diff --git a/01-Introduction.Rmd b/01-Introduction.Rmd
index bc5d5ba..fb20d00 100644
--- a/01-Introduction.Rmd
+++ b/01-Introduction.Rmd
@@ -13,6 +13,9 @@ output:
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```
+## Définition
+
+La visualisation est le processus qui transforme les données en représentation graphique interactive à des fins d’exploration, de confirmation ou de communication.
## TODO
diff --git a/02-types_data.Rmd b/02-types_data.Rmd
index 9438305..642acfa 100644
--- a/02-types_data.Rmd
+++ b/02-types_data.Rmd
@@ -9,18 +9,36 @@ output:
# Types de datasets et types de données
+```{r, include = FALSE}
+library(ggplot2)
+library(ggraph)
+library(vizoR)
+library(tidygraph)
+library(igraph)
+library(patchwork)
+```
+
+
## Types de datasets
### Données tabulaires
```{r}
-dt <- data.frame(x = rep(1:5, 3),
- y = c(rep(1,5), rep(2,5),rep(3,5)),
- group = rep(1, 5*3))
-dt$group[8] <- 2
-ggplot(data = dt,
+make_tabular_data <- function(x_size, y_size, highlight) {
+
+ dt <- data.frame(x = rep(1:x_size, y_size),
+ y = unlist(lapply(1:y_size, function(x) rep(x, x_size))),
+ group = rep(1, x_size*y_size))
+
+ dt$group[highlight] <- 2
+
+ dt
+
+}
+
+ggplot(data = make_tabular_data(5,3,8),
mapping = aes(x = x, y = y, fill = as.factor(group))) +
geom_tile(color = 'white', size = 2) +
annotate("segment", x=0.2,xend=5,y=3.8,yend=3.8,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) +
@@ -31,14 +49,88 @@ ggplot(data = dt,
scale_x_continuous(position = "top")+
xlab('Attributs (colonnes)') +
ylab('Items (lignes)') +
- theme_modern() +
+ theme_elegant() +
theme(legend.position = 'none',
axis.text=element_blank(),
axis.line =element_blank())
```
-### TODO
+### Réseaux
+
+```{r}
+
+
+nodes <- data.frame(id = glue::glue("node{1:11}"),
+ #label = c("node1","node2","node3"),
+ node_type= rep(1,11))
+
+edges <- data.frame(from = c("node1","node1","node1","node1","node1", "node5", "node5", "node5", "node6", "node9","node9"),
+ to = c("node2","node3", "node4", "node5","node6", "node7", "node8", "node9", "node9", "node10", "node11"),
+ type = rep("normal",11) ,
+ weight = rep(1,11))
+
+net <- graph_from_data_frame(d=edges, vertices = nodes, directed = FALSE)
+
+ggraph(net) +
+ geom_edge_link(end_cap = circle(0, 'mm'),
+ start_cap = circle(0, 'mm'), edge_width = 1) +
+ geom_node_point(color = 'darkred', fill ="darkred", size = 10, shape = 21) +
+ expand_limits(y=c(-1.5,1.5), x = c(-1.5,1.5)) +
+ annotate("curve", x=1.2,xend=1.3,y=-.6,yend=-.3,curvature=.2, arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) +
+ annotate("text", x=1.2, y=-.6, label = "Noeud (Node)",hjust=0.5, vjust=1) +
+ annotate("curve", x=.4,xend=.5,y=1,yend=.5,curvature=-0.2, arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) +
+ annotate("text", x=.4, y=1, label = "Lien (Edge)",hjust=0.5, vjust=-.7) +
+ theme_void_complete()
+
+```
+
+### TODO: Champs
+
+```{r}
+
+make_grid_data <- function(size) {
+ data.frame(x = c(rep(1,size), 1:size),
+ xend = c(rep(size,size), 1:size),
+ y = c(1:size, rep(1,size)),
+ yend = c(1:size, rep(size,size)))
+}
+
+size = 8
+
+p1 <- ggplot(make_grid_data(size)) +
+ geom_segment(aes(x=x, xend=xend, y=y, yend=yend)) +
+ geom_rect(xmin = 2, xmax=3, ymin=6, ymax=7, fill="darkred") +
+ annotate("text", x=4.5,y = 10, label= "Grille de positions", size =6)+
+ xlim(c(1,size*2-1))+
+ ylim(c(-5,size+2))+
+ coord_polar(start = -pi/2) +
+ theme_void_complete() +
+ theme(plot.margin=unit(c(0,0,0,0),"lines"),
+ panel.spacing=unit(0,"lines"),
+ axis.ticks.margin=unit(0,"cm"))
+
+
+p2<- ggplot(data = make_tabular_data(5,1,3),
+ mapping = aes(x = x, y = y, fill = as.factor(group))) +
+ geom_tile(color = 'white', size = 2) +
+ annotate("segment", x=.7,xend=5.5,y=1.6,yend=1.6,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) +
+ #annotate("segment", x=0.2,xend=0.2,y=3.8,yend=1,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) +
+ annotate("text", x=3, y=0, label = "Valeur dans une cellule",hjust=0.5, vjust=1) +
+ annotate("text", x=3, y=1.6, label = "Attributs (colonnes)",hjust=0.5, vjust=-1) +
+ annotate("segment", x=3,xend=3,y=0,yend=0.5,arrow=arrow(type="closed", length= unit(.4,"cm"))) +
+ scale_fill_manual(values = list("lightgrey", "darkred"))+
+ scale_x_continuous(position = "top")+
+ ylim(-1, 2) +
+ theme_void_complete()
+
+
+(plot_spacer() | p1 | plot_spacer()) / (plot_spacer() | p2 | plot_spacer())
+
+```
+
+
+### TODO: Spacial
## Types de données
diff --git a/_book/abstraction-de-tâche.html b/_book/abstraction-de-tâche.html
new file mode 100644
index 0000000..4f5fcad
--- /dev/null
+++ b/_book/abstraction-de-tâche.html
@@ -0,0 +1,272 @@
+
