.attachd renommé en table.courante pour apparaître dans le workspace

Quand un xls est chargé, remplacement des levels de facteur vides par NA
Suppression de l'option "anglais", inutile
Gestion des erreurs dans desc_global(), diagnostic() et desc_groupe()
* après les p significatifs et refactorisation du code plus simple (sauf pour X et f à cause de la portée des variables dans les fonctions anonymes...)

DESCRIPTION

@@ -9,9 +9,3 @@ Depends:
     xlsx
 Description: 
 License: GPLv3
-Collate:
-    'charger.R'
-    'desc_global.R'
-    'desc_groupe.R'
-    'html.R'
-    'label.R'

NAMESPACE

@@ -1,6 +1,7 @@
+S3method("label<-",data.frame)
+S3method("label<-",default)
+S3method(label,default)
 export("label<-")
-export("label<-.data.frame")
-export("label<-.default")
 export(HTML)
 export(HTMLEnd)
 export(HTMLInit)
@@ -9,4 +10,3 @@ export(desc_global)
 export(desc_groupe)
 export(diagnostic)
 export(label)
-export(label.default)

R/charger.R

@@ -18,7 +18,7 @@
 charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
 {
   # Detache la precedente data.frame et creation du nom de la table si non fourni
-  try(detach(.attachd,character.only=T),silent=T)
+  try(detach(table.courante,character.only=T),silent=T)
   if (is.null(nom))
     nom=strsplit(fichier,"\\.")[[1]][1]
   
@@ -105,7 +105,14 @@ charger <- function(fichier,nom=NULL,feuille=1)
     eval(parse(text=label_exe))
   }
   
-  # Enregistrement de la table dans l'environnement, attach et assignation de la variable .attachd
-  assign(".attachd",nom,pos=1)
+  # Remplacement des "" par NA dans les facteurs
+  for (var in names(x))
+  {
+    if (is.factor(x[[var]]))
+      levels(x[[var]])[levels(x[[var]])==""]<-NA
+  }
+  
+  # Enregistrement de la table dans l'environnement, attach et assignation de la variable table.courante
+  assign("table.courante",nom,pos=1)
   assign(nom,x,pos=1)
 }

R/desc_global.R

@@ -13,25 +13,19 @@
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la description
 #' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, q1, med, q3. Par defaut c("N","\%/moy","ic95")
 #' @param miss Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut TRUE
-#' @param anglais Booleen : obtenir un tableau en anglais(intitules, separation des decimales), par defaut FALSE
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @export
 desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, stats=c("N","%/moy","ic95"), miss=TRUE, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
 {
-  if (anglais)
-    decmark="."
-  else
-    decmark=","
-  
   # Creation du titre
   if (is.null(titre) & is.null(table))
-    titre<-paste("Descriptif global de",.attachd)
+    titre<-paste("Descriptif global de",table.courante)
   else if (is.null(titre))
     titre<-paste("Descriptif global de",deparse(substitute(table))) 
   
   # Creation de la table temporaire contenant les variables demandees
-  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
+  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=table.courante))
   if (!is.null(variables)) 
   {
     badvar <- variables[!variables %in% names(table)]
@@ -43,7 +37,7 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
   {
     badvar <- variables_neg[!variables_neg %in% names(table)]
     if (length(badvar) != 0)
-      warning("Les variables suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
+      warning("Les variables_neg suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
     table[variables_neg]<-list(NULL)
   }
   
@@ -88,14 +82,9 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
       {
         HTML("<td>",sep="")
         
-        if ((length(na.omit(table[[var]])) <= 1) & (stat == "ic95"))
+        HTML(tryCatch(
         {
-          HTML("NA</td>", sep="")
-          warning(var, " ne contient qu'une valeur, on ne peut pas calculer l'ic95")
-          next
-        }
-        
-        HTML(format(switch(stat,
+          format(switch(stat,
           N = length(na.omit(table[[var]])),
           "%/moy" = ,
           moy = mean(table[[var]],na.rm=T),
@@ -106,8 +95,10 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
           min = min(table[[var]],na.rm=T),
           max = max(table[[var]],na.rm=T),
           et = sd(table[[var]],na.rm=T),
-          ic95 = paste0("&plusmn;",format(mean(table[[var]],na.rm=T) - t.test(table[[var]])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark))
-          ),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), sep="")
+          ic95 = paste0("&plusmn;",format(mean(table[[var]],na.rm=T) - t.test(table[[var]])$conf.int[1], digits=nbdec,nsmall=nbdec)),
+          ... = "ERR"
+          ),digits=nbdec,nsmall=nbdec)
+        },error = function(e){erreur(e,var,"dans le calcul de ",stat)}), sep="")
         
