diff --git a/courses/03-design-tabulaire.Rmd b/courses/03-design-tabulaire.Rmd
index 16f152a..a4acd02 100644
--- a/courses/03-design-tabulaire.Rmd
+++ b/courses/03-design-tabulaire.Rmd
@@ -1,7 +1,7 @@
---
title: "Principes de design, Visualisation de données tabulaires"
author: "Maxime Wack"
-date: "19/11/2019"
+date: "17/11/2020"
output:
xaringan::moon_reader:
css: ['default','css/my_style.css']
@@ -34,7 +34,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
@@ -75,7 +75,7 @@ class: center
Autant de principes que de designers
-
+
[https://principles.design](https://principles.design)
@@ -104,7 +104,7 @@ class: middle
### Notion de **composition** des éléments en un tout
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -117,7 +117,7 @@ class: middle
### Principal outil de la visualisation de **collections de données**
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -134,7 +134,7 @@ class: middle
### La symmétrie **radiale** permet d'organiser autour d'un élément central
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -153,7 +153,7 @@ class: middle
### **Échelles** et **proportions**
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -168,7 +168,7 @@ class: middle
### **Diriger** le regard du lecteur
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -183,7 +183,7 @@ class: middle
### Contraste ↔ Similarité
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class:center,middle
@@ -208,22 +208,22 @@ class:center, middle
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class: center, middle
@@ -235,17 +235,17 @@ class:center
# Excel
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
@@ -263,7 +263,7 @@ class:center, middle
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
diff --git a/courses/03-design-tabulaire.html b/courses/03-design-tabulaire.html
index a1ff537..1652374 100644
--- a/courses/03-design-tabulaire.html
+++ b/courses/03-design-tabulaire.html
@@ -1,19 +1,20 @@
-
+
Principes de design, Visualisation de données tabulaires
+
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
@@ -26,7 +27,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
@@ -67,7 +68,7 @@ class: center
Autant de principes que de designers
-
+
[https://principles.design](https://principles.design)
@@ -96,7 +97,7 @@ class: middle
### Notion de **composition** des éléments en un tout
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -109,7 +110,7 @@ class: middle
### Principal outil de la visualisation de **collections de données**
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -126,7 +127,7 @@ class: middle
### La symmétrie **radiale** permet d'organiser autour d'un élément central
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -145,7 +146,7 @@ class: middle
### **Échelles** et **proportions**
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -160,7 +161,7 @@ class: middle
### **Diriger** le regard du lecteur
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class: middle
@@ -175,7 +176,7 @@ class: middle
### Contraste ↔ Similarité
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
class:center,middle
@@ -200,22 +201,22 @@ class:center, middle
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class: center, middle
@@ -227,17 +228,17 @@ class:center
# Excel
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
class:center, middle
-
+
---
@@ -255,7 +256,7 @@ class:center, middle
]
-.pull-right[]
+.pull-right[]
---
@@ -276,44 +277,44 @@ class: center
# 1NF
.tiny[
-
-
+
+
]
↓
-
-
+
+
---
class: center
# 2NF
-
-
+
+
↓
-
-
-
+
+
+
---
class: center
# 3NF
-
-
+
+
↓
-
-
-
+
+
+
---
class: center
# À plat
-
-
+
+
### Opération facile à réaliser
@@ -374,9 +375,25 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
}
deleted = true;
});
-})();
-
-
+})();
-
+
-
-
-
-
+
+
+
+
@@ -25,7 +26,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
@@ -99,8 +100,8 @@ iris %>%
ggplotly(plot)
```
-
-
+
+
---
@@ -113,8 +114,8 @@ ggplotly(plot)
ggplotly
```
-
-
+
+
---
@@ -129,8 +130,8 @@ iris %>%
ggplotly(plot)
```
-
-
+
+
---
class:center, middle
@@ -177,8 +178,8 @@ iris %>%
y = ~Sepal.Width)
```
-
-
+
+
---
@@ -192,8 +193,8 @@ iris %>%
mode = "markers")
```
-
-
+
+
---
@@ -210,8 +211,8 @@ iris %>%
"Largeur de sépale :", Sepal.Width))
```
-
-
+
+
---
@@ -226,8 +227,8 @@ iris %>%
---
class:center, middle
-
-
+
+
---
@@ -240,7 +241,7 @@ class:center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
