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dataviz

<!DOCTYPE html>
<html lang="" xml:lang="">
  <head>
    <title>Introduction ggplot2</title>
    <meta charset="utf-8" />
    <meta name="author" content="Antoine Neuraz" />
    <script src="libs/header-attrs-2.5/header-attrs.js"></script>
    <link href="libs/remark-css-0.0.1/default.css" rel="stylesheet" />
    <link rel="stylesheet" href="css/my_style.css" type="text/css" />
  </head>
  <body>
    <textarea id="source">


## ggplot2 implémente la grammaire de la visualisation 

## Les essentiels 

### Data: Données source. 
--

### Geoms: Marques de la visualisation (points, lignes, ...)
--

### Scales: Echelles de la visualisation (position, taille, couleur,...)

---
## ggplot2 implémente la grammaire de la visualisation 

## Les bonus

### Stats: Opérations de modification des données sources (moyenne, ...)

--

### Faceting: Découpe le dataset pour créer des sous-graphes

--
### Coordinates: système de coordonnées de la visualisation 

---
class:
# Architecture d'un graph avec ggplot2


```r
ggplot(data = &lt;DATA.FRAME&gt;, # chargement des données
       aes(x=&lt;VARIABLE1&gt;,   # définition des aesthetics (aes)
           y=&lt;VARIABLE2&gt;,   # = échelles
           ...), # grand nombre d'aesthetics existent
       ) + 
  geom_&lt;*&gt;()
```

---
# Ressources


### Reference: [https://ggplot2.tidyverse.org/reference/]()

### aesthetics: [https://frama.link/tidyverse-aesthetics]()


---

## La base

.small[

```r
data("iris")

ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width))
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png)&lt;!-- --&gt;
]
---

## Ajouter une geometrie

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width)) + # le plus ajoute un layer
* geom_point()
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png)&lt;!-- --&gt;
]

---
## Ajouter une géométrie [2]
.small[

```r
ggplot(iris) + 
* geom_point(aes(x=Sepal.Length,
*          y=Sepal.Width))
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png)&lt;!-- --&gt;
]

---
# Ajouter un encodage (aesthetics)
.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
*          color = Species)) +
  geom_point() 
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png)&lt;!-- --&gt;
]
---
## Ajouter une 2ème géométrie

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point() +
* geom_smooth()
```

```
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png)&lt;!-- --&gt;
]


---
## Régler les options de la géométrie

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point() +
* geom_smooth(method='lm', se=FALSE)
```

```
## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png)&lt;!-- --&gt;
]

---
## Ajouter une facette

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point() +
  geom_smooth(method='lm', se=FALSE) + 
* facet_grid(~Species)
```

```
## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png)&lt;!-- --&gt;
]
---
## Régler le thème

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point() +
  geom_smooth(method='lm', se=FALSE) + 
  facet_grid(~Species) +
* theme_minimal()
```

```
## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png)&lt;!-- --&gt;
]

---
## Régler les titres et labels

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point()+
  theme_minimal() +
* labs(title = "Sépales des iris",
*      subtitle = "Longueur et largeur des sépales* en fonction de l'espèce",
*      x= "Longueur",
*      y = "Largeur",
*      caption = "* Chacune des pièces du calice de la fleur. / source: Iris dataset"
* )
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png)&lt;!-- --&gt;
]

---
## Ajuster la légende

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point()+
  theme_minimal() +
  labs(title = "Sépales des iris",
       subtitle = "Longueur et largeur des sépales* en fonction de l'espèce",
       x= "Longueur",
       y = "Largeur",
       caption = "* Chacune des pièces du calice de la fleur. / source: Iris dataset"
  ) + 
* guides(color = guide_legend(title = "Espèce"))
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png)&lt;!-- --&gt;
]
---
## Paufiner le thème

.small[

```r
ggplot(iris, 
       aes(x=Sepal.Length, 
           y=Sepal.Width,
           color = Species)) +  
  geom_point()+
  theme_minimal() +
  labs(title = "Sépales des iris",
       subtitle = "Longueur et largeur des sépales* en fonction de l'espèce",
       x= "Longueur",
       y = "Largeur",
       caption = "* Chacune des pièces du calice de la fleur. / source: Iris dataset"
  ) + 
  guides(color = guide_legend(title = "Espèce")) + 
* theme(panel.grid.minor = element_blank(),
*       legend.position = "bottom")
```

![](lab01-ggplot-intro_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png)&lt;!-- --&gt;
]
---
# A l'aide !!!