         HTML("</td>", sep="")
       }
@@ -122,10 +113,7 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
       # Donnees manquantes
       if ((miss) & (!is.na(summary(table[[var]])["NA's"])))
       {
-        if (anglais)
-          HTML("<tr><td class='level'>Missing</td>",sep="")
-        else
-          HTML("<tr><td class='level'>Manquant</td>",sep="")
+        HTML("<tr><td class='level'>Manquant</td>",sep="")
       
         for (stat in stats)
         {
@@ -133,8 +121,6 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
       
           if (stat == "N")
             HTML(summary(table[[var]])["NA's"],sep="")
-#         else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy"))
-#           HTML(format(mean(is.na(table[[var]]))*100,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
       
           HTML("</td>",sep="")
         }
@@ -152,8 +138,7 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
           if (stat == "N")
             HTML(summary(table[[var]])[level],sep="")
           else if ((stat == "%") | (stat == "%/moy") | (stat == "%/med"))
-            HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(na.omit(table[[var]])),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
-#           HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(table[[var]]),digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),sep="")
+            HTML(format(100*summary(table[[var]])[level]/length(na.omit(table[[var]])),digits=nbdec,nsmall=nbdec),sep="")
 
           HTML("</td>",sep="")
         }
@@ -176,17 +161,17 @@ desc_global <- function(html="desc_global", titre=NULL, table=NULL, variables=NU
 #' 
 #' Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table courante.
 #' Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau.
-#' La fonction attribue un parametre "param" a chaque variable a partir de tests de normalite, ce parametre est modifiable ensuite, il conditionne l'utilisation des tests statistiques dans la fonction comparer().
-#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer diagnostic() pour obtenir le diagnostic par defaut.
+#' La fonction attribue un paramètre "param" à chaque variable à partir de tests de normalité, ce paramètre est modifiable ensuite, il conditionne l'utilisation des tests statistiques dans la fonction comparer().
+#' Tous les parametres ont une valeur par defaut, il est donc possible de simplement lancer diag() pour obtenir le diagnostic par defaut.
 #' @encoding UTF-8
 #' @param table Table a utiliser, par defaut la derniere chargee
 #' @export
 diagnostic <- function(table=NULL)
 {
-  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
+  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=table.courante))
   
   HTMLInit(CSSfile="diag.css")
-  assign(".param", character(), pos=1)
+  assign("param", character(), pos=1)
   
   HTML("<div class='diag_menu'>")
   inc()
@@ -197,9 +182,12 @@ diagnostic <- function(table=NULL)
     if (etiq == "table[[var]]") etiq <- var
     