### Moteur *bas niveau* pour manipuler des éléments du DOM et du SVG à partir de données.
@@ -299,6 +300,8 @@ class: center
https://shiny.rstudio.com/
+https://mastering-shiny.org/
+
---
# Shiny
@@ -415,9 +418,25 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
}
deleted = true;
});
-})();
-
-
+})();
@@ -15,7 +16,7 @@
class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
### AHU Informatique médicale
#### Hôpital Européen Georges Pompidou, </br> Université de Paris
@@ -49,7 +50,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -62,7 +63,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
@@ -75,7 +76,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -87,7 +88,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -99,7 +100,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
@@ -111,7 +112,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -122,7 +123,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -134,7 +135,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
@@ -147,7 +148,7 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
# Graphe dirigé acyclique
@@ -163,14 +164,14 @@ class: center, middle
]
.pull-right[
-
+
]
---
# Représentation numérique
.pull-left[
-
+
]
.pull-right[
@@ -191,7 +192,7 @@ class: center, middle
# Représentation numérique
.pull-left[
-
+
]
## Matrice d'adjacence
@@ -292,9 +293,25 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
}
deleted = true;
});
-})();
-
-
+})();
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
@@ -26,7 +27,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
@@ -41,11 +42,11 @@ class: center, middle, title
```r
-read_csv("lab03_data/notes.csv") -> notes
+read_csv("lab03-data/notes.csv") -> notes
```
-
-
+
+
---
@@ -61,8 +62,8 @@ pivot_longer(notes,
values_to = "Note") -> notes_long
```
-
-
+
+
---
@@ -77,8 +78,8 @@ pivot_wider(notes_long,
values_from = Note)
```
-
-
+
+
---
@@ -144,6 +145,32 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
deleted = true;
});
})();
+(function() {
+ "use strict"
+ // Replace
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/courses/lab03-webscraping_correction.Rmd b/courses/lab03-webscraping_correction.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..d92f566
--- /dev/null
+++ b/courses/lab03-webscraping_correction.Rmd
@@ -0,0 +1,156 @@
+---
+title: "Web scraping"
+author: "Maxime Wack"
+date: "17/11/2020"
+output:
+ xaringan::moon_reader:
+ css: ['default','css/my_style.css']
+ lib_dir: libs
+ seal: false
+ nature:
+ ratio: '4:3'
+ countIncrementalSlides: false
+ self-contained: true
+ beforeInit: "addons/macros.js"
+ highlightLines: true
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.asp= .5)
+library(tidyverse)
+library(DT)
+library(knitr)
+library(httr)
+library(rvest)
+
+options(DT.options = list(paging = F,
+ info = F,
+ searching = F))
+```
+
+class: center, middle, title
+
+# UE Visualisation
+
+### 2020-2021
+
+## Dr. Maxime Wack
+
+### AHU Informatique médicale
+#### Hôpital Européen Georges Pompidou, Université de Paris
+
+---
+
+# Web scraping
+
+### Utilisation de `httr` et `rvest`
+
+## httr
+
+Permet de faire des requêtes réseau
+
+→ interroger et télécharger directement depuis R
+
+## rvest
+
+Extraction de données depuis des pages HTML
+
+---
+
+# httr
+
+```{r init, echo = F, message = F, error = F}
+library(tidyverse)
+library(httr)
+library(rvest)
+```
+
+Télécharger une page wikipedia
+
+```{r dl wikipedia}
+GET("https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_operating_systems") -> wiki
+```
+
+```{r dl wikipedia do, echo = F}
+wiki
+```
+
+---
+
+# Parsing HTML
+
+```{r html}
+wiki %>%
+ read_html -> wiki_html
+```
