cloture/donnees.R

source("functionsOvalide.R")
library(lubridate)

# Date pour le rapport
date <- format.Date(today(),format="%d/%m/%Y")

# Récupération des arguments pour utilisation non interactive
arguments <- commandArgs()
if (length(arguments) != 13)
{
  print ("Usage : donnees.sh CHUuser CHUpass ATIHuser ATIHpass LivenneUser LivennePass annee mois")
  quit()
} else
{
  CHUuser <- arguments[6]
  CHUpass <- arguments[7]
  ATIHuser <- arguments[8]
  ATIHpass <- arguments[9]
  user <- arguments[10]
  password <- arguments[11]
  annee <- as.numeric(arguments[12])
  mois <- as.numeric(arguments[13])
}

# Récupération des fichiers ePMSI
print("1/9 - Connexion à ePMSI")
connectOvalide(CHUuser, CHUpass, ATIHuser, ATIHpass)
print(str_c("2/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee, sep = " "))
getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee, mois)
print(str_c("3/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee - 1, sep = " "))
getOvalide(CHUuser, CHUpass, annee - 1, mois)

# Extraction des données des fichiers ePMSI
print("4/9 - Extraction des tableaux ePMSI")
read.csv2("listOvalide.csv") %>%
{
  apply(., 1, . %>%
  {
    df <- extractOvalide(annee, mois, .[2], .[3])
    names(df) <- LETTERS[1:length(df)]
    df
  }) ->> Ovalide
  names(Ovalide) <<- .$name

  apply(., 1, . %>%
  {
    df <- extractOvalide(annee - 1, mois, .[2], .[3])
    names(df) <- LETTERS[1:length(df)]
    df
  }) ->> OvalideP
  names(OvalideP) <<- .$name
}

# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU
if (annee == 2016)
{
  load("Ovalide.Rdata")
  OvalideP <- CCEGCHU2015[[str_c("mois", mois, sep = "")]]
  rm("CCEGCHU2015")
}

# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées.
unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee, mois, "html", sep = "."))
unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee - 1, mois, "html", sep = "."))

# RUM + structure + calcul durée de séjour
print("5/9 - LIVENNE : RUM et structure")
src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
  tbl(sql("SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix116
          UNION
          SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix117")) %>%
  collect(n = Inf) %>%
  mutate(date_entree = date_entree %>% as.Date,
         date_sortie = date_sortie %>% as.Date) %>%
  left_join(src_mysql("pmsi_dim_nom", "localhost", user = user, password = password) %>%
            tbl("structure") %>%
            filter(um != "") %>%
            select(uf_date_ferm, um, service_libelle, pole_libelle) %>%
            arrange(um, uf_date_ferm) %>%
            distinct %>%
            collect(n = Inf) %>%
            add_rownames(var = "dummy") %>% # Dédoublonnage : 1 um -> 1 couple libellés
            group_by(um) %>%
              filter(dummy == last(dummy)) %>%
              select(-dummy, -uf_date_ferm) %>%
            ungroup) %>%
  mutate(idrss = ifelse(finess == "540000031", str_c("m", idrss), idrss)) %>% # maternité
  mutate(idrss = ifelse(finess == "540020112", str_c("c", idrss), idrss)) %>% # CCEG
  mutate(idhosp = idhosp %>% str_replace_all(" ", "")) %>%
  mutate(duree_rum = date_sortie - date_entree) %>% # durée rum
  left_join(group_by(., idrss) %>%
            summarise(duree_rss = sum(duree_rum))) -> rum

# CLOS14 Hémato
rum %<>%
  mutate(pole_libelle = ifelse(pole_libelle == "CLOS14 HEMATOLOGIE", "SPECIALITES MEDICALES", pole_libelle),
         service_libelle = ifelse(service_libelle == "CLOS14 HEMATO.S.INTENSIFS", "SERVICE HEMATOLOGIE", service_libelle))

# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs
print("6/9 - Création des RSS")
rum %>%
  group_by(idrss) %>%
  filter(idrum == max(idrum)) %>%
  ungroup %>%
  mutate(annee_sortie = year(date_sortie),
         mois_sortie = month(date_sortie)) %>%
  filter(annee_sortie > annee - 3) -> rss

# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS
print("7/9 - Sélection des RUMs")
rum %<>%
  right_join(rss %>% select(idrss, annee_sortie, mois_sortie))

# GAM et structure --> hospit non codées
print("8/9 - LIVENNE : GAM")
src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
  tbl("mvt_gam") %>%
  select(idhosp, date_entree, date_sortie, uf, pass_typ, type_resp) %>%
  filter(pass_typ != "EXT",
         type_resp == "M") %>%
  distinct %>%
  collect(n = Inf) %>%
  mutate(date_entree = as.Date(date_entree),
         date_sortie = as.Date(date_sortie)) %>%
  anti_join(filter(., is.na(date_sortie) | date_sortie >= as.Date(str_c(annee, mois, "01", sep = "-")) + period(1, "month")),
            by = "idhosp") %>% # supprimer séjours non terminés à la fin de la période étudiée
  filter(date_sortie >= as.Date(str_c(annee, "01", "01", sep = "-"))) %>%
  select(-pass_typ, -type_resp) %>%
  left_join(src_mysql("pmsi_dim_nom", "localhost", user = user, password = password) %>%
            tbl("structure") %>%
            filter(um != "") %>%
            select(uf, service, service_libelle, pole, pole_libelle) %>%
            distinct %>%
            collect(n = Inf), by = "uf") %>%
  anti_join(rum, by="idhosp") %>% # supprimer séjours codés
  arrange(idhosp, date_sortie) %>%
  filter(!(service %in% c("5110", "5140", "1700", "1170", "1600", "2350")),
         !is.na(service)) %>%
  group_by(idhosp) %>%
  summarise(date_entree = first(date_entree),
            date_sortie = last(date_sortie),
            service_libelle= last(service_libelle),
            pole_libelle = last(pole_libelle)) %>%
  mutate(mois_sortie = month(date_sortie)) -> gam

print("9/9 - Écriture des données")
# Enregistrement de l'exhaustivité au moment de la cloture
if (mois == 1)
{
  exhau <- data.frame(mois = 1:12, rss = NA, manq = NA)
} else
{
  load("exhau.Rdata")
}

exhau[exhau$mois == mois,]$rss <- rss %>% filter(annee_sortie == annee) %>% nrow
exhau[exhau$mois == mois,]$manq <- gam %>% nrow

save(exhau, file = "exhau.Rdata")

# Données extraites de web100T pour l'exhaustivité par service
exhau_pims <- read_csv2("exhau_pims.csv")
names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie")

exhau_pims %<>%
  mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>%
  filter(month(Sortie) <= mois)

save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, gam, exhau, exhau_pims, date, file = "donnees.Rdata")

write.csv2(gam, "gam.csv")