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@@ -2,13 +2,12 @@ |
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title: Microbiote |
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runtime: shiny |
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output: |
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html_document: |
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toc: true |
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toc_float: true |
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html_document |
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--- |
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```{r setup, message = F, warning = F, echo = F} |
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library(tidyverse) |
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library(readxl) |
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library(DT) |
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library(knitr) |
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library(magrittr) |
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@@ -35,14 +34,24 @@ Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent. |
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### Comparaison d'abondances |
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Fournir un fichier avec les abondances relatives et une variable de groupage (stress/témoin par exemple) |
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Cet outil permet les comparaisons sur les abondances relatives avec une technique. |
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Il faut fournir un fichier contenant les abondances relatives, avec une ou des colonnes décrivant les groupes à comparer. |
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Le fichier doit être au format csv européen (celui général par excel en enregistrant au format csv), c'est à dire avec des point-virgules pour séparer les colonnes, et des virgules pour les décimales. |
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L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA. |
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Il est possible de choisir la variable de groupage parmis toutes les variables textuelles du fichier, et il est possible d'exclure certaines des abondances de l'analyse. |
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Tous les tableaux sont exportables au format excel, ou peuvent être directemnent copiés depuis la page. Les tests effectués sont indiqués à côté de la p-value. |
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### Comparaison de techniques |
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Fournir un fichier avec les abondances relatives selon différentes techniques. |
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(pas encore implémenté) |
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## Comparaison d'abondances |
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### Données |
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@@ -58,6 +67,7 @@ Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants : |
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```{r data_abondances} |
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inputPanel( |
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fileInput("data_abondances", "Abondances relatives", accept = "text/csv"), |
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uiOutput("sheets"), |
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uiOutput("groupes_abondances"), |
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uiOutput("variables_abondances") |
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) |
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@@ -66,19 +76,30 @@ data_abondances <- reactive( |
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{ |
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req(input$data_abondances) |
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read_csv2(input$data_abondances$datapath) %>% |
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#excel_sheets(input$data_abondances$datapath) -> sheets |
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#sheets %>% |
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# map(~read_excel(input$data_abondances$datapath, sheet = .x) %>% |
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# mutate_if(is.character, factor)) %>% |
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#setNames(sheets) |
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read_csv2(input$data_abondances$datapath, locale = locale(encoding = "latin1")) %>% |
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mutate_if(is.character, factor) |
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} |
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) |
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#output$sheets <- renderUI({ |
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# req(data_abondances()) |
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# selectInput("sheets", "Feuillet", names(data_abondances())) |
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#}) |
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output$groupes_abondances <- renderUI({ |
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req(data_abondances()) |
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radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances())) |
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radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances() %>% keep(is.factor))) |
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}) |
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output$variables_abondances <- renderUI({ |
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req(data_abondances()) |
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checkboxGroupInput("variables_abondances", "Variables à comparer", names(data_abondances())) |
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names(data_abondances() %>% discard(is.factor)) -> variables |
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checkboxGroupInput("variables_abondances", "Variables à comparer", variables, variables) |
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}) |
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``` |
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