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+
+
+ Chapitre 4 Abstraction de tâche | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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+
Abstraction de tâche
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+
TODO
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+
diff --git a/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html b/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html
new file mode 100644
index 0000000..52c1559
--- /dev/null
+++ b/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html
@@ -0,0 +1,442 @@
+
+
+
+
+
+
+ Chapitre 31 Ajouter un encodage (aesthetics) | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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+
Ajouter un encodage (aesthetics)
+
.small[
+
+
+]
+—
+## Ajouter une 2ème géométrie
+
.small[
+
+
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
+
+]
+
+
Ajouter une facette
+
.small[
+
+
+]
+—
+## Régler le thème
+
.small[
+
+
+]
+
+
+
Ajuster la légende
+
.small[
+
+
+]
+—
+## Paufiner le thème
+
.small[
+
+
+]
+—
+# A l’aide !!!
+
+
+
+
+
votre moteur de recherche préféré
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+
+
diff --git a/_book/anscombes-quartet.html b/_book/anscombes-quartet.html
new file mode 100644
index 0000000..66a5271
--- /dev/null
+++ b/_book/anscombes-quartet.html
@@ -0,0 +1,348 @@
+
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+
+ Chapitre 9 Anscombe’s quartet | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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+
Anscombe’s quartet
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+
+
diff --git a/_book/autres-caractéristiques-des-données.html b/_book/autres-caractéristiques-des-données.html
new file mode 100644
index 0000000..cd15f0a
--- /dev/null
+++ b/_book/autres-caractéristiques-des-données.html
@@ -0,0 +1,354 @@
+
+
+
+
+
+
+ Chapitre 13 Autres caractéristiques des données | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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Autres caractéristiques des données
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Liens : relation entre 2 entités (observations, noeuds)
+
–
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+
Positions (données spatiales)
+
–
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+
Grilles (grids) : stratégie d’échantillonage de données continues
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+
diff --git a/_book/buts-dune-visualisation.html b/_book/buts-dune-visualisation.html
new file mode 100644
index 0000000..db70085
--- /dev/null
+++ b/_book/buts-dune-visualisation.html
@@ -0,0 +1,361 @@
+
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+
+
+ Chapitre 6 Buts d’une visualisation | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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+
Buts d’une visualisation
+
–
+
.pull-c1[
+### Enregistrer l’information]
+
–
+
.pull-c2[
+### Analyser]
+
–
+
.pull-c3[
+### Communiquer]
+
class: center, full
+# Analyser
+
.pull-left[
+
+https://higlass.io/ ]
+.pull-right[
+
+https://frama.link/stratomex ]
+
class: center, middle
+
+
+
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+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/_book/datasaurus-dozen.html b/_book/datasaurus-dozen.html
new file mode 100644
index 0000000..79b15a9
--- /dev/null
+++ b/_book/datasaurus-dozen.html
@@ -0,0 +1,369 @@
+
+
+
+
+
+
+ Chapitre 10 Datasaurus dozen | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
Datasaurus dozen
+
+
+
class: center
+
+
Un peu d’histoire: enregistrer
+
.pull-left[
+
+
Da Vinci (1500)
+]
+
.pull-right[
+
+
Galilée (1616)
+]
+
class: center
+# Un peu d’histoire: trouver des patterns
+
+
+
John Snow (1854)
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png
index 90ddae5..9a6622d 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
index 3568728..e7f8507 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
index 242bee6..f092d37 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png
index 90ddae5..3d6386c 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png
new file mode 100644
index 0000000..90ddae5
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png
index be90e54..3568728 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png
new file mode 100644
index 0000000..e7f8507
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png
index 324d7fe..be90e54 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png
index 1603ad4..9443cc1 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png
index 91b4629..4b1181b 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png
