondances]] %>%
+  levels %>%
+  map(~knit_expand(text = c("##### {{grp}}", "```{r fuck-{{grp}}}", "print(\"{{grp}}\")" ,"```"), grp = .)) %>%
+  unlist %>%
+  knit(text = .)
+})
+```
+-->
+
 #### PCA
 
 ```{r resultat_PCA}