diff --git a/01-Introduction.Rmd b/01-Introduction.Rmd index bc5d5ba..fb20d00 100644 --- a/01-Introduction.Rmd +++ b/01-Introduction.Rmd @@ -13,6 +13,9 @@ output: knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE) ``` +## Définition + +La visualisation est le processus qui transforme les données en représentation graphique interactive à des fins d’exploration, de confirmation ou de communication. ## TODO diff --git a/02-types_data.Rmd b/02-types_data.Rmd index 9438305..642acfa 100644 --- a/02-types_data.Rmd +++ b/02-types_data.Rmd @@ -9,18 +9,36 @@ output: # Types de datasets et types de données +```{r, include = FALSE} +library(ggplot2) +library(ggraph) +library(vizoR) +library(tidygraph) +library(igraph) +library(patchwork) +``` + + ## Types de datasets ### Données tabulaires ```{r} -dt <- data.frame(x = rep(1:5, 3), - y = c(rep(1,5), rep(2,5),rep(3,5)), - group = rep(1, 5*3)) -dt$group[8] <- 2 -ggplot(data = dt, +make_tabular_data <- function(x_size, y_size, highlight) { + + dt <- data.frame(x = rep(1:x_size, y_size), + y = unlist(lapply(1:y_size, function(x) rep(x, x_size))), + group = rep(1, x_size*y_size)) + + dt$group[highlight] <- 2 + + dt + +} + +ggplot(data = make_tabular_data(5,3,8), mapping = aes(x = x, y = y, fill = as.factor(group))) + geom_tile(color = 'white', size = 2) + annotate("segment", x=0.2,xend=5,y=3.8,yend=3.8,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) + @@ -31,14 +49,88 @@ ggplot(data = dt, scale_x_continuous(position = "top")+ xlab('Attributs (colonnes)') + ylab('Items (lignes)') + - theme_modern() + + theme_elegant() + theme(legend.position = 'none', axis.text=element_blank(), axis.line =element_blank()) ``` -### TODO +### Réseaux + +```{r} + + +nodes <- data.frame(id = glue::glue("node{1:11}"), + #label = c("node1","node2","node3"), + node_type= rep(1,11)) + +edges <- data.frame(from = c("node1","node1","node1","node1","node1", "node5", "node5", "node5", "node6", "node9","node9"), + to = c("node2","node3", "node4", "node5","node6", "node7", "node8", "node9", "node9", "node10", "node11"), + type = rep("normal",11) , + weight = rep(1,11)) + +net <- graph_from_data_frame(d=edges, vertices = nodes, directed = FALSE) + +ggraph(net) + + geom_edge_link(end_cap = circle(0, 'mm'), + start_cap = circle(0, 'mm'), edge_width = 1) + + geom_node_point(color = 'darkred', fill ="darkred", size = 10, shape = 21) + + expand_limits(y=c(-1.5,1.5), x = c(-1.5,1.5)) + + annotate("curve", x=1.2,xend=1.3,y=-.6,yend=-.3,curvature=.2, arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) + + annotate("text", x=1.2, y=-.6, label = "Noeud (Node)",hjust=0.5, vjust=1) + + annotate("curve", x=.4,xend=.5,y=1,yend=.5,curvature=-0.2, arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) + + annotate("text", x=.4, y=1, label = "Lien (Edge)",hjust=0.5, vjust=-.7) + + theme_void_complete() + +``` + +### TODO: Champs + +```{r} + +make_grid_data <- function(size) { + data.frame(x = c(rep(1,size), 1:size), + xend = c(rep(size,size), 1:size), + y = c(1:size, rep(1,size)), + yend = c(1:size, rep(size,size))) +} + +size = 8 + +p1 <- ggplot(make_grid_data(size)) + + geom_segment(aes(x=x, xend=xend, y=y, yend=yend)) + + geom_rect(xmin = 2, xmax=3, ymin=6, ymax=7, fill="darkred") + + annotate("text", x=4.5,y = 10, label= "Grille de positions", size =6)+ + xlim(c(1,size*2-1))+ + ylim(c(-5,size+2))+ + coord_polar(start = -pi/2) + + theme_void_complete() + + theme(plot.margin=unit(c(0,0,0,0),"lines"), + panel.spacing=unit(0,"lines"), + axis.ticks.margin=unit(0,"cm")) + + +p2<- ggplot(data = make_tabular_data(5,1,3), + mapping = aes(x = x, y = y, fill = as.factor(group))) + + geom_tile(color = 'white', size = 2) + + annotate("segment", x=.7,xend=5.5,y=1.6,yend=1.6,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) + + #annotate("segment", x=0.2,xend=0.2,y=3.8,yend=1,arrow=arrow(type="closed",length= unit(.4,"cm"))) + + annotate("text", x=3, y=0, label = "Valeur dans une cellule",hjust=0.5, vjust=1) + + annotate("text", x=3, y=1.6, label = "Attributs (colonnes)",hjust=0.5, vjust=-1) + + annotate("segment", x=3,xend=3,y=0,yend=0.5,arrow=arrow(type="closed", length= unit(.4,"cm"))) + + scale_fill_manual(values = list("lightgrey", "darkred"))+ + scale_x_continuous(position = "top")+ + ylim(-1, 2) + + theme_void_complete() + + +(plot_spacer() | p1 | plot_spacer()) / (plot_spacer() | p2 | plot_spacer()) + +``` + + +### TODO: Spacial ## Types de données diff --git a/_book/abstraction-de-tâche.html b/_book/abstraction-de-tâche.html new file mode 100644 index 0000000..4f5fcad --- /dev/null +++ b/_book/abstraction-de-tâche.html @@ -0,0 +1,272 @@ + + + + + + + Chapitre 4 Abstraction de tâche | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 4 Abstraction de tâche

