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Boutons d'export sur les tables
Filtres sur exhaustivité par pole et service
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Maxime Wack 7 years ago
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@@ -1,3 +1,11 @@
---
title: Bilan de clôture
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
---

```{r init, echo = F, message = F}
library(DT)
library(ggplot2)
@@ -8,14 +16,15 @@ library(dplyr)

opts_chunk$set(echo = F,
message = F,
error = F,
warning = F,
fig.width = 12,
fig.height = 7)

options(DT.options = list(paging = F,
searching = F,
info = ""))
info = F,
dom = "Bfrtip",
buttons = c("copy", "excel")))
```

```{r data}
@@ -43,12 +52,9 @@ sprintf("%02.f", mois) %>%

```

# {.tabset}

## Production
# Production

### <a href="#tab1" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre total de RUM et de RSS transmis</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab1}
## Nombre total de RUM et de RSS transmis
```{r tab1}
rum %>%
filter(annee_sortie == annee) %>%
@@ -58,11 +64,11 @@ rum %>%
tally) %>%

datatable(rownames = c("RUM", "RSS"),
extensions = "Buttons",
colnames = c("Type de résumé", "Nombre produit"))
```

### <a href="#tab2a" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RUM transmis par mois pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab2a}
## Nombre de RUM transmis par mois pour les 3 dernières années
```{r tab2a}
rum %>%
count(annee_sortie, mois_sortie) %>%
@@ -77,7 +83,8 @@ rum %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%
select(-mois_sortie) %>%

datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12"),
extensions = "Buttons") %>%
formatPercentage(c(4,5), digits = 2)
```
```{r fig2a}
@@ -101,8 +108,7 @@ rum %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

### <a href="#tab2b" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS transmis par mois pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab2b}
## Nombre de RSS transmis par mois pour les 3 dernières années
```{r tab2b}
rss %>%
count(annee_sortie, mois_sortie) %>%
@@ -117,7 +123,8 @@ rss %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%
select(-mois_sortie) %>%

datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12"),
extensions = "Buttons") %>%
formatPercentage(c(4,5), digits = 2)
```
```{r fig2b}
@@ -141,8 +148,7 @@ rss %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

#### <a href="#tab3a" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS de 1 jour et plus transmis par mois pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #tab3a}
### Nombre de RSS de 1 jour et plus transmis par mois pour les 3 dernières années
```{r tab3a}
rss %>%
filter(duree_rss >= 1) %>%
@@ -158,7 +164,7 @@ rss %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%
select(-mois_sortie) %>%

datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
datatable(extensions = "Buttons", rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
formatPercentage(c(4,5), digits = 2)
```
```{r fig3a}
@@ -183,8 +189,7 @@ rss %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

#### <a href="#tab3b" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS de 0 jour (hors séances) transmis par mois pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #tab3b}
### Nombre de RSS de 0 jour (hors séances) transmis par mois pour les 3 dernières années
```{r tab3b}
rss %>%
filter(duree_rss == 0, cmd != 28) %>%
@@ -202,7 +207,7 @@ rss %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%
select(-mois_sortie) %>%

datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
datatable(extensions = "Buttons", rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
formatPercentage(c(4,5), digits = 2)
```
```{r fig3b}
@@ -227,8 +232,7 @@ rss %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

#### <a href="#tab3c" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS de séance transmis par mois pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #tab3c}
### Nombre de RSS de séance transmis par mois pour les 3 dernières années
```{r tab3c}
rss %>%
filter(duree_rss == 0, cmd == 28) %>%
@@ -244,7 +248,7 @@ rss %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%
select(-mois_sortie) %>%

datatable(rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
datatable(extensions = "Buttons", rownames = c(mois_label, "Total clôture", "Total M12")) %>%
formatPercentage(c(4,5), digits = 2)
```
```{r fig3c}
@@ -269,8 +273,7 @@ rss %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

### <a href="#tab4" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RUM transmis par pôle pour les 3 dernières années</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #tab4}
## Nombre de RUM transmis par pôle pour les 3 dernières années
```{r tab4}
rum %>%
filter(mois_sortie <= mois) %>%
@@ -284,7 +287,7 @@ rum %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 2,"`)/`", annee - 2,"`"), str_c(annee, "-", annee - 2))) %>%
mutate_(.dots = setNames(str_c("(`",annee,"`-`", annee - 1,"`)/`", annee - 1,"`"), str_c(annee, "-", annee - 1))) %>%

datatable(colnames = c("Pôle" = 1), rownames = F) %>%
datatable(extensions = "Buttons", colnames = c("Pôle" = 1), rownames = F) %>%
formatPercentage(c(5,6), digits = 2)
```
```{r fig4}
@@ -309,12 +312,11 @@ rum %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