+
+```{r html do, echo = F}
+wiki_html
+```
+
+---
+
+# Sélecteurs CSS
+
+[W3Schools](https://www.w3schools.com/cssref/css_selectors.asp)
+
+### Selecteurs permettant d'identifier un **nœud** précis dans le **DOM** (Document Object Model) d'une page HTML
+
+### Permet de sélectionner par identifiant, classe, position dans la hiérarchie, position entre élements d'un même niveau, ou relativement entre élements
+
+### Utiliser l'**inspecteur** des outils de développement du navigateur pour identifier les éléments à capturer
+
+---
+
+# Sélecteurs CSS
+
+```{r tables}
+wiki_html %>%
+ html_nodes(".wikitable")
+```
+
+```{r table}
+wiki_html %>%
+ html_node("div + .wikitable")
+```
+
+---
+
+# Extraction d'une table
+
+```{r scrape}
+wiki_html %>%
+ html_node("div + .wikitable") %>%
+ html_table -> wikitable
+```
+
+```{r scrape do, echo = F}
+datatable(wikitable)
+```
+
+---
+
+# Exercices
+
+### Transformer cette table en forme normale
+
+### Extraire la table avec les informations techniques
+
+### Identifier les OS libres fonctionnant avec un microkernel
+
+```{r wiki table}
+# On identifie toutes les tables "wikitable"
+GET("https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_operating_systems") %>%
+ read_html %>%
+ html_nodes(".wikitable") -> wikitables
+
+# On extrait et parse les deux premières tables
+wikitables[[1]] %>% html_table -> table1
+wikitables[[2]] %>% html_table -> table2
+
+# On joint les tables, sélectionne les variables pertinentes et met en œuvre les filtres correspondant à l'énoncé
+inner_join(table1, table2) %>%
+ select(Name, Creator, Cost = `Cost, availability`, License = `Preferred license[g 1]`, Kernel = `Kernel type`) %>%
+ filter(Kernel %>% str_detect("[Mm]icrokernel"),
+ License %in% c("AGPL", "BSD", "GNU GPL, GNU LGPL", "MIT", "MIT, GNU GPL, GNU LGPL, LPL"))
+```
diff --git a/courses/lab03_data/challenge.png b/courses/lab03_data/challenge.png
deleted file mode 100644
index 8c2a013..0000000
Binary files a/courses/lab03_data/challenge.png and /dev/null differ
diff --git a/courses/lab03_webscraping.html b/courses/lab03_webscraping.html
deleted file mode 100644
index bfb9a5a..0000000
--- a/courses/lab03_webscraping.html
+++ /dev/null
@@ -1,277 +0,0 @@
-
-
-
- Web scraping
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
diff --git a/courses/lab03_webscraping.pdf b/courses/lab03_webscraping.pdf
deleted file mode 100644
index 7e69cda..0000000
Binary files a/courses/lab03_webscraping.pdf and /dev/null differ
diff --git a/courses/lab04-projet.Rmd b/courses/lab04-projet.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..8ff1b27
--- /dev/null
+++ b/courses/lab04-projet.Rmd
@@ -0,0 +1,77 @@
+---
+title: "Présentation du projet"
+author: "Antoine Neuraz et Maxime Wack"
+date: "18/11/2020"
+output:
+ xaringan::moon_reader:
+ css: ['default','css/my_style.css']
+ lib_dir: libs
+ seal: false
+ nature:
+ ratio: '4:3'
+ countIncrementalSlides: false
+ self-contained: true
+ beforeInit: "addons/macros.js"
+ highlightLines: true
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.asp= .5)
+library(ggplot2)
+```
+
+class: center, middle, title
+
+# UE Visualisation
+
+### 2020-2021
+
+## Dr. Antoine Neuraz Dr. Maxime Wack
+
+### AHU Informatique médicale
+#### Hôpital Necker-Enfants malades Hôpital Européen Georges Pompidou
+##### Université de Paris
+
+---
+
+# Présentation du projet
+
+### **Trouver** un dataset exposant des données relatives à la pandémie COVID19
+
+### Tenter de répondre à une question à l'aide de visualisations de données
+
+---
+
+# Données
+
+### Vous identifierez une source de données publique ouverte (data.gouv.fr, johns hopkins, etc.)