index 080de93..324d7fe 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png
index 2532e0e..1603ad4 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png
new file mode 100644
index 0000000..91b4629
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png
new file mode 100644
index 0000000..be90e54
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png
new file mode 100644
index 0000000..9443cc1
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png
index be90e54..e7f8507 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png
new file mode 100644
index 0000000..4b1181b
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png
index 517604d..324d7fe 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png
index a53a730..1603ad4 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png
index c3dc4d4..91b4629 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png
index cf3ce89..517604d 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png
index df2be0c..a53a730 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png
new file mode 100644
index 0000000..c3dc4d4
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png
new file mode 100644
index 0000000..cf3ce89
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png
new file mode 100644
index 0000000..df2be0c
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png
index 9443cc1..1663f68 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png
new file mode 100644
index 0000000..517604d
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png
new file mode 100644
index 0000000..a53a730
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png
new file mode 100644
index 0000000..c3dc4d4
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png
new file mode 100644
index 0000000..cf3ce89
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png
new file mode 100644
index 0000000..df2be0c
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png
index a6d5444..1663f68 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png
new file mode 100644
index 0000000..7dc0dc2
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png
new file mode 100644
index 0000000..b03b43e
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png
new file mode 100644
index 0000000..0dcbb46
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png
new file mode 100644
index 0000000..3a4e13b
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png
new file mode 100644
index 0000000..5454e5c
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png
new file mode 100644
index 0000000..531e07b
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png
new file mode 100644
index 0000000..96d8aaf
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png
index e908698..e7f8507 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png
new file mode 100644
index 0000000..5418037
Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png
index 1603ad4..5989a78 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png
index 0cfa428..3d6386c 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png differ
diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png
index 90ddae5..238b73c 100644
Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png differ
diff --git a/_book/définition-1.html b/_book/définition-1.html
new file mode 100644
index 0000000..1b67c4d
--- /dev/null
+++ b/_book/définition-1.html
@@ -0,0 +1,347 @@
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+ Chapitre 7 Définition | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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Définition
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La visualisation est le processus qui transforme les données en représentation graphique interactive à des fins d’ exploration , de confirmation ou de communication .
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diff --git a/_book/ggplot2-techniques-avancées.html b/_book/ggplot2-techniques-avancées.html
new file mode 100644
index 0000000..95b231a
--- /dev/null
+++ b/_book/ggplot2-techniques-avancées.html
@@ -0,0 +1,451 @@
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+ Chapitre 12 ggplot2 : techniques avancées | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
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ggplot2
: techniques avancées
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Créer son propre thème ggplot2
+
Les thèmes de ggplot2
permettent de contrôler l’apparence des plots. Il est possible de modifier un thème standard en utilisant la fonction theme()
. Mais nous allons voir ici comment créer un thème personalisé.