## Exhaustivité
# Exhaustivité

### Exhaustivité des RSS en fonction du mois et de l'année de clôture
## Exhaustivité des RSS en fonction du mois et de l'année de clôture

#### <a href="#tab5" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS produits et transmis, et taux d'exhaustivité : historique des clôtures de l'année</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #tab5}
### Nombre de RSS produits et transmis, et taux d'exhaustivité : historique des clôtures de l'année
```{r tab5}
exhau %>%
mutate(rss_prod = rss + manq,
@@ -322,13 +324,13 @@ exhau %>%
select(rss_prod, rss, exh) %>%

datatable(colnames = c("Clôture", "Total RSS produits", "Nombre de RSS transmis", "Taux d'exhaustivité RSS (%)"),
extensions = "Buttons",
rownames = mois_label) %>%
formatPercentage(3, digits = 2)

```

#### <a href="#fig5a" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Taux d'exhaustivité selon le mois clôturé de l'année courante</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #fig5a}
### Taux d'exhaustivité selon le mois clôturé de l'année courante
```{r fig5a}
exhau %>%
mutate(rss_prod = rss + manq,
@@ -347,12 +349,11 @@ exhau %>%

```

### Exhaustivité mensuelle de la clôture
## Exhaustivité mensuelle de la clôture

*L'exhaustivité est calculée à partir de la base GAM*

#### <a href="#fig7" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Taux d'exhaustivité des RSS pour la clôture actuelle selon le mois de sortie du RSS</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #fig7}
### Taux d'exhaustivité des RSS pour la clôture actuelle selon le mois de sortie du RSS
```{r fig7}
rss %>%
filter(annee_sortie == annee) %>%
@@ -377,8 +378,7 @@ rss %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

#### <a href="#fig8" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de RSS manquants pour la clôture actuelle selon le mois de sortie du RSS</a> {.panel .panel-default}
##### {.panel-body .collapse #fig8}
### Nombre de RSS manquants pour la clôture actuelle selon le mois de sortie du RSS
```{r fig8}
gam %>%
count(mois_sortie) %>%
@@ -398,8 +398,7 @@ gam %>%
plot.title = element_text(hjust = 0))
```

### <a href="#tab9" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Exhaustivité par pôle et par service</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab9}
## Exhaustivité par pôle et par service
```{r tab9}
#rss %>%
# filter(annee_sortie == annee) %>%
@@ -420,6 +419,7 @@ gam %>%
# mutate(service_libelle = ifelse(is.na(service_libelle), "TOTAL", service_libelle)) %>%
#
# datatable(colnames = c("Pôle", "Service de responsabilité", "RSS produits", "RSS manquants", "Exhaustivité"),
# extensions = "Buttons",
# rownames = F) %>%
# formatPercentage(5, digits = 2)
exhau_pims %>%
@@ -468,23 +468,28 @@ bind_rows(
summarise(Rumrss = n())
)
) %>%
ungroup %>%
arrange(Pole, Service) %>%
select(Pole, Service, Manquants, Rumrss, Prod) %>%
mutate(Service = ifelse(is.na(Service), "TOTAL", Service),
Exh_rum = (Prod - Manquants) / Prod,
Exh_rumrss = (Prod - Rumrss) / Prod,
Exh_rum = ifelse(is.na(Exh_rum), 1, Exh_rum),
Pole = Pole %>% factor,
Exh_rumrss = ifelse(is.na(Exh_rumrss), 1, Exh_rumrss)) %>%

datatable(colnames = c("Pôle", "Service", "RUM manquants", "RUM dans RSS manquant", "Production RUM", "Exhaustivité RUM", "Exhaustivité RUM-RSS"),
rownames = F) %>%
extensions = "Buttons",
rownames = F,
filter = "top",
options = list(searching = T,
paging = T)) %>%
formatPercentage(c(6,7), digits = 2)
```

## Valorisation
# Valorisation

### <a href="#tab10" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre et valorisation des RSA transmis, traités et valorisés</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab10}
## Nombre et valorisation des RSA transmis, traités et valorisés
```{r tab10}
Ovalide$SVA %>%
full_join(OvalideP$SVA, by = "A") %>%
@@ -492,6 +497,7 @@ Ovalide$SVA %>%
E = (C.x - C.y) / C.y) %>%

