Retrait des fichiers de script et de données

donnees.R

@@ -1,136 +0,0 @@
-source("functionsOvalide.R")
-library(lubridate)
-library(RMySQL)
-
-# Récupération des arguments pour utilisation non interactive ----
-arguments <- commandArgs()
-if (length(arguments) != 13)
-{
-  print ("Usage : donnees.sh CHUuser CHUpass ATIHuser ATIHpass LivenneUser LivennePass annee mois")
-  quit()
-} else
-{
-  CHUuser <- arguments[6]
-  CHUpass <- arguments[7]
-  ATIHuser <- arguments[8]
-  ATIHpass <- arguments[9]
-  user <- arguments[10]
-  password <- arguments[11]
-  annee <- as.numeric(arguments[12])
-  mois <- as.numeric(arguments[13])
-}
-
-# Récupération des fichiers ePMSI ----
-print("1/9 - Connexion à ePMSI")
-connectOvalide(CHUuser, CHUpass, ATIHuser, ATIHpass)
-print(str_c("2/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee, sep = " "))
-getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee, mois)
-print(str_c("3/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee - 1, sep = " "))
-getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee - 1, mois)
-
-# Extraction des données des fichiers ePMSI ----
-print("4/9 - Extraction des tableaux ePMSI")
-read.csv2("listOvalide.csv") %>%
-{
-  apply(., 1, . %>%
-  {
-    df <- extractOvalide(annee, mois, .[2], .[3])
-    names(df) <- LETTERS[1:length(df)]
-    df
-  }) ->> Ovalide
-  names(Ovalide) <<- .$name
-
-  apply(., 1, . %>%
-  {
-    df <- extractOvalide(annee - 1, mois, .[2], .[3])
-    names(df) <- LETTERS[1:length(df)]
-    df
-  }) ->> OvalideP
-  names(OvalideP) <<- .$name
-}
-
-# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU ----
-if (annee == 2016)
-{
-  load("Ovalide.Rdata")
-  OvalideP <- CCEGCHU2015[[str_c("mois", mois, sep = "")]]
-  rm("CCEGCHU2015")
-}
-
-# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées. ----
-unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee, mois, "html", sep = "."))
-unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee - 1, mois, "html", sep = "."))
-
-# RUM + structure + calcul durée de séjour ----
-print("5/9 - LIVENNE : RUM et structure")
-src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
-  tbl(sql("SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix116
-          UNION
-          SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix117")) %>%
-  collect(n = Inf) %>%
-  mutate(date_entree = date_entree %>% as.Date,
-         date_sortie = date_sortie %>% as.Date) %>%
-  left_join(src_mysql("pmsi_dim_nom", "localhost", user = user, password = password) %>%
-            tbl("structure") %>%
-            filter(um != "") %>%
-            select(uf_date_ferm, um, service_libelle, pole_libelle) %>%
-            arrange(um, uf_date_ferm) %>%
-            distinct %>%
-            collect(n = Inf) %>%
-            add_rownames(var = "dummy") %>% # Dédoublonnage : 1 um -> 1 couple libellés
-            group_by(um) %>%
-              filter(dummy == last(dummy)) %>%
-              select(-dummy, -uf_date_ferm) %>%
-            ungroup) %>%
-  mutate(idrss = ifelse(finess == "540000031", str_c("m", idrss), idrss)) %>% # maternité
-  mutate(idrss = ifelse(finess == "540020112", str_c("c", idrss), idrss)) %>% # CCEG
-  mutate(idhosp = idhosp %>% str_replace_all(" ", "")) %>%
-  mutate(duree_rum = date_sortie - date_entree) %>% # durée rum
-  left_join(group_by(., idrss) %>%
-            summarise(duree_rss = sum(duree_rum))) -> rum
-
-# CLOS14 Hémato ----
-rum %<>%
-  mutate(pole_libelle = ifelse(pole_libelle == "CLOS14 HEMATOLOGIE", "SPECIALITES MEDICALES", pole_libelle),
-         service_libelle = ifelse(service_libelle == "CLOS14 HEMATO.S.INTENSIFS", "SERVICE HEMATOLOGIE", service_libelle))
-
-# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs ----
-print("6/9 - Création des RSS")
-rum %>%
-  group_by(idrss) %>%
-  filter(idrum == max(idrum)) %>%
-  ungroup %>%
-  mutate(annee_sortie = year(date_sortie),
-         mois_sortie = month(date_sortie)) %>%
-  filter(annee_sortie > annee - 3) -> rss
-
-# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS ----
-print("7/9 - Sélection des RUMs")
-rum %<>%
-  right_join(rss %>% select(idrss, annee_sortie, mois_sortie))
-
-# Exhaustivité ----
-print("8/9 - Exhaustivité")
-exhau_pims <- read_csv("exhau_pims.csv")
-names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie", "Duree", "RSS")
-
-exhau_pims %<>%
-  mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>%
-  filter(month(Sortie) <= mois)
-
-dbConnect(MySQL(), host = "localhost", dbname = "pmsi_dim", user = user, password = password) %>%
-  dbWriteTable("exhaustivite", data.frame(annee = annee, mois = mois, nb_rss_tot = exhau_pims %>% distinct(RSS, .keep_all = T) %>% nrow, nb_rss_manq = exhau_pims %>% filter(is.na(DP)) %>% distinct(RSS) %>% nrow), row.names = F, append = T)
-
-an <- annee
-
-src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
-  tbl("exhaustivite") %>%
-  collect(n = Inf) %>%
-  filter(annee == an) %>%
-  full_join(data.frame(mois = 1:12), by = "mois") %>%
-  select(annee, mois, rss = nb_rss_tot, manq = nb_rss_manq) -> exhau
-
-# Écriture des données ----
-print("9/9 - Écriture des données")
-
-save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, exhau, exhau_pims, file = "donnees.Rdata")

donnees.sh

@@ -1,4 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-R --vanilla --quiet --slave --args $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7 $8 < donnees.R
-

render.sh

@@ -1,2 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-R --vanilla -e 'rmarkdown::render("cloture.Rmd")'