+
Il est bien entendu possible de créer un thème de toutes pièces. Pour cela, il faut définir un à un tous les éléments possibles du thème mais c’est très long et rébarbatif. Dans ggplot2
, le seul thème défini de cette façon est le thème de base theme_grey()
(voir le repo officiel ).
+Les autres thèmes héritent les attribut de ce premier thème et modifient uniquement éléments nécéssaires. Par exemple, theme_bw()
est construit à partir de theme_grey()
et theme_minimal()
se base sur theme_bw()
. C’est beaucoup plus pratique de définir les thèmes de cette façon.
+
+
un thème est une fonction
+
Un thème est une fonction R classique qui prend comme arguments 4 variables :
+- base_size : taille de base du texte (défaut = 11)
+- base_family : famille de polices de base (défaut = "")
+- base_line_size : taille de base des éléments line
(défaut = base_size / 22 )
+- base_rect_size : taille de base des éléments rect
(défault = base_size / 22 )
+
+
+
+
modifier un thème de base avec %+replace%
+
Ensuite, nous allons choisir un thème de base duquel notre thème personalisé va hériter les éléments par défaut. En effet, tous les éléments que nous ne spécifieront pas seront basés sur le thème de base. Par exemple, nous pouvons choisir theme_minimal()
.
+
Pour modifier les éléments du thème de base, il faut utiliser l’opérateur %+replace%
suivi de la fonction theme()
. C’est dans cette dernière que nous pourrons spécifier les différents éléments à modifier par rapport au thème de base.
+
+
+
+
définir de nouveaux attributs
+
Nous pouvons a présent inserer dans la fonction thème les éléments à modifier. Notez qu’il ne faut pas utiliser de tailles absolues mais définir des tailles relatives avec la fonction rel()
.
+
+
my_theme()
+
Voici un exemple de thème personnalisé (très fortement inspiré du thème theme_modern()
du package see
) basé sur theme_minimal()
:
+
my_theme <- function (base_size = 11 ,
+ base_family = "" ,
+ base_line_size = base_size / 22 ,
+ base_rect_size = base_size / 22 ) {
+
+ half_line <- base_size/ 2
+
+ theme_minimal (base_size = base_size,
+ base_family = base_family,
+ base_line_size = base_line_size,
+ base_rect_size = base_rect_size) %+replace%
+ theme (
+ ## Panel grid ##
+ panel.border = element_blank (),
+ panel.grid.major = element_blank (),
+ panel.grid.minor = element_blank (),
+ ## Title ##
+ plot.title = element_text (size = rel (1.3 ),
+ face = "plain" , margin = margin (0 , 0 , 20 , 0 )),
+ ## Axis ##
+ axis.line = element_line (colour = "black" , size = rel (0.5 )),
+ axis.title.y = element_text (margin = margin (t = 0 , r = rel (20 ), b = 0 , l = 0 ),
+ angle = 90 ),
+ axis.title.x = element_text (margin = margin (t = rel (20 ), r = 0 , b = 0 , l = 0 )),
+ axis.title = element_text (size = rel (1.2 ),
+ face = "plain" ),
+ axis.text = element_text (size = rel (.8 )),
+ axis.ticks = element_blank (),
+ ## Legend ##
+ legend.key = element_blank (),
+ legend.position = "bottom" ,
+ legend.text = element_text (size = rel (1.1 )),
+ legend.title = element_text (size = rel (1.1 )),
+ legend.spacing.x = unit (2 , "pt" ),
+ ## Background ##
+ strip.background = element_blank (),
+ plot.tag = element_text (size = rel (1.3 ), face = "bold" ),
+ strip.text = element_text (face = "bold" )
+ )
+}
+
+
+
my_theme_dark()
+
Et un thème sombre basé sur my_theme()
et très fortement inspiré de theme_blackboard()
du package see
:
+
my_theme_dark <-function (base_size = 11 ,
+ base_family = "" ,
+ base_line_size = base_size / 22 ,
+ base_rect_size = base_size / 22 ) {
+
+ dark_color = "#0d0d0d"
+ light_color = "#E0E0E0"
+
+ my_theme (base_size = base_size,
+ base_family = base_family,
+ base_line_size = base_line_size,
+ base_rect_size = base_rect_size) %+replace%
+
+ theme (
+ ## Backgrounds ##
+ plot.background = element_rect (fill = dark_color),
+ panel.background = element_rect (fill = dark_color, color= dark_color),
+ legend.background = element_rect (fill = dark_color, color= dark_color),
+ ## Lines ##
+ axis.line = element_line (color = light_color),
+ ## Text ##
+ text = element_text (family = base_family, face = "plain" ,
+ color = light_color, size = base_size,
+ hjust = 0.5 , vjust = 0.5 , angle = 0 ,
+ lineheight = 0.9 , margin = margin (),
+ debug = FALSE ),
+ axis.text = element_text (color = light_color)
+ )
+}
+
+
+
+
Exemple
+
Créons un plot d’exemple à partir d’un jeu de données synthétique
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Utiliser ggplot2
dans des fonctions
+
Pour utiliser les syntaxes décrites ici, vous aurez besoin de ggplot2 version >= 3.2.
