Fix tests

tests/complex.test

@@ -2,7 +2,6 @@
 
 export PATIENT=complex
 export DEBUG=verbose
-export TEST_OMMIX=1
 
 mkdir -p "tests/$PATIENT"
 cd "tests/$PATIENT"
@@ -19,30 +18,30 @@ echo "Malignant bone cells" > result_b3
 
 rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf
 
-../../git-ommix add patient --id $PATIENT
+git-ommix add patient --id $PATIENT
 
-../../git-ommix add sample --id b1
-../../git-ommix add data -s b1 --id b1 data_b1
-../../git-ommix add result -s b1 --use b1 --id b1 result_b1
-../../git-ommix add diagnosis --use b1 --id GastricT2
+git-ommix add sample --id b1
+git-ommix add data -s b1 --id b1 data_b1
+git-ommix add result -s b1 --use b1 --id b1 result_b1
+git-ommix add diagnosis --use b1 --id GastricT2
 
-../../git-ommix add sample --id b2
-../../git-ommix add data -s b2 --id b2 data_b2
-../../git-ommix add result -s b2 --use b2 --id b2 result_b2
-../../git-ommix add diagnosis --use b2 --id LungT1
+git-ommix add sample --id b2
+git-ommix add data -s b2 --id b2 data_b2
+git-ommix add result -s b2 --use b2 --id b2 result_b2
+git-ommix add diagnosis --use b2 --id LungT1
 
-../../git-ommix add sample --id b3
-../../git-ommix add data -s b3 --id b3 data_b3
-../../git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3 result_b3
-../../git-ommix add diagnosis --use b3 --id BoneT1
+git-ommix add sample --id b3
+git-ommix add data -s b3 --id b3 data_b3
+git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3 result_b3
+git-ommix add diagnosis --use b3 --id BoneT1
 
-../../git-ommix add sample --id blood
-../../git-ommix add data -s blood --id blood data_blood
-../../git-ommix add result -s blood --use blood --id blood --method ddPCR result_blood
-../../git-ommix add diagnosis --revision_of LungT1 --use blood --id LungT1N1
-../../git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2 --use blood --id GastricT2N1
+git-ommix add sample --id blood
+git-ommix add data -s blood --id blood data_blood
+git-ommix add result -s blood --use blood --id blood --method ddPCR result_blood
+git-ommix add diagnosis --revision_of LungT1 --use blood --id LungT1N1
+git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2 --use blood --id GastricT2N1
 
 echo "Markers compatible with malignant gastric cells circulating DNA" > result_b3
-../../git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3_ctDNA result_b3
+git-ommix add result -s b3 --use b3 --id b3_ctDNA result_b3
 
-../../git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2N1 --use b3_ctDNA --use BoneT1 --invalidate BoneT1 --id GastricT2N1M1
+git-ommix add diagnosis --revision_of GastricT2N1 --use b3_ctDNA --use BoneT1 --invalidate BoneT1 --id GastricT2N1M1

tests/simple.test

@@ -15,24 +15,24 @@ echo "C" > result_c
 
 rm ~/GitOmmix/$PATIENT -rf
 
-../../git-ommix add patient --id $PATIENT
+git-ommix add patient --id $PATIENT
 
-../../git-ommix add sample --id s_a
-../../git-ommix add sample --id s_b
-../../git-ommix add sample --id s_c
+git-ommix add sample --id s_a
+git-ommix add sample --id s_b
+git-ommix add sample --id s_c
 
-../../git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
-../../git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
-../../git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c
+git-ommix add data -s s_a --id d_a data_a
+git-ommix add data -s s_b --id d_b data_b
+git-ommix add data -s s_c --id d_c data_c
 
-../../git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a
-../../git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b
-../../git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c
+git-ommix add result -s s_a --use d_a --id r_a result_a
+git-ommix add result -s s_b --use d_b --id r_b result_b
+git-ommix add result -s s_c --use d_c --id r_c result_c
 
 echo "a2" > data_a
 echo "A2" > result_a
-../../git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
-../../git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a
+git-ommix add data -s s_a --revision_of d_a --id d_a2 data_a
+git-ommix add result -s s_a --revision_of r_a --invalidate r_a --use d_a2 --id r_a2 result_a
 
-../../git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
-../../git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b
+git-ommix add diagnosis --use r_a2 --use r_b --id diag1
+git-ommix add diagnosis --revision_of diag1 --use r_c --id diag1b