+
+### Il faudra justifier le choix du dataset (source, contenu, provenance, etc.)
+
+---
+
+# Objectifs
+
+### Produire des visualisations
+
+### Répondant à une question
+
+### En choisissant un des buts suivants de la communication :
+
+- enregistrer l'information
+- analyser
+- communiquer
+
+---
+
+# Conditions
+
+### Production d'au moins **deux** visualisations *différentes*
+
+- Une mettant en évidence une répartition spatiale
+- Une mettant en évidence une relation temporelle
+- Dont au moins une statique et une interactive
+
+### Produire une présentation de 10 min présentant vos visualisations
+
+### Justifier vos choix : de dataset, de design, de représentation, etc
diff --git a/courses/lab03-projet.html b/courses/lab04-projet.html
similarity index 73%
rename from courses/lab03-projet.html
rename to courses/lab04-projet.html
index 6432da2..4ef8bec 100644
--- a/courses/lab03-projet.html
+++ b/courses/lab04-projet.html
@@ -1,9 +1,10 @@
-
+
Présentation du projet
+
@@ -17,7 +18,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Antoine Neuraz </br> Dr. Maxime Wack
@@ -26,48 +27,48 @@ class: center, middle, title
##### Université de Paris
---
-class: center
# Présentation du projet
-## Participer au **NHS Visual Data Challenge**
+### **Trouver** un dataset exposant des données relatives à la pandémie COVID19
-
-
-[nuffieldtrust.org.uk](https://www.nuffieldtrust.org.uk/project/nhs-visual-data-challenge)
+### Tenter de répondre à une question à l'aide de visualisations de données
---
-class: center
# Données
-### Visualisation d'inégalités de santé
-
-### Au moins un dataset indiqué
+### Vous identifierez une source de données publique ouverte (data.gouv.fr, johns hopkins, etc.)
-### Ajout permis de datasets publics
+### Il faudra justifier le choix du dataset (source, contenu, provenance, etc.)
---
-class: center
# Objectifs
-### Produire une visualisation
+### Produire des visualisations
-### Explorant un motif apparaissant dans ces Données
+### Répondant à une question
-### Mettant en évidence des inégalités de santé dans le système anglo-saxon
+### En choisissant un des buts suivants de la communication :
+
+- enregistrer l'information
+- analyser
+- communiquer
---
-class: center
# Conditions
-### Participation en groupe possible
+### Production d'au moins **deux** visualisations *différentes*
+
+- Une mettant en évidence une répartition spatiale
+- Une mettant en évidence une relation temporelle
+- Dont au moins une statique et une interactive
-### **Une** Visualisation
+### Produire une présentation de 10 min présentant vos visualisations
-### Statique ou Dynamique
+### Justifier vos choix : de dataset, de design, de représentation, etc
@@ -117,6 +118,32 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
deleted = true;
});
})();
+(function() {
+ "use strict"
+ // Replace
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
@@ -26,7 +27,7 @@ class: center, middle, title
# UE Visualisation
-### 2019-2020
+### 2020-2021
