HEGP
/
gitommix
1
0
Fork 0
Code Issues 0 Pull Requests 0 Releases 0 Wiki Activity
Browse Source

Fix tests

master
Maxime Wack 3 months ago
parent
d83b310735
commit
6479829b71
6 changed files with 129 additions and 57 deletions
Split View
Diff Options
Show Stats Download Patch File Download Diff File
  1. +1
    -0
      tests/HPV.test
  2. +21
    -21
      tests/complex.test
  3. +68
    -0
      tests/operations.test
  4. +15
    -14
      tests/simple.test
  5. +9
    -8
      tests/simple_complete.test
  6. +15
    -14
      tests/simple_large.test

+ 1
- 0
tests/HPV.test View File

@@ -1,4 +1,5 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=HPV
export DEBUG=verbose


+ 21
- 21
tests/complex.test View File

@@ -1,8 +1,8 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=complex
export DEBUG=verbose
export TEST_OMMIX=1

mkdir -p "tests/$PATIENT"
cd "tests/$PATIENT"
@@ -19,30 +19,30 @@ echo "Malignant bone cells" > result_b3

rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf

../../git-ommix add patient --id $PATIENT
git-ommix add patient --id $PATIENT

../../git-ommix add sample --id b1
../../git-ommix add data -s b1 --id b1 data_b1
../../git-ommix add result -s b1 --use b1 --id b1 result_b1
../../git-ommix add diagnosis --use b1 --id GastricT2
git-ommix add sample --id b1
git-ommix add data -s b1 --id b1 data_b1
git-ommix add result -s b1 --use b1 --id b1 result_b1
git-ommix add diagnosis --use b1 --id GastricT2

../../git-ommix add sample --id b2
../../git-ommix add data -s b2 --id b2 data_b2
../../git-ommix add result -s b2 --use b2 --id b2 result_b2
../../git-ommix add diagnosis --use b2 --id LungT1
git-ommix add sample --id b2
git-ommix add data -s b2 --id b2 data_b2
git-ommix add result -s b2 --use b2 --id b2 result_b2
git-ommix add diagnosis --use b2 --id LungT1

../../git-ommix add sample --id b3
../../git-ommix add data -s b3 --id b3 data_b3
../../git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3 result_b3
../../git-ommix add diagnosis --use b3 --id BoneT1
git-ommix add sample --id b3
git-ommix add data -s b3 --id b3 data_b3
git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3 result_b3
git-ommix add diagnosis --use b3 --id BoneT1

../../git-ommix add sample --id blood
../../git-ommix add data -s blood --id blood data_blood
../../git-ommix add result -s blood --use blood --id blood --method ddPCR result_blood
../../git-ommix add diagnosis --revision_of LungT1 --use blood --id LungT1N1
../../git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2 --use blood --id GastricT2N1
git-ommix add sample --id blood
git-ommix add data -s blood --id blood data_blood
git-ommix add result -s blood --use blood --id blood --method ddPCR result_blood
git-ommix add diagnosis --revision_of LungT1 --use blood --id LungT1N1
git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2 --use blood --id GastricT2N1

echo "Markers compatible with malignant gastric cells circulating DNA" > result_b3
../../git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3_ctDNA result_b3
git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3_ctDNA result_b3

../../git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2N1 --use b3_ctDNA --use BoneT1 --invalidate BoneT1 --id GastricT2N1M1
git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2N1 --use b3_ctDNA --use BoneT1 --invalidate BoneT1 --id GastricT2N1M1