     HTML("<p id='", var, "'>", etiq, sep="")
+    tryCatch(
+    {
     if (is.numeric(table[[var]]))
-      if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
+      if (shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05)
         HTML("*", sep="")
+    }, error = function(e){})
     HTML("</p>")
   }
   dec()
@@ -228,13 +216,15 @@ diagnostic <- function(table=NULL)
         HTML("</table>")
         if (is.numeric(table[[var]]))
         {
-          HTML("IC95 : [ ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[1],digits=2,nsmall=2), " - ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[2],digits=2,nsmall=2), " ]<br/>")
-          HTML("Test de normalit&eacute; de Shapiro-Wilk : p = ", format(shapiro.test(table[[var]])$p.value,digits=2,nsmall=2), "<br/>")
-          if ((shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05) & (length(na.omit(table[[var]])) >= 30))
-          {
-            assign(".param", c(.param,var), pos=1)
-            HTML("<b>Param&eacute;trique</b>")
-          }
+          tryCatch(HTML("IC95 : [ ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[1],digits=2,nsmall=2), " - ", format(t.test(table[[var]])$conf.int[2],digits=2,nsmall=2), " ]<br/>"), error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul de l'ic95",ret=HTML("IC95 non calculable<br/>"))})
+          tryCatch(HTML("Test de normalit&eacute; de Shapiro-Wilk : p = ", format(shapiro.test(table[[var]])$p.value,digits=2,nsmall=2), "<br/>"), error=function(e){erreur(e,var,"dans l'evaluation de sa normalite",ret=HTML("Test de normalit&eacute non calculable"))})
+          tryCatch({
+            if (shapiro.test(table[[var]])$p.value > .05)
+            {
+              assign("param", c(param,var), pos=1)
+              HTML("<b>Param&eacute;trique</b>")
+            }
+          },error=function(e){})
         }
       dec()
       HTML("</div>")
@@ -246,7 +236,7 @@ diagnostic <- function(table=NULL)
           pngfile=tempfile(pattern="figure",fileext=".png")
           png(filename=pngfile)
           hist(table[[var]],freq=F,col="lightblue",border="darkblue",xlab=etiq,ylab="Densite",main=paste0("Distribution de ",etiq))
-          lines(density(table[[var]],na.rm=T),col="red")
+          tryCatch(lines(density(table[[var]],na.rm=T),col="red"),error=function(e){})
           dev.off()
           HTML("<img src='", basename(pngfile), "'/>")
           

R/desc_groupe.R

@@ -12,13 +12,12 @@
 #' @param groupe Variable à utiliser pour la comparaison.
 #' @param variables Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur
 #' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison
-#' @param anglais Booleen : obtenir un tableau en anglais(intitules, separation des decimales), par defaut FALSE
 #' @param note Note de bas de page, par defaut vide
 #' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1
 #' @export
 desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL, anglais=FALSE, note=NULL, nbdec=1)
 {
-  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=.attachd))
+  if (is.null(table)) table<-eval(parse(text=table.courante))
   
   if (is.null(groupe) | (!groupe %in% names(table)))
   {
@@ -31,11 +30,6 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
   etiq <- label(modulo)
   if (etiq == "modulo") etiq <- var
   
-  if (anglais)
-    decmark="."
-  else
-    decmark=","
-  
   # Creation du titre
   if (is.null(titre))
     titre<-paste("Comparaison selon", etiq)
@@ -52,7 +46,7 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
   {
     badvar <- variables_neg[!variables_neg %in% names(table)]
     if (length(badvar) != 0)
-      warning("Les variables suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
+      warning("Les variables_neg suivantes n'existent pas dans la table : ",paste(badvar,collapse=", "))
     table[variables_neg]<-list(NULL)
   }
   
@@ -81,7 +75,7 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
   }
   HTML("<td></td></tr>")
 
-  HTML("<tr><td></td>", paste0(rep(c("<td>N/moy</td>","<td>%/SD</td>"),nlevels(modulo)),collapse=""), "<td></td></tr>")
+  HTML("<tr><td></td>", paste0(rep(c("<td>N</td>","<td>%</td>"),nlevels(modulo)),collapse=""), "<td></td></tr>")
 
   dec()
   HTML("</thead>")
@@ -108,42 +102,70 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
     # Variable quantitative
     if (is.numeric(table[[var]]))
     {
-      HTML("<tr><td class='var'>", etiq, "</td>", sep="")
-      
-      for (level in levels(modulo))
-        HTML("<td>",format(mean(table[[var]][modulo==level], na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "</td><td>", format(sd(table[[var]][modulo==level],na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "</td>", sep="")
-      
-      if (var %in% .param)
+      if (var %in% param)
       {
         if (nlevels(modulo) == 2)
-          HTML("<td>", format(t.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "(t)</td>")
+        {
+          p <- tryCatch(t.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test t")})
+          test <- "t"
+        }
         else if (nlevels(modulo) > 2)
-          HTML("<td>", format(summary(aov(table[[var]] ~ modulo))[[1]][["Pr(>F)"]][1], digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "(aov)</td>")
+        {
+          p <- tryCatch(summary(aov(table[[var]] ~ modulo))[[1]][["Pr(>F)"]][1], error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul de l'ANOVA")})
+          test <- "ANOVA"
+        }
       }
       else
       {
         if (nlevels(modulo) == 2)
-          HTML("<td>", format(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "(m-w)</td>")
+        {
+          p <- tryCatch(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Mann-Whitney")})
+          test <- "M-W"
+        }
         else if (nlevels(modulo) > 2)
-          HTML("<td>", format(kruskal.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark), "(k-w)</td>")
+        {
+          p <- tryCatch(kruskal.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Kruskal-Wallis")})
+          test <- "K-W"
+        }
       }
       