## Dr. Maxime Wack
@@ -42,7 +43,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -54,7 +55,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -66,7 +67,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -78,7 +79,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -90,7 +91,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -102,7 +103,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -114,7 +115,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -126,7 +127,7 @@ class: center, middle, title
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -134,7 +135,7 @@ class:center
# Projection
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -142,11 +143,11 @@ class:center
# Projection
.pull-left[
-
+
]
.pull-right[
-
+
]
---
@@ -154,16 +155,16 @@ class:center
# Projection
.pull-c1[
-
+
]
.pull-c2[
-
+
]
--
.pull-c3[
-
+
]
---
@@ -184,7 +185,7 @@ class: center
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17502601
-
+
---
class: center
@@ -192,7 +193,7 @@ class: center
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17502601
-
+
---
# Librairies
@@ -230,11 +231,11 @@ graph.star(n = 10, mode = "out")
```r
-read_csv("lab06_data/OMIM.csv") -> OMIM
+read_csv("lab06-data/OMIM.csv") -> OMIM
```
-
-
+
+
---
# Chargement du graphe
@@ -246,9 +247,9 @@ graph.data.frame(OMIM, directed = F) -> graphe
```
-## IGRAPH d3876e8 UN-- 6288 4234 --
+## IGRAPH 1a34d81 UN-- 6288 4234 --
## + attr: name (v/c)
-## + edges from d3876e8 (vertex names):
+## + edges from 1a34d81 (vertex names):
## [1] ADRENAL HYPERPLASIA, CONGENITAL, DUE TO 17-ALPHA-HYDROXYLASE DEFICIENCY--CYP17A1
## [2] 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE X DEFICIENCY --HSD17B10
## [3] 2-METHYLBUTYRYL-CoA DEHYDROGENASE DEFICIENCY --ACADSB
@@ -304,7 +305,7 @@ neighbors(graphe, V(graphe)[2019])
```
```
-## + 1/6288 vertex, named, from d3876e8:
+## + 1/6288 vertex, named, from 1a34d81:
## [1] SLC25A3
```
@@ -333,9 +334,9 @@ HDN
```
```
-## IGRAPH 58fb0bd UNW- 3512 2839 --
+## IGRAPH de908b5 UNW- 3512 2839 --
## + attr: name (v/c), weight (e/n)
-## + edges from 58fb0bd (vertex names):
+## + edges from de908b5 (vertex names):
## [1] 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE X DEFICIENCY--MENTAL RETARDATION, X-LINKED 17
## [2] 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE X DEFICIENCY--MENTAL RETARDATION, X-LINKED, SYNDROMIC 10
## [3] 3-HYDROXYACYL-CoA DEHYDROGENASE DEFICIENCY --HYPERINSULINEMIC HYPOGLYCEMIA, FAMILIAL, 4
@@ -353,9 +354,9 @@ HGN
```
```
-## IGRAPH f5f35d8 UNW- 2776 2810 --
+## IGRAPH 54560af UNW- 2776 2810 --
## + attr: name (v/c), weight (e/n)
-## + edges from f5f35d8 (vertex names):
+## + edges from 54560af (vertex names):
## [1] AKR1C2--AKR1C4 LMNA --MYBPC3 LMNA --ZMPSTE24 GNAS --SSTR5
## [5] GNAS --AIP GNAS --STX16 GNAS --GNASAS1 COL2A1--COL11A2
## [9] FGFR3 --KRAS FGFR3 --HRAS FGFR3 --RB1 FGFR3 --PIK3CA
@@ -408,7 +409,7 @@ diseases %>%
plots[[5]]
```
-<!-- -->
+<!-- -->
---
# Surdités
@@ -417,7 +418,7 @@ plots[[5]]
plots[[9]]
```
-<!-- -->
+<!-- -->
---
# Ostéogénèses imparfaites
@@ -426,7 +427,7 @@ plots[[9]]
plots[[12]]
```
-<!-- -->
+<!-- -->
---
# Export
@@ -485,6 +486,32 @@ if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
deleted = true;
});
})();
+(function() {
+ "use strict"
+ // Replace
-
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