Commentaires & messages de progression

donnees.R

@@ -1,8 +1,10 @@
 source("functionsOvalide.R")
 library(lubridate)
 
+# Date pour le rapport
 date <- format.Date(today(),format="%d/%m/%Y")
 
+# Récupération des arguments pour utilisation non interactive
 arguments <- commandArgs()
 if (length(arguments) != 13)
 {
@@ -20,13 +22,16 @@ if (length(arguments) != 13)
   mois <- as.numeric(arguments[13])
 }
 
-# getOvalide
+# Récupération des fichiers ePMSI
+print("1/9 - Connexion à ePMSI")
 connectOvalide(CHUuser, CHUpass, ATIHuser, ATIHpass)
+print(str_c("2/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee, sep = " "))
 getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee, mois)
+print(str_c("3/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee - 1, sep = " "))
 getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee - 1, mois)
 
-# extractOvalide
-print("ePMSI : extraction des tableaux")
+# Extraction des données des fichiers ePMSI
+print("4/9 - Extraction des tableaux ePMSI")
 read.csv2("listOvalide.csv") %>%
 {
   apply(., 1, . %>%
@@ -46,6 +51,7 @@ read.csv2("listOvalide.csv") %>%
   names(OvalideP) <<- .$name
 }
 
+# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU
 if (annee == 2016)
 {
   load("Ovalide.Rdata")
@@ -53,11 +59,12 @@ if (annee == 2016)
   rm("CCEGCHU2015")
 }
 
+# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées.
 unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee, mois, "html", sep = "."))
 unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee - 1, mois, "html", sep = "."))
 
 # RUM + structure + calcul durée de séjour
-print("LIVENNE : RUM et structure")
+print("5/9 - LIVENNE : RUM et structure")
 src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
   tbl(sql("SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix116
           UNION
@@ -77,7 +84,6 @@ src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
               filter(dummy == last(dummy)) %>%
               select(-dummy, -uf_date_ferm) %>%
             ungroup) %>%
-  # mutate(idrss = ifelse(idhosp %>% as.numeric < 500000000, str_c("m", idrss), idrss)) %>% # Dédoublonnage rss maternité 2013
   mutate(idrss = ifelse(finess == "540000031", str_c("m", idrss), idrss)) %>% # maternité
   mutate(idrss = ifelse(finess == "540020112", str_c("c", idrss), idrss)) %>% # CCEG
   mutate(idhosp = idhosp %>% str_replace_all(" ", "")) %>%
@@ -95,11 +101,13 @@ rum %>%
          mois_sortie = month(date_sortie)) %>%
   filter(annee_sortie > annee - 3) -> rss
 
+# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS
+print("7/9 - Sélection des RUMs")
 rum %<>%
   right_join(rss %>% select(idrss, annee_sortie, mois_sortie))
 
 # GAM et structure --> hospit non codées
-print("LIVENNE : GAM")
+print("8/9 - LIVENNE : GAM")
 src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
   tbl("mvt_gam") %>%
   select(idhosp, date_entree, date_sortie, uf, pass_typ, type_resp) %>%
@@ -130,6 +138,8 @@ src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
             pole_libelle = last(pole_libelle)) %>%
   mutate(mois_sortie = month(date_sortie)) -> gam
 
+print("9/9 - Écriture des données")
+# Enregistrement de l'exhaustivité au moment de la cloture
 if (mois == 1)
 {
   exhau <- data.frame(mois = 1:12, rss = NA, manq = NA)