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4.1 TODO

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html b/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html new file mode 100644 index 0000000..52c1559 --- /dev/null +++ b/_book/ajouter-un-encodage-aesthetics.html @@ -0,0 +1,442 @@ + + + + + + + Chapitre 31 Ajouter un encodage (aesthetics) | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 31 Ajouter un encodage (aesthetics)

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.small[

+ +

+] +— +## Ajouter une 2ème géométrie

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.small[

+ +
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
+

+]

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/anscombes-quartet.html b/_book/anscombes-quartet.html new file mode 100644 index 0000000..66a5271 --- /dev/null +++ b/_book/anscombes-quartet.html @@ -0,0 +1,348 @@ + + + + + + + Chapitre 9 Anscombe’s quartet | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 9 Anscombe’s quartet

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+:abs 85%, 7%, 20% +

:abs 85%, 7%, 20%

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/autres-caractéristiques-des-données.html b/_book/autres-caractéristiques-des-données.html new file mode 100644 index 0000000..cd15f0a --- /dev/null +++ b/_book/autres-caractéristiques-des-données.html @@ -0,0 +1,354 @@ + + + + + + + Chapitre 13 Autres caractéristiques des données | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 13 Autres caractéristiques des données

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13.0.1 Liens : relation entre 2 entités (observations, noeuds)

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13.0.2 Positions (données spatiales)

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13.0.3 Grilles (grids) : stratégie d’échantillonage de données continues

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/buts-dune-visualisation.html b/_book/buts-dune-visualisation.html new file mode 100644 index 0000000..db70085 --- /dev/null +++ b/_book/buts-dune-visualisation.html @@ -0,0 +1,361 @@ + + + + + + + Chapitre 6 Buts d’une visualisation | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 6 Buts d’une visualisation

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.pull-c1[ +### Enregistrer l’information]

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.pull-c2[ +### Analyser]

+

+

.pull-c3[ +### Communiquer]