+
Prenons l’exemple d’une fonction qui réalise un bar chart (diagramme en barres) pour une colonne données (par exemple drv
) d’un dataset (par exemple mpg
, fourni avec ggplot2
)
+
Le code pour réaliser ce plot en dehors d’une fonction peut ressembler à ceci :
+
+
+
Dans une fonction, nous voudrions pouvoir utiliser un autre dataset et changer le nom de la variable d’intérêt.
+
Modifier le nom du dataset ne pose pas de problème, et l’on peut utiliser une syntaxe classique :
+
+
Pour rendre modifiable le nom de la colonne, c’est à dire une variable qui est déclarée dans la fonction aes()
, c’est moins immédiat. L’exemple suivant ne fonctionnera pas :
+
+
Erreur : Aesthetics must be valid data columns. Problematic aesthetic(s): x = var. Did you mistype the name of a data column or forget to add stat()?
+
Pour résoudre ce problème, il faut utiliser une syntaxe particulière introduite dans la version 3.2 de ggplot2.
+Vous avez 2 solutions:
+- le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme un nom (c’est à dire sans "", par exemple drv
), vous devez encadrer le nom de la colonne par des doubles accolades : {{ col }}
+
+
+le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme une chaine de caractère (par exemple: "drv"
), vous devez utiliser la syntaxe suivante: .data[[ col ]]
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/_book/img/1second.png b/_book/img/1second.png
new file mode 100644
index 0000000..a98a528
Binary files /dev/null and b/_book/img/1second.png differ
diff --git a/_book/img/anscombe-stat.png b/_book/img/anscombe-stat.png
new file mode 100644
index 0000000..9bbafae
Binary files /dev/null and b/_book/img/anscombe-stat.png differ
diff --git a/_book/img/anscombe-viz.png b/_book/img/anscombe-viz.png
new file mode 100644
index 0000000..875ebca
Binary files /dev/null and b/_book/img/anscombe-viz.png differ
diff --git a/_book/img/bandwidth.png b/_book/img/bandwidth.png
new file mode 100644
index 0000000..c5880c3
Binary files /dev/null and b/_book/img/bandwidth.png differ
diff --git a/_book/img/datasaurus.png b/_book/img/datasaurus.png
new file mode 100644
index 0000000..febedd1
Binary files /dev/null and b/_book/img/datasaurus.png differ
diff --git a/_book/img/davinci.png b/_book/img/davinci.png
new file mode 100644
index 0000000..71e58fb
Binary files /dev/null and b/_book/img/davinci.png differ
diff --git a/_book/img/donnees_tableau.png b/_book/img/donnees_tableau.png
new file mode 100644
index 0000000..daa706a
Binary files /dev/null and b/_book/img/donnees_tableau.png differ
diff --git a/_book/img/echelles.png b/_book/img/echelles.png
new file mode 100644
index 0000000..b73233b
Binary files /dev/null and b/_book/img/echelles.png differ
diff --git a/_book/img/echelles_efficience.png b/_book/img/echelles_efficience.png
new file mode 100644
index 0000000..a0f3b6e
Binary files /dev/null and b/_book/img/echelles_efficience.png differ
diff --git a/_book/img/galilee.png b/_book/img/galilee.png
new file mode 100644
index 0000000..3b30c2f
Binary files /dev/null and b/_book/img/galilee.png differ
diff --git a/_book/img/higlass.png b/_book/img/higlass.png
new file mode 100644
index 0000000..dd75fef
Binary files /dev/null and b/_book/img/higlass.png differ
diff --git a/_book/img/humanVScomputer.png b/_book/img/humanVScomputer.png
new file mode 100644