+      HTML("<tr><td class='var'>", etiq, " (moy &plusmn;SD)</td>", sep="")
+      
+      for (level in levels(modulo))
+        HTML("<td>",format(mean(table[[var]][modulo==level], na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td><td>", format(sd(table[[var]][modulo==level],na.rm=T), digits=nbdec,nsmall=nbdec), "</td>", sep="")
+      
+      HTML("<td>", format(p,digits=nbdec,nsmall=nbdec), sep="")
+      if (p<.05)
+        HTML("*", sep="")
+      HTML(" (",test,")</td>", sep="")
+      
       HTML("</tr>")
+      rm(test)
     }
     # Variable qualitative
     else if (is.factor(table[[var]]))
     {
-      HTML("<tr><td class='var' colspan='", nlevels(modulo)*2+1, "'>", etiq, "</td>", sep="")
-      HTML("<td>", tryCatch(
-        paste0(format(chisq.test(table[[var]],modulo)$p.value,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),"(X)"),
+      p <- tryCatch(
+        {
+          assign("test", "X", pos=1)
+          chisq.test(table[[var]],modulo)$p.value
+        },
         warning=function(w)
         {
-          paste0(format(fisher.test(table[[var]],modulo,workspace=2e6)$p.value,digits=nbdec,nsmall=nbdec,decimal.mark=decmark),"(F)")
+          assign("test", "f", pos=1)
+          fisher.test(table[[var]],modulo,workspace=2e6)$p.value
         },
         error=function(e)
         {
           "NA"
-        }), "</td></tr>")
+        })
+      
+      HTML("<tr><td class='var' colspan='", nlevels(modulo)*2+1, "'>", etiq, "</td>", sep="")
+      HTML("<td>", format(p,digits=nbdec,nsmall=nbdec), sep="")
+      if (p<.05)
+        HTML("*", sep="")
+      HTML(" (",test,")</td>", sep="")
+      rm(test,pos=1)
       
       # Levels de la variable qualitative
       for (level in levels(table[[var]]))
@@ -152,7 +174,7 @@ desc_groupe <- function(groupe=NULL, html=NULL, titre=NULL, table=NULL, variable
         for (level_m in levels(modulo))
         {
           HTML("<td>", table(table[[var]],modulo)[level,level_m], "</td>", sep="")
-          HTML("<td>", format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/sum(table(table[[var]],modulo)), digits=nbdec, nsmall=nbdec, decimal.mark=decmark), "</td>", sep="")
+          HTML("<td>", format(100*table(table[[var]],modulo)[level,level_m]/sum(table(table[[var]],modulo)), digits=nbdec, nsmall=nbdec), "</td>", sep="")
         }
         
         HTML("<td></td></tr>")

R/erreur.R

@@ -0,0 +1,5 @@
+erreur <- function(err, var, ..., ret="ERR")
+{
+  warning("La variable ", var, " a causé l'erreur :\n", err, ..., call.=F)
+  return (ret)
+}

man/HTML.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTML}
 \title{Ecrit dans le fichier HTML}
 \usage{
-  HTML(x, ..., append = T, sep = "\n")
+HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n")
 }
 \description{
-  Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
+Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit
 }
 \details{
-  Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
-  est contenu dans .HTML.file
+Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom
+est contenu dans .HTML.file
 }
 

man/HTMLEnd.Rd

@@ -3,13 +3,13 @@
 \alias{HTMLEnd}
 \title{Termine et clos le fichier HTML}
 \usage{
-  HTMLEnd()
+HTMLEnd()
 }
 \description{
-  Ecrit le footer du fichier hTML
+Ecrit le footer du fichier hTML
 }
 \details{
-  Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
-  le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
+Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre
+le fichier dans le navigateur et supprime l'acces.
 }
 