+ 68
- 0
tests/operations.test View File

@@ -0,0 +1,68 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=operations
export DEBUG=verbose

mkdir -p "tests/$PATIENT"
cd "tests/$PATIENT"

rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf

git-ommix add patient --id $PATIENT

export SAMPLE=simple
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --id $SAMPLE

export SAMPLE=more
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
echo $SAMPLE"2" > $SAMPLE"2"
git-ommix add data --id $SAMPLE"2" $SAMPLE"2"
git-ommix add result --use $SAMPLE"2" --id $SAMPLE"2" $SAMPLE"2"
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --use $SAMPLE"2" --id $SAMPLE

export SAMPLE=update
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
echo $SAMPLE"2" > $SAMPLE"2"
git-ommix add result --use $SAMPLE --revision_of $SAMPLE --invalidate $SAMPLE --method new_analysis --id $SAMPLE"2" $SAMPLE"2"
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE"2" --id $SAMPLE

export SAMPLE=original
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --id $SAMPLE

export SAMPLE=updated
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --revision_of original --invalidate original --method updated_interpretation --id $SAMPLE

export SAMPLE=first
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --id $SAMPLE

export SAMPLE=second
echo "$SAMPLE" > $SAMPLE
git-ommix add sample --id $SAMPLE
git-ommix add data --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add result --use $SAMPLE --id $SAMPLE $SAMPLE
git-ommix add diagnosis --use $SAMPLE --id $SAMPLE

git-ommix add diagnosis --use diagnosis:first --use diagnosis:second --id combined

+ 15
- 14
tests/simple.test View File

@@ -1,4 +1,5 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=simple
export DEBUG=verbose
@@ -15,24 +16,24 @@ echo "C" > result_c

rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf

../../git-ommix add patient --id $PATIENT
git-ommix add patient --id $PATIENT

../../git-ommix add sample --id s_a
../../git-ommix add sample --id s_b
../../git-ommix add sample --id s_c
git-ommix add sample --id s_a
git-ommix add sample --id s_b
git-ommix add sample --id s_c

../../git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
../../git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
../../git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c
git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c

../../git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a
../../git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b
../../git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c
git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a
git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b
git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c

echo "a2" > data_a
echo "A2" > result_a
../../git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
../../git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a
git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a

../../git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
../../git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b
git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b

+ 9
- 8
tests/simple_complete.test View File

@@ -1,4 +1,5 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=simple_complete
export DEBUG=verbose
@@ -11,18 +12,18 @@ echo "A" > result

rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf

../../git-ommix add patient --id $PATIENT
git-ommix add patient --id $PATIENT

../../git-ommix add sample --id sample
git-ommix add sample --id sample

../../git-ommix add data -s sample --id data data
git-ommix add data -s sample --id data data

../../git-ommix add result -s sample --use data --id result result --provider "Bioinformatician <bioinf@hospital>" --method "Bioinformatics"
git-ommix add result -s sample --use data --id result result --provider "Bioinformatician <bioinf@hospital>" --method "Bioinformatics"

echo "a2" > data
echo "A2" > result
../../git-ommix add data -s sample --revision_of data --id data2 data
../../git-ommix add result -s sample --revision_of result --invalidate result --use data2 --id result2 result
git-ommix add data -s sample --revision_of data --id data2 data
git-ommix add result -s sample --revision_of result --invalidate result --use data2 --id result2 result

../../git-ommix add diagnosis --use result --id diag
../../git-ommix add diagnosis --revision_of diag --use result2 --id diag2 --provider "MD <md@hospital>" --method "Clinical_acumen"
git-ommix add diagnosis --use result --id diag
git-ommix add diagnosis --revision_of diag --use result2 --id diag2 --provider "MD <md@hospital>" --method "Clinical_acumen"

+ 15
- 14
tests/simple_large.test View File

@@ -1,4 +1,5 @@
#!/bin/env bash
set -e

export PATIENT=simple_large
export DEBUG=verbose
@@ -16,25 +17,25 @@ echo "C" > result_c

rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf

../../git-ommix add patient --id $PATIENT
git-ommix add patient --id $PATIENT

../../git-ommix add sample --id s_a
../../git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
../../git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a
git-ommix add sample --id s_a
git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a

../../git-ommix add sample --id s_b
../../git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
../../git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b
git-ommix add sample --id s_b
git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b

../../git-ommix add sample --id s_c
../../git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c
../../git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c
git-ommix add sample --id s_c
git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c
git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c

base64 /dev/urandom | head -c 10MiB > data_a
echo "A2" > result_a

../../git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
../../git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a
git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a

../../git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
../../git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b
git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b

Write Preview
Loading…
Cancel
Save