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@@ -2,23 +2,23 @@
 
 ## Installation
 
-Les scripts ont été développés sous R version 3.2.3, à l'aide des packages suivants :
+Les scripts ont été développés sous R version 3.3.1, à l'aide des packages suivants :
 
 * Versions stables (CRAN)
-  * tidyr 0.4.1
+  * tidyr 0.5.1
   * ggplot2 2.1.0
   * lubridate 1.5.6
-  * rvest 0.3.1
+  * rvest 0.3.2
   * stringr 1.0.0
   * readr 0.2.2
   * magrittr 1.5
-  * dplyr 0.4.3.9001
+  * dplyr 0.5.0
+  * knitr 1.13
+  * rmarkdown 1.0
+  * htmlwidgets 0.7
 
 * Versions de développement (github)
-  * DT 0.1.45
-  * knitr 1.13
-  * rmarkdown 0.9.6
-  * htmlwidgets 0.6.1
+  * DT 0.1.57
 
 Ces paquets sont installés au niveau système pour tous les utilisateurs livenne.
 
@@ -28,21 +28,22 @@ La génération du rapport est séparée en deux parties :
 * l'acquisition et le pré-traitement des données
 * la génération du rapport en lui-même
 
-Il convient pour le moment d'**archiver** le rapport précédent dans le sous-répertoire *archives*, avant de générer un nouveau rapport !
-
 ### Acquisition des données
 
-Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **Exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ";") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script.
+Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ";") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script.
 
-Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH). Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants :
+Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL (tables fix116, fix117, mvt_gam et structure) sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH, exhaustivité WebBIMS dans le fichier **exhau_pims.csv**, tableaux ePMSI CCEG+CHU de 2015 pré-assemblés dans le fichier **Ovalide.Rdata** (nécessaires uniquement pour les bilans de 2016).
+Les tableaux ePMSI sont archivés dans le dossier **ePMSI**.
+
+Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants :
 * nom d'utilisateur de session CHU
 * mot de passe de session CHU (pour passer à travers le proxy)
 
 * nom d'utilisateur ePMSI
-* mot de passe ePMSI
+* mot de passe ePMSI (pour télécharger les tableaux depuis ePMSI)
 
 * nom d'utilisateur MySQL livenne
-* mot de passe MySQL livenne
+* mot de passe MySQL livenne (pour interroger la base de données)
 
 * annee de la clôture
 * mois de la clôture
@@ -50,18 +51,18 @@ Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autr
 Un appel incorrect au script rappelle les paramètres de ligne de commande à utiliser.
 Les noms d'utilisateurs/mots de passe contenant des caractères spéciaux (autres qu'alphanumériques) doivent être entourés de guillemets.
 
-Le script **donnees.R** utilise le fichier **Ovalide.Rdata** contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier **exhau.Rdata** pour sauvegarder les données d'exhaustivité depuis le début de l'année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d'années.
+Le script **donnees.R** utilise le fichier **Ovalide.Rdata** contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier **exhau.Rdata** pour sauvegarder les données d'exhaustivité depuis le début de l'année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d'année.
 
 Les données récupérées et pré-traitées son enregistrées dans le fichier **donnees.Rdata** pour l'utilisation par le script de génération du rapport.
 
+Le fichier **gam.csv** est généré. Il contient les séjours présents dans la base de mouvements (GAM), mais qui n'ont ni été envoyés à l'ATIH, ni sont connus comme étant non exhaustifs dans WebPIMS. Il s'agit principalement d'erreurs de la base GAM (annulations, transformations) à corriger.
+
 ### Génération du rapport
 
 Le script **render.sh** appelle la commande *render* de Rmarkdown pour générer le rapport de clôture **cloture.html** à partir du fichier **cloture.Rmd**.
 Celui-ci génère les différents tableaux et figures à la volée à partir des données pré-traitées fournies par **donnees.R** dans le fichier **donnees.Rdata**.
 
-Le fichier **cloture.html** généré est automatiquement utilisé par Joomla pour servir la page web.
-
-À l'heure de l'écriture de ce script, certains packages sont utilisés dans leur version de dévelopemment pour profiter de certaines fonctionnalités :
+Le fichier **cloture.html** généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire au-dessus dans l'arborescence (/var/www/html/cloture).
+Ce fichier doit également être copié dans le répertoire **archive** sous la forme **cloture*ANNEE_MOIS*.html** pour archivage.
 
-* DT : format numérique complexe à l'aide de *formatCurrency*
-* knitr, rmarkdown, htmlwidgets : mise en forme avec *tabs* et *collapsibles* bootstrap automatique, et gestion des *widgets* cachés à l'affichage de la page.
+!(README.svg)