datatable(rownames = F,
extensions = "Buttons",
escape = F,
container = htmltools::withTags(table(class = 'display',
thead(tr(th(rowspan = 2, "RSA"),
@@ -511,8 +517,7 @@ Ovalide$SVA %>%
```
*Données issues des tableaux OVALIDE [1.V.1.SV] A de `r periode`*

### <a href="#tab11" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Valorisation des RSA non pris en charge par l'Assurance Maladie</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab11}
## Valorisation des RSA non pris en charge par l'Assurance Maladie
```{r tab11}
Ovalide$VSS %>% select(1:3) %>%
full_join(OvalideP$VSS %>% select(1:3), by = "A") %>%
@@ -520,6 +525,7 @@ Ovalide$VSS %>% select(1:3) %>%
E = (C.x - C.y) / C.y) %>%

datatable(rownames = F,
extensions = "Buttons",
container = htmltools::withTags(table(class = 'display',
thead(tr(th(rowspan = 2, "Composante"),
th(colspan = 2, current),
@@ -539,13 +545,13 @@ Ovalide$VSS %>% select(1:3) %>%
```
*Données issues des tableaux [1.V.1.VSS] A de `r periode`*

### <a href="#tab12" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Taux de remboursement des RSA pris en charge par l'Assurance Maladie</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab12}
## Taux de remboursement des RSA pris en charge par l'Assurance Maladie
```{r tab12}
Ovalide$TXR %>%
full_join(OvalideP$TXR, by = c("A", "B")) %>%

datatable(rownames = F,
extensions = "Buttons",
container = htmltools::withTags(table(class = 'display',
thead(tr(th(rowspan = 2, "Taux de remboursement"),
th(rowspan = 2, "Type"),
@@ -563,8 +569,7 @@ Ovalide$TXR %>%
*Données issues des tableaux OVALIDE [1.V.1.TXR] C de `r periode`*
_\* Séjours de NN, radiothérape ou PO_

### <a href="#tab13" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Valorisation des RSA pris en charge par l'Assurance Maladie</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab13}
## Valorisation des RSA pris en charge par l'Assurance Maladie
```{r tab13}
Ovalide$RAV[-(1:2), c(1,4,6)] %>%
full_join(OvalideP$RAV[-(1:2), c(1,4,6)], by = "A") %>%
@@ -573,6 +578,7 @@ Ovalide$RAV[-(1:2), c(1,4,6)] %>%
.[names(.) %>% sort] %>%

datatable(rownames = F,
extensions = "Buttons",
escape = F,
container = htmltools::withTags(table(class = 'display',
thead(tr(th(rowspan = 2, "Composante"),
@@ -592,8 +598,7 @@ Ovalide$RAV[-(1:2), c(1,4,6)] %>%
<sup>1</sup> Montant Brut
<sup>2</sup> Montant Remboursé par l'Assurance Maladie

### <a href="#tab14" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Valorisation des IVG, ATU, SE, actes et consultations</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab14}
## Valorisation des IVG, ATU, SE, actes et consultations
```{r tab14}
data_frame(A = c(Ovalide$VATU[is.na(Ovalide$VATU$A), 3:5] %>% unlist,
Ovalide$VSE[Ovalide$VSE$A == "", 3:5] %>% unlist,
@@ -614,6 +619,7 @@ data_frame(A = c(Ovalide$VATU[is.na(Ovalide$VATU$A), 3:5] %>% unlist,
"CCAM<sup>3</sup>",
"NGAP<sup>4</sup>"), each = 3), sep = " "),
colnames = c(current, previous, "Évolution (n ou &euro;)", "Évolution"),
extensions = "Buttons",
escape = F) %>%
formatCurrency(1:3, currency = "", interval = 3, mark = "&nbsp;", digits = 2, dec.mark = ",") %>%
formatPercentage(4, digits = 2)
@@ -623,8 +629,7 @@ data_frame(A = c(Ovalide$VATU[is.na(Ovalide$VATU$A), 3:5] %>% unlist,
<sup>3</sup>*Données issues des tableaux OVALIDE [2.V.VCCAM] de `r periode`*
<sup>4</sup>*Données issues des tableaux OVALIDE [2.V.VNGAP] de `r periode`*