index 0000000..c8ddbfd
Binary files /dev/null and b/_book/img/humanVScomputer.png differ
diff --git a/_book/img/marques.png b/_book/img/marques.png
new file mode 100644
index 0000000..25575e6
Binary files /dev/null and b/_book/img/marques.png differ
diff --git a/_book/img/marques_liens.png b/_book/img/marques_liens.png
new file mode 100644
index 0000000..d4fad8d
Binary files /dev/null and b/_book/img/marques_liens.png differ
diff --git a/_book/img/snow.png b/_book/img/snow.png
new file mode 100644
index 0000000..7aad64f
Binary files /dev/null and b/_book/img/snow.png differ
diff --git a/_book/img/stratomex_explained.png b/_book/img/stratomex_explained.png
new file mode 100644
index 0000000..672400e
Binary files /dev/null and b/_book/img/stratomex_explained.png differ
diff --git a/_book/img/tube1933.png b/_book/img/tube1933.png
new file mode 100644
index 0000000..03676f7
Binary files /dev/null and b/_book/img/tube1933.png differ
diff --git a/_book/img/visualisation.jpg b/_book/img/visualisation.jpg
new file mode 100644
index 0000000..92f6edb
Binary files /dev/null and b/_book/img/visualisation.jpg differ
diff --git a/_book/index.html b/_book/index.html
index 1f34d06..93caa97 100644
--- a/_book/index.html
+++ b/_book/index.html
@@ -6,7 +6,7 @@
Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R
-
+
@@ -24,7 +24,7 @@
-
+
@@ -32,7 +32,7 @@
-
+
@@ -40,6 +40,9 @@
+
+
+
@@ -131,49 +134,59 @@ code span.wa { color: #60a0b0; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warni
Prerequis
1 Intro
+2 Types de datasets et types de données
+2.1 Types de datasets
+2.2 Types de données
-2 Types de datasets et types de données
-3 Perception : système visuel, marques et canaux, couleurs
-3.1 TODO
+3 Perception : système visuel, marques et canaux, couleurs
-4 Abstraction de tâche
-4.1 TODO
+4 Abstraction de tâche
5 Principes de design
-6 Visualisation de données tabulaires
-6.1 TODO
+6 Visualisation de données tabulaires
7 Interaction
-8 Visualisation de données spatiales
-8.1 TODO
+8 Visualisation de données spatiales
-9 Visualisation de réseaux et graphes
+9 Visualisation de réseaux et graphes
10 Visualisation de texte
11 Visualisation de texte
-12 ggplot2
: techniques avancées
-12.1 Créer son propre thème ggplot2
-12.1.1 un thème est une fonction
-12.1.2 modifier un thème de base avec %+replace%
-12.1.3 définir de nouveaux attributs
-12.1.4 Exemple
+12 ggplot2
: techniques avancées
References
@@ -199,7 +212,7 @@ code span.wa { color: #60a0b0; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warni
-
+
Installer les packages nécessaires
Dans ce cours, un certain nombre de packages sont utilisés très fréquement et doivent être installés :
+
+
Un certain nombre d’autres packages, utilisés plus ponctuellement vous seront indiqués dans les différents chapitres. Voici une liste exhaustive des packages utilisés dans ce cours :
tidyverse, ggplot2, see, igraph, ggraph, tidygraph, rlang
@@ -232,24 +255,24 @@ Vous trouverez les liens de téléchargement ici :
https://cran.r-pro
+
+
@@ -40,6 +40,9 @@
+
+
+
@@ -131,49 +134,59 @@ code span.wa { color: #60a0b0; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warni
Prerequis
1 Intro
+
2 Types de datasets et types de données
-
-
+
+
+
+
@@ -40,6 +40,7 @@
+
@@ -50,6 +51,70 @@
+
+
+
@@ -69,56 +134,59 @@
Prerequis
1 Intro
-2 Types de datasets et types de données