+

class: center, full +# Analyser

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.pull-left[ + +https://higlass.io/] +.pull-right[ + +https://frama.link/stratomex]

+

class: center, middle

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/datasaurus-dozen.html b/_book/datasaurus-dozen.html new file mode 100644 index 0000000..79b15a9 --- /dev/null +++ b/_book/datasaurus-dozen.html @@ -0,0 +1,369 @@ + + + + + + + Chapitre 10 Datasaurus dozen | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + +
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+

Chapitre 10 Datasaurus dozen

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+:abs 85%, 7%, 18% +

:abs 85%, 7%, 18%

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+

class: center

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10.1 Un peu d’histoire: enregistrer

+

.pull-left[ +:scale 90%

+

Da Vinci (1500) +]

+

.pull-right[ +:scale 90%

+

Galilée (1616) +]

+

class: center +# Un peu d’histoire: trouver des patterns

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+:scale 60% +

:scale 60%

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10.1.1 John Snow (1854)

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png index 90ddae5..9a6622d 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png index 3568728..e7f8507 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png index 242bee6..f092d37 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png index 90ddae5..3d6386c 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png new file mode 100644 index 0000000..90ddae5 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png index be90e54..3568728 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png new file mode 100644 index 0000000..e7f8507 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png index 324d7fe..be90e54 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-22-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png index 1603ad4..9443cc1 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png index 91b4629..4b1181b 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png index 080de93..324d7fe 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png index 2532e0e..1603ad4 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-26-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png new file mode 100644 index 0000000..91b4629 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png new file mode 100644 index 0000000..be90e54 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-28-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png new file mode 100644 index 0000000..9443cc1 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-29-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png index be90e54..e7f8507 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png new file mode 100644 index 0000000..4b1181b Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-30-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png index 517604d..324d7fe 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png index a53a730..1603ad4 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png index c3dc4d4..91b4629 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-33-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png index cf3ce89..517604d 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-34-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png index df2be0c..a53a730 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-35-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png new file mode 100644 index 0000000..c3dc4d4 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-36-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png new file mode 100644 index 0000000..cf3ce89 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-37-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png new file mode 100644 index 0000000..df2be0c Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-38-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png index 9443cc1..1663f68 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png new file mode 100644 index 0000000..517604d Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-40-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png new file mode 100644 index 0000000..a53a730 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-41-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png new file mode 100644 index 0000000..c3dc4d4 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-42-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png new file mode 100644 index 0000000..cf3ce89 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-43-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png new file mode 100644 index 0000000..df2be0c Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-44-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png index a6d5444..1663f68 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png new file mode 100644 index 0000000..7dc0dc2 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png new file mode 100644 index 0000000..b03b43e Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-51-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png new file mode 100644 index 0000000..0dcbb46 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-53-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png new file mode 100644 index 0000000..3a4e13b Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-54-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png new file mode 100644 index 0000000..5454e5c Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-56-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png new file mode 100644 index 0000000..531e07b Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-57-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png new file mode 100644 index 0000000..96d8aaf Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-59-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png index e908698..e7f8507 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png new file mode 100644 index 0000000..5418037 Binary files /dev/null and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-60-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png index 1603ad4..5989a78 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png index 0cfa428..3d6386c 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png differ diff --git a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png index 90ddae5..238b73c 100644 Binary files a/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png and b/_book/dataviz_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png differ diff --git a/_book/définition-1.html b/_book/définition-1.html new file mode 100644 index 0000000..1b67c4d --- /dev/null +++ b/_book/définition-1.html @@ -0,0 +1,347 @@ + + + + + + + Chapitre 7 Définition | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 7 Définition

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7.0.1 La visualisation est le processus qui transforme les données en représentation graphique interactive à des fins d’ exploration, de confirmation ou de communication.

