M2IBM-i2b2/TD.org

#+TITLE: TD i2b2
#+author: Maxime Wack et Anne-Sophie Jannot
#+date: 24 novembre 2020

* Installation

** Télécharger la VM, le guide d'installation, et les core docs

https://www.i2b2.org/software/index.html

** Télécharger VMware Player

https://www.vmware.com/products/workstation-player.html

** Virtualbox

Il est également possible de lire la vm vmware avec virtualbox
Il faut cependant créer un réseau virtuel pour avoir accès aux IP internes

*** Créer un réseau NATé

File -> Host Network Manager
Créer un nouveau réseau
Ajouter l'interface à la VM dans les options réseau

* Lancement

Charger la vm i2b2 dans VMware Workstation Player
Suivre les instructions pour l'accès à l'interface web en mode /demo/ et /admin/.

* Connexion via SSH

Se connecter à la machine via SSH

~ssh root@192.168.xxx.xxx~

Password = =demouser=

* Installer rsync

Installer =rsync= pour transférer des fichiers entre l'hôte et la VM.

~yum install rsync~

* Utilisateur postgres

Changer d'utilisateur pour l'utilisateur =postgres=

~su postgres~

* PostgreSQL

Lancer le client PostgreSQL

~psql~

* Interroger PostgreSQL
** Aide

- Aide générale : =help=
- Aide psql : =\?=
- Aide postgresql : =\h=

** Lister les éléments

- Liste bdd : =\l=
- Connecter à une bdd : =\c /db/=

- Liste tables : =\dt=
- Liste rôles : =\dg=

** SQL

~SELECT <*> <var1, var2> <var AS variable> <aggregation(variable)>~\\
~FROM <table> <table1 AS table> <(select …) AS table>~\\
~WHERE <var op val> <var = 'val'> <var LIKE '%partie%'>~\\
~GROUP BY <variable>~

*op* : =, >, LIKE, …d

https://www.postgresql.org/docs/9.0/functions.html

*aggregation* : avg, min, max, …

https://www.postgresql.org/docs/9.0/functions-aggregate.html

* Interrogations
** Patients

- Nombre de patients ?
- Répartition par sexe ?
- Par revenu ?
- Distribution des âges ?
- Nombre de patients décédés ?

** Visites

- Nombre de visites ?
- Nombre de visites par patient ?
- Statut actif ? (+ signification ?)
- Inout ?
- Durée moyenne de séjour des patients ?

** Providers

- Nombre de providers ?
- Nombre de services ?
- Nombre de providers par service ?

** Concepts

- Nombre de /schemes/ ?
- Nombre de concepts par /scheme/ ?
- Interroger =i2b2metadata=
- Étudier la structure de la table =i2b2= (notamment les bios)

** Observations

- Nombre d'observations ?
- Par visite ?
- Par patient ?
- Tous les patients/visites ont-ils des observations ?

** Requêtes croisées

- Nombre de patients masculins avec une néoplasie ?
- Descriptif de cette population ?
- Nombre de ces patients avec une CRP >= 3mg/l ?

* Import/export

Copie entre bdd et fichiers.

~COPY (…) FROM/TO~

https://www.postgresql.org/docs/9.2/sql-copy.html