### site du tidyverse: [https://ggplot2.tidyverse.org]()

### R for datascience: [https://r4ds.had.co.nz/]()

### stackoverfow: [https://stackoverflow.com]()

### votre moteur de recherche préféré

---
# TODO

### Ouvrir le dataset "mtcars"

### représenter le "Gross horsepower" en fonction du nombre de cylindres

### utiliser l'encodage multiple sur le nombre de cylindres

### ajouter l'information du nombre de carburateurs

### Paufiner le plot (axes, titres, thème)

---
# TODO 2

### représenter la distribution du nombre de miles per gallon en histogramme

### représenter la distribution du nombre de miles per gallon en boxplot

### representer la distribution du nombre de miles per gallon en fonction du nombre de cylindres

### ajouter les points par dessus la distribution 

### paufiner le plot (axes, titres, thème)


    </textarea>
<style data-target="print-only">@media screen {.remark-slide-container{display:block;}.remark-slide-scaler{box-shadow:none;}}</style>
<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
<script src="addons/macros.js"></script>
<script>var slideshow = remark.create({
"ratio": "4:3",
"countIncrementalSlides": false,
"self-contained": true,
"highlightLines": true
});
if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
  window.dispatchEvent(new Event('resize'));
});
(function(d) {
  var s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler");
  if (!r) return;
  s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }";
  d.head.appendChild(s);
})(document);

(function(d) {
  var el = d.getElementsByClassName("remark-slides-area");
  if (!el) return;
  var slide, slides = slideshow.getSlides(), els = el[0].children;
  for (var i = 1; i < slides.length; i++) {
    slide = slides[i];
    if (slide.properties.continued === "true" || slide.properties.count === "false") {
      els[i - 1].className += ' has-continuation';
    }
  }
  var s = d.createElement("style");
  s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@media print { .has-continuation { display: none; } }";
  d.head.appendChild(s);
})(document);
// delete the temporary CSS (for displaying all slides initially) when the user
// starts to view slides
(function() {
  var deleted = false;
  slideshow.on('beforeShowSlide', function(slide) {
    if (deleted) return;
    var sheets = document.styleSheets, node;
    for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
      node = sheets[i].ownerNode;
      if (node.dataset["target"] !== "print-only") continue;
      node.parentNode.removeChild(node);
    }
    deleted = true;
  });
})();
(function() {
  "use strict"
  // Replace <script> tags in slides area to make them executable
  var scripts = document.querySelectorAll(
    '.remark-slides-area .remark-slide-container script'
  );
  if (!scripts.length) return;
  for (var i = 0; i < scripts.length; i++) {
    var s = document.createElement('script');
    var code = document.createTextNode(scripts[i].textContent);
    s.appendChild(code);
    var scriptAttrs = scripts[i].attributes;
    for (var j = 0; j < scriptAttrs.length; j++) {
      s.setAttribute(scriptAttrs[j].name, scriptAttrs[j].value);
    }
    scripts[i].parentElement.replaceChild(s, scripts[i]);
  }
})();
(function() {
  var links = document.getElementsByTagName('a');
  for (var i = 0; i < links.length; i++) {
    if (/^(https?:)?\/\//.test(links[i].getAttribute('href'))) {
      links[i].target = '_blank';
    }
  }
})();
// adds .remark-code-has-line-highlighted class to <pre> parent elements
// of code chunks containing highlighted lines with class .remark-code-line-highlighted
(function(d) {
  const hlines = d.querySelectorAll('.remark-code-line-highlighted');
  const preParents = [];
  const findPreParent = function(line, p = 0) {
    if (p > 1) return null; // traverse up no further than grandparent
    const el = line.parentElement;
    return el.tagName === "PRE" ? el : findPreParent(el, ++p);
  };

  for (let line of hlines) {
    let pre = findPreParent(line);
    if (pre && !preParents.includes(pre)) preParents.push(pre);
  }
  preParents.forEach(p => p.classList.add("remark-code-has-line-highlighted"));
})(document);</script>

<script>
slideshow._releaseMath = function(el) {
  var i, text, code, codes = el.getElementsByTagName('code');
  for (i = 0; i < codes.length;) {
    code = codes[i];
    if (code.parentNode.tagName !== 'PRE' && code.childElementCount === 0) {
      text = code.textContent;
      if (/^\\\((.|\s)+\\\)$/.test(text) || /^\\\[(.|\s)+\\\]$/.test(text) ||
          /^\$\$(.|\s)+\$\$$/.test(text) ||
          /^\\begin\{([^}]+)\}(.|\s)+\\end\{[^}]+\}$/.test(text)) {
        code.outerHTML = code.innerHTML;  // remove <code></code>
        continue;
      }
    }
    i++;
  }
};
slideshow._releaseMath(document);
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
  var script = document.createElement('script');
  script.type = 'text/javascript';
  script.src  = 'https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
  if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
    script.src  = script.src.replace(/^https?:/, '');
  document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
})();
</script>
  </body>
</html>