Working desctableDT in shiny rmarkdown doc

index.Rmd

@@ -14,7 +14,7 @@ library(knitr)
 library(magrittr)
 library(stringr)
 library(desctable)
-library(ggplotly)
+library(plotly)
 
 opts_chunk$set(message = F,
                echo = F,
@@ -29,7 +29,21 @@ options(DT.options = list(paging = F,
 
 # {.tabset}
 
-## Chargement des données
+## Manuel d'utilisation {.tabset}
+
+Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent.
+
+### Comparaison des abondances relatives par groupe
+
+### Comparaison des présences par groupe
+
+### PCA
+
+### Comparaison techniques
+
+## Abondances relatives
+
+### Données
 
 Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants :
 
@@ -42,7 +56,8 @@ Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants :
 ```{r data}
 inputPanel(
   fileInput("micro", "Abondances relatives", accept = "text/csv"),
-  downloadButton("report", "Télecharger le rapport")
+  uiOutput("groupes"),
+  uiOutput("variables")
 )
 
 micro <- reactive(
@@ -54,14 +69,27 @@ micro <- reactive(
   }
 )
 
-```
+output$groupes <- renderUI({
+  req(micro())
+  radioButtons("groupes", "Groupe", names(micro()))
+})
 
-```{r report}
-output$report <- downloadHandler(filename = "rapport.html",
-                                content = function(file)
-                                {
-                                  rmarkdown::render("rapport.rmd", output_file = file, params = list(micro = micro()))
-                                })
+output$variables <- renderUI({
+  req(micro())
+  checkboxGroupInput("variables", "Variables à comparer", names(micro()))
+})
 ```
 
-## Rapport
+### Résultat
+
+```{r resultat}
+DT::renderDataTable({
+  req(input$groupes, input$variables)
+
+  micro() %>%
+    group_by(!!as.symbol(input$groupes)) %>%
+    select(one_of(c(input$groupes,input$variables))) %>%
+    desctable %>%
+    datatable
+}, server = F)
+```