### <a href="#tab15" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Nombre de Suppléments valorisés, Performance et Valorisation des séjours non envoyés</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab15}
## Nombre de Suppléments valorisés, Performance et Valorisation des séjours non envoyés
```{r tab15}
Ovalide$UMAS %>%
full_join(OvalideP$UMAS, by = "A") %>%
@@ -632,14 +637,14 @@ Ovalide$UMAS %>%
D = (B.x - B.y) / B.y) %>%

datatable(rownames = F,
extensions = "Buttons",
colnames = c(current, previous, "Évolution (n)", "Évolution")) %>%
formatCurrency(2:4, currency = "", interval = 3, mark = "&nbsp;", digits = 0) %>%
formatPercentage(5, digits = 2)
```
*Données issues des tableaux OVALIDE [1.V.1.UMAS] E de `r periode`*

### <a href="#tab16" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Prix Moyen du Cas Traité\* de l'année en cours et de l'année précédente</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab16}
## Prix Moyen du Cas Traité\* de l'année en cours et de l'année précédente
```{r tab16}
Ovalide$SVB %>%
mutate(B = C/B) %>%
@@ -652,6 +657,7 @@ Ovalide$SVB %>%
D = (B.x - B.y) / (B.y)) %>%

datatable(escape = F,
extensions = "Buttons",
rownames = F,
colnames = c("Type de séjours", current, previous, "Évolution (&euro;)", "Évolution")) %>%
formatPercentage(5, digits = 2) %>%
@@ -660,8 +666,7 @@ Ovalide$SVB %>%
*Données issues des tableaux OVALIDE [1.V.1.SV] B de `r periode`*
_\* Prix Moyen du Cas Traité = Total valorisation / nombre de RSA valorisés_

### <a href="#tab17" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Estimation de la valorisation des séjours non transmis de l'année en cours</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab17}
## Estimation de la valorisation des séjours non transmis de l'année en cours
```{r tab17}
gam %>% filter(date_sortie - date_entree == 0) %>% nrow -> zero
gam %>% filter(date_sortie - date_entree > 0) %>% nrow -> plus
@@ -670,6 +675,7 @@ data.frame(zero = c(zero, Ovalide$SVB$C[3]/Ovalide$SVB$B[3], zero * Ovalide$SVB$
plus = c(plus, Ovalide$SVB$C[2]/Ovalide$SVB$B[2], plus * Ovalide$SVB$C[2]/Ovalide$SVB$B[2])) %>%

datatable(escape = F,
extensions = "Buttons",
rownames = c("Nombre", "PMCT*", "Valorisation"),
colnames = c("Indicateur", "0 jour", "Plus de 0 jour")) %>%
formatCurrency(1:2, currency = "", interval = 3, mark = "&nbsp;", digits = 2, dec.mark = ",")
@@ -678,8 +684,7 @@ rm(plus, zero)
*Données issues de la requête BO «`r current`» exécutée le `r date` et des tableaux OVALIDE [1.V.1.SV] B de `r periode`*
_\* Prix Moyen du Cas Traité = Total valorisation / nombre de RSA valorisés_

### <a href="#tab18" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Indice de performance de la durée moyenne de séjours (IP-DMS) de l'année en cours et de l'année précédente</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #tab18}
## Indice de performance de la durée moyenne de séjours (IP-DMS) de l'année en cours et de l'année précédente
```{r tab18}
if (nrow(Ovalide$EDMS) == 6)
{
@@ -692,6 +697,7 @@ if (nrow(Ovalide$EDMS) == 6)

data_frame(IP_current, IP_previous) %>%
datatable(rownames = "Indice de performance",
extensions = "Buttons",
colnames = c(current, previous)) %>%
formatCurrency(1:2, currency = "", digits = 3, dec.mark = ",")

@@ -703,8 +709,7 @@ _\* Nb de journées / Nb de journées standardisées sur la DMS théorique_
<!---
## Généralités

### <a href="#outils" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Outils informatiques</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #outils}
### Outils informatiques
```{r outils}
data_frame(Logiciels = c("Fichsup",
"Genrsa",
@@ -715,11 +720,10 @@ data_frame(Logiciels = c("Fichsup",
"4.5.0.0",
"2.2.3.0")) %>%

datatable(rownames = F)
datatable(extensions = "Buttons", rownames = F)
```

### <a href="#cal" data-toggle="collapse" class="panel-heading">Calendrier</a> {.panel .panel-default}
#### {.panel-body .collapse #cal}
### Calendrier
```{r calendrier}
data_frame(Dates = rep(date, 5),
`Évènement` = c("Clôture et arrêté des données Webpims, Extraction Webpims",
@@ -728,6 +732,6 @@ data_frame(Dates = rep(date, 5),
"Retour traitement e-PMSI",
"Validation de l'envoi")) %>%

datatable(rownames = F)
datatable(extensions = "Buttons", rownames = F)
```
--->

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