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+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/ggplot2-techniques-avancées.html b/_book/ggplot2-techniques-avancées.html new file mode 100644 index 0000000..95b231a --- /dev/null +++ b/_book/ggplot2-techniques-avancées.html @@ -0,0 +1,451 @@ + + + + + + + Chapitre 12 ggplot2 : techniques avancées | Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Chapitre 12 ggplot2 : techniques avancées

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12.1 Créer son propre thème ggplot2

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Les thèmes de ggplot2 permettent de contrôler l’apparence des plots. Il est possible de modifier un thème standard en utilisant la fonction theme(). Mais nous allons voir ici comment créer un thème personalisé.

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Il est bien entendu possible de créer un thème de toutes pièces. Pour cela, il faut définir un à un tous les éléments possibles du thème mais c’est très long et rébarbatif. Dans ggplot2, le seul thème défini de cette façon est le thème de base theme_grey() (voir le repo officiel). +Les autres thèmes héritent les attribut de ce premier thème et modifient uniquement éléments nécéssaires. Par exemple, theme_bw() est construit à partir de theme_grey() et theme_minimal() se base sur theme_bw(). C’est beaucoup plus pratique de définir les thèmes de cette façon.

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12.1.1 un thème est une fonction

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Un thème est une fonction R classique qui prend comme arguments 4 variables : +- base_size : taille de base du texte (défaut = 11) +- base_family : famille de polices de base (défaut = "") +- base_line_size : taille de base des éléments line (défaut = base_size / 22 ) +- base_rect_size : taille de base des éléments rect (défault = base_size / 22 )

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12.1.2 modifier un thème de base avec %+replace%

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Ensuite, nous allons choisir un thème de base duquel notre thème personalisé va hériter les éléments par défaut. En effet, tous les éléments que nous ne spécifieront pas seront basés sur le thème de base. Par exemple, nous pouvons choisir theme_minimal().

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Pour modifier les éléments du thème de base, il faut utiliser l’opérateur %+replace% suivi de la fonction theme(). C’est dans cette dernière que nous pourrons spécifier les différents éléments à modifier par rapport au thème de base.

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12.1.3 définir de nouveaux attributs

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Nous pouvons a présent inserer dans la fonction thème les éléments à modifier. Notez qu’il ne faut pas utiliser de tailles absolues mais définir des tailles relatives avec la fonction rel().

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12.2 Utiliser ggplot2 dans des fonctions

+

Pour utiliser les syntaxes décrites ici, vous aurez besoin de ggplot2 version >= 3.2.

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Prenons l’exemple d’une fonction qui réalise un bar chart (diagramme en barres) pour une colonne données (par exemple drv) d’un dataset (par exemple mpg, fourni avec ggplot2)

+

Le code pour réaliser ce plot en dehors d’une fonction peut ressembler à ceci :

+ +

+

Dans une fonction, nous voudrions pouvoir utiliser un autre dataset et changer le nom de la variable d’intérêt.

+

Modifier le nom du dataset ne pose pas de problème, et l’on peut utiliser une syntaxe classique :

+ +

Pour rendre modifiable le nom de la colonne, c’est à dire une variable qui est déclarée dans la fonction aes(), c’est moins immédiat. L’exemple suivant ne fonctionnera pas :

+ +
Erreur : Aesthetics must be valid data columns. Problematic aesthetic(s): x = var. Did you mistype the name of a data column or forget to add stat()?
+

Pour résoudre ce problème, il faut utiliser une syntaxe particulière introduite dans la version 3.2 de ggplot2. +Vous avez 2 solutions: +- le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme un nom (c’est à dire sans "", par exemple drv), vous devez encadrer le nom de la colonne par des doubles accolades : {{ col }}

