continued

98-techniques_avancees.Rmd

@@ -169,8 +169,7 @@ p <- generate_uniform_dataset(
   ggplot(data = ., aes( x = x, y = y, color = group)) +
   geom_point(size = 3) +
   scale_color_material_d() +
-  labs(title= "theme_minimal()", 
-       x="legende axe x", 
+  labs(x="legende axe x", 
        y="legende axe y")
 ```
 
@@ -179,13 +178,86 @@ p
 ```
 
 ```{r, echo=TRUE}
-p + theme_minimal() 
+p + theme_minimal() + labs(title=  "theme_minimal")
 ```
 
 ```{r, echo=TRUE}
-p + my_theme()
+p + my_theme() + labs(title=  "my_theme")
 ```
 
 ```{r,echo=TRUE}
-p + my_theme_dark()
+p + my_theme_dark() + labs(title=  "my_theme_dark")
 ```
+
+
+## Utiliser `ggplot2` dans des fonctions
+
+Pour utiliser les syntaxes décrites ici, vous aurez besoin de ggplot2 version >= 3.2. 
+
+Prenons l'exemple d'une fonction qui réalise un bar chart (diagramme en barres) pour une colonne données (par exemple `drv`) d'un dataset (par exemple `mpg`, fourni avec `ggplot2`)
+
+Le code pour réaliser ce plot en dehors d'une fonction peut ressembler à ceci : 
+
+```{r}
+ggplot(mpg) + 
+    geom_bar(aes(x = drv))
+```
+
+Dans une fonction, nous voudrions pouvoir utiliser un autre dataset et changer le nom de la variable d'intérêt. 
+
+Modifier le nom du dataset ne pose pas de problème, et l'on peut utiliser une syntaxe classique : 
+
+```{r, eval = FALSE}
+
+my_bar <- function(df) {
+  ggplot(df) + 
+    geom_bar(aes(x = drv))
+}
+
+my_bar(mpg)
+
+```
+
+Pour rendre modifiable le nom de la colonne, c'est à dire une variable qui est déclarée dans la fonction `aes()`, c'est moins immédiat.  L'exemple suivant ne fonctionnera pas : 
+
+```{r, eval = FALSE}
+
+my_bar <- function(df, col) {
+  ggplot(df) + 
+    geom_bar(aes(x = col))
+}
+
+my_bar(mpg, drv)
+
+```
+```
+Erreur : Aesthetics must be valid data columns. Problematic aesthetic(s): x = var. Did you mistype the name of a data column or forget to add stat()?
+```
+
+Pour résoudre ce problème, il faut utiliser une syntaxe particulière introduite dans la version 3.2 de ggplot2. 
+Vous avez 2 solutions: 
+- le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme un nom (c'est à dire sans "", par exemple `drv`), vous devez encadrer le nom de la colonne par des doubles accolades : `{{ col }}`
+
+```{r, eval = FALSE}
+my_bar <- function(df, col) {
+  ggplot(df) + 
+    geom_bar(aes(x = {{ col }}))
+}
+
+my_bar(mpg, drv)
+```
+
+
+- le nom de la colonne est passé en paramètre de la fonction comme une chaine de caractère (par exemple: `"drv"`), vous devez utiliser la syntaxe suivante: `.data[[ col ]]`
+
+```{r, eval = FALSE}
+my_bar <- function(df, col) {
+  ggplot(df) + 
+    geom_bar(aes(x = .data[[ col ]] ))
+}
+
+my_bar(mpg, "drv")
+```
+
+
+

index.Rmd

@@ -35,10 +35,18 @@ Dans ce cours, un certain nombre de packages sont utilisés très fréquement et
 
 pkg_list_req = c("tidyverse",
                  "ggplot2",
-                 "see")
+                 "see", 
+                 "igraph", 
+                 "ggraph",
+                 "tidygraph",
+                 "rlang")
 ```
 ```{r, eval=FALSE}
-install.packages(pkg_list_req)
+
+for (pkg in pkg_list_req) {
+  if (!(pkg %in% installed.packages())) install.packages(pkg)
+} 
+
 ```
 
 Un certain nombre d'autres packages, utilisés plus ponctuellement vous seront indiqués dans les différents chapitres. Voici une liste exhaustive des packages utilisés dans ce cours : 

packages.bib

@@ -8,11 +8,32 @@
 }
 @Manual{R-ggplot2,
   title = {ggplot2: Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics},
-  author = {Hadley Wickham and Winston Chang and Lionel Henry and Thomas Lin Pedersen and Kohske Takahashi and Claus Wilke and Kara Woo},
+  author = {Hadley Wickham and Winston Chang and Lionel Henry and Thomas Lin Pedersen and Kohske Takahashi and Claus Wilke and Kara Woo and Hiroaki Yutani},
   year = {2019},
-  note = {R package version 3.1.1},
+  note = {R package version 3.2.0},
   url = {https://CRAN.R-project.org/package=ggplot2},
 }
+@Manual{R-ggraph,
+  title = {ggraph: An Implementation of Grammar of Graphics for Graphs and Networks},
+  author = {Thomas Lin Pedersen},
+  year = {2018},
+  note = {R package version 1.0.2},
+  url = {https://CRAN.R-project.org/package=ggraph},
+}
+@Manual{R-igraph,
+  title = {igraph: Network Analysis and Visualization},
+  author = {See AUTHORS file.},
+  year = {2019},
+  note = {R package version 1.2.4.1},
+  url = {https://CRAN.R-project.org/package=igraph},
+}
+@Manual{R-rlang,
+  title = {rlang: Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features},
+  author = {Lionel Henry and Hadley Wickham},
+  year = {2019},
+  note = {R package version 0.4.0},
+  url = {https://CRAN.R-project.org/package=rlang},
+}
 @Manual{R-see,
   title = {see: Visualisation Toolbox for 'easystats' and Extra Geoms, Themes
 and Color Palettes for 'ggplot2'},
@@ -21,6 +42,13 @@ and Color Palettes for 'ggplot2'},
   note = {R package version 0.1.0},
   url = {https://CRAN.R-project.org/package=see},
 }
+@Manual{R-tidygraph,
+  title = {tidygraph: A Tidy API for Graph Manipulation},
+  author = {Thomas Lin Pedersen},
+  year = {2018},
+  note = {R package version 1.1.1},
+  url = {https://CRAN.R-project.org/package=tidygraph},
+}
 @Manual{R-tidyverse,
   title = {tidyverse: Easily Install and Load the 'Tidyverse'},
   author = {Hadley Wickham},