2.7KB
- Installation
- Lancement
- Connexion via SSH
- Installer rsync
- Utilisateur postgres
- PostgreSQL
- Interroger PostgreSQL
- Interrogations
- Import/export
Installation
Télécharger la VM, le guide d'installation, et les core docs
https://www.i2b2.org/software/index.html
Télécharger VMware Player
https://www.vmware.com/products/workstation-player.html
Virtualbox
Il est également possible de lire la vm vmware avec virtualbox Il faut cependant créer un réseau virtuel pour avoir accès aux IP internes
Créer un réseau NATé
File -> Host Network Manager Créer un nouveau réseau Ajouter l'interface à la VM dans les options réseau
Lancement
Charger la vm i2b2 dans VMware Workstation Player Suivre les instructions pour l'accès à l'interface web en mode demo et admin.
Connexion via SSH
Se connecter à la machine via SSH
ssh root@192.168.xxx.xxx
Password = demouser
Installer rsync
Installer rsync pour transférer des fichiers entre l'hôte et la VM.
yum install rsync
Utilisateur postgres
Changer d'utilisateur pour l'utilisateur postgres
su postgres
PostgreSQL
Lancer le client PostgreSQL
psql
Interroger PostgreSQL
Aide
-
Aide générale :
help -
Aide psql :
\? -
Aide postgresql :
\h
Lister les éléments
-
Liste bdd :
\l -
Connecter à une bdd :
\c /db/ -
Liste tables :
\dt -
Liste rôles :
\dg
SQL
~SELECT <*> <var1, var2> <var AS variable> <aggregation(variable)>~
~FROM <table> <table1 AS table> <(select …) AS table>~
WHERE <var op val> <var = 'val'> <var LIKE '%partie%'>~\\
~GROUP BY <variable>
op : =, >, LIKE, …d
https://www.postgresql.org/docs/9.0/functions.html
aggregation : avg, min, max, …
https://www.postgresql.org/docs/9.0/functions-aggregate.html
Interrogations
Patients
-
Nombre de patients ?
-
Répartition par sexe ?
-
Par revenu ?
-
Distribution des âges ?
-
Nombre de patients décédés ?
Visites
-
Nombre de visites ?
-
Nombre de visites par patient ?
-
Statut actif ? (+ signification ?)
-
Inout ?
-
Durée moyenne de séjour des patients ?
Providers
-
Nombre de providers ?
-
Nombre de services ?
-
Nombre de providers par service ?
Concepts
-
Nombre de schemes ?
-
Nombre de concepts par scheme ?
-
Interroger
i2b2metadata -
Étudier la structure de la table
i2b2(notamment les bios)
Observations
-
Nombre d'observations ?
-
Par visite ?
-
Par patient ?
-
Tous les patients/visites ont-ils des observations ?
Requêtes croisées
-
Nombre de patients masculins avec une néoplasie ?
-
Descriptif de cette population ?
-
Nombre de ces patients avec une CRP >= 3mg/l ?
Import/export
Copie entre bdd et fichiers.
COPY (…) FROM/TO