+ +
    +
  • le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme une chaine de caractère (par exemple: "drv"), vous devez utiliser la syntaxe suivante: .data[[ col ]]
  • +
+ + +
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+ +
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+ + +
+
+ + + + + + + + + + + + + + diff --git a/_book/img/1second.png b/_book/img/1second.png new file mode 100644 index 0000000..a98a528 Binary files /dev/null and b/_book/img/1second.png differ diff --git a/_book/img/anscombe-stat.png b/_book/img/anscombe-stat.png new file mode 100644 index 0000000..9bbafae Binary files /dev/null and b/_book/img/anscombe-stat.png differ diff --git a/_book/img/anscombe-viz.png b/_book/img/anscombe-viz.png new file mode 100644 index 0000000..875ebca Binary files /dev/null and b/_book/img/anscombe-viz.png differ diff --git a/_book/img/bandwidth.png b/_book/img/bandwidth.png new file mode 100644 index 0000000..c5880c3 Binary files /dev/null and b/_book/img/bandwidth.png differ diff --git a/_book/img/datasaurus.png b/_book/img/datasaurus.png new file mode 100644 index 0000000..febedd1 Binary files /dev/null and b/_book/img/datasaurus.png differ diff --git a/_book/img/davinci.png b/_book/img/davinci.png new file mode 100644 index 0000000..71e58fb Binary files /dev/null and b/_book/img/davinci.png differ diff --git a/_book/img/donnees_tableau.png b/_book/img/donnees_tableau.png new file mode 100644 index 0000000..daa706a Binary files /dev/null and b/_book/img/donnees_tableau.png differ diff --git a/_book/img/echelles.png b/_book/img/echelles.png new file mode 100644 index 0000000..b73233b Binary files /dev/null and b/_book/img/echelles.png differ diff --git a/_book/img/echelles_efficience.png b/_book/img/echelles_efficience.png new file mode 100644 index 0000000..a0f3b6e Binary files /dev/null and b/_book/img/echelles_efficience.png differ diff --git a/_book/img/galilee.png b/_book/img/galilee.png new file mode 100644 index 0000000..3b30c2f Binary files /dev/null and b/_book/img/galilee.png differ diff --git a/_book/img/higlass.png b/_book/img/higlass.png new file mode 100644 index 0000000..dd75fef Binary files /dev/null and b/_book/img/higlass.png differ diff --git a/_book/img/humanVScomputer.png b/_book/img/humanVScomputer.png new file mode 100644 index 0000000..c8ddbfd Binary files /dev/null and b/_book/img/humanVScomputer.png differ diff --git a/_book/img/marques.png b/_book/img/marques.png new file mode 100644 index 0000000..25575e6 Binary files /dev/null and b/_book/img/marques.png differ diff --git a/_book/img/marques_liens.png b/_book/img/marques_liens.png new file mode 100644 index 0000000..d4fad8d Binary files /dev/null and b/_book/img/marques_liens.png differ diff --git a/_book/img/snow.png b/_book/img/snow.png new file mode 100644 index 0000000..7aad64f Binary files /dev/null and b/_book/img/snow.png differ diff --git a/_book/img/stratomex_explained.png b/_book/img/stratomex_explained.png new file mode 100644 index 0000000..672400e Binary files /dev/null and b/_book/img/stratomex_explained.png differ diff --git a/_book/img/tube1933.png b/_book/img/tube1933.png new file mode 100644 index 0000000..03676f7 Binary files /dev/null and b/_book/img/tube1933.png differ diff --git a/_book/img/visualisation.jpg b/_book/img/visualisation.jpg new file mode 100644 index 0000000..92f6edb Binary files /dev/null and b/_book/img/visualisation.jpg differ diff --git a/_book/index.html b/_book/index.html index 1f34d06..93caa97 100644 --- a/_book/index.html +++ b/_book/index.html @@ -6,7 +6,7 @@ Visualisation de données : éléments théoriques et applications avec R - + @@ -24,7 +24,7 @@ - + @@ -32,7 +32,7 @@ - + @@ -40,6 +40,9 @@ + + + @@ -131,49 +134,59 @@ code span.wa { color: #60a0b0; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warni
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