man/HTMLInit.Rd

@@ -3,18 +3,23 @@
 \alias{HTMLInit}
 \title{Initialiser un fichier HTML}
 \usage{
-  HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"),
-    title = "", CSSfile = "")
+HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"), title = "",
+  CSSfile = "")
 }
 \arguments{
+  \item{file}{Nom du fichier HTML à creer, par defaut un
+  fichier temporaire}
+
   \item{title}{Titre de la page}
+
+  \item{CSSfile}{Fichier CSS à utiliser}
 }
 \description{
-  Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
+Cree et remplit les headers pour un fichier hTML
 }
 \details{
-  Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
-  temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du
-  fichier actuel est stocke dans .HTML.file
+Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier
+temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du fichier
+actuel est stocke dans .HTML.file
 }
 

man/charger.Rd

@@ -3,7 +3,7 @@
 \alias{charger}
 \title{Charger un fichier de donnees dans l'environnement}
 \usage{
-  charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
+charger(fichier, nom = NULL, feuille = 1)
 }
 \arguments{
   \item{fichier}{Fichier de donnees a charger}
@@ -16,18 +16,17 @@
   feuille au-dela de la premiere)}
 }
 \description{
-  Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
-  ainsi que les formats et labels
+Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees
+ainsi que les formats et labels
 }
 \details{
-  La fonction charge les donnees contenues dans le fichier
-  de donnees et cree une table de valeurs. Si des
-  labels/formats sont definis ils seront appliques. Les
-  variables pour lesquelles un format est defini seront
-  considerees comme des variables qualitatives. La table de
-  valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe
-  par le numero de feuille) et est attachee a
-  l'environnement courant.
+La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de
+donnees et cree une table de valeurs. Si des labels/formats
+sont definis ils seront appliques. Les variables pour
+lesquelles un format est defini seront considerees comme
+des variables qualitatives. La table de valeurs prend
+automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de
+feuille) et est attachee a l'environnement courant.
 }
 \examples{
 charger("data.csv") #charger un fichier texte (marche aussi pour les .txt)

man/desc_global.Rd

@@ -3,10 +3,9 @@
 \alias{desc_global}
 \title{Descriptif global de la table courante}
 \usage{
-  desc_global(html = "desc_global", titre = NULL,
-    table = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL,
-    stats = c("N", "\%/moy", "ic95"), miss = TRUE,
-    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
+desc_global(html = "desc_global", titre = NULL, table = NULL,
+  variables = NULL, variables_neg = NULL, stats = c("N", "\%/moy",
+  "ic95"), miss = TRUE, anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
 }
 \arguments{
   \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
@@ -31,24 +30,20 @@
   \item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs
   manquantes, par defaut TRUE}
 
-  \item{anglais}{Booleen : obtenir un tableau en
-  anglais(intitules, separation des decimales), par defaut
-  FALSE}
-
   \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}
 
   \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par
   defaut 1}
 }
 \description{
-  Produit un tableau descriptif de la table courante
+Produit un tableau descriptif de la table courante
 }
 \details{
-  Permet de produire un tableau descriptif des variables
-  contenues dans la table courante. Si les labels et
-  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
-  peupler le tableau. Tous les parametres ont une valeur
-  par defaut, il est donc possible de simplement lancer
-  desc() pour obtenir un tableau descriptif par defaut.
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut, il
+est donc possible de simplement lancer desc() pour obtenir
+un tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/desc_groupe.Rd

@@ -3,9 +3,9 @@
 \alias{desc_groupe}
 \title{Comparatif par groupe de la table courante}
 \usage{
-  desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL,
-    table = NULL, variables = NULL, variables_neg = NULL,
-    anglais = FALSE, note = NULL, nbdec = 1)
+desc_groupe(groupe = NULL, html = NULL, titre = NULL, table = NULL,
+  variables = NULL, variables_neg = NULL, anglais = FALSE, note = NULL,
+  nbdec = 1)
 }
 \arguments{
   \item{html}{Nom du fichier html, par defaut
@@ -17,6 +17,8 @@
   \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
   chargee}
 
+  \item{groupe}{Variable à utiliser pour la comparaison.}
+
   \item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer,
   par defaut toutes les variables contenues dans la table
   moins celle servant de comparateur}
@@ -24,26 +26,22 @@
   \item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a
   exclure de la comparaison}
 
-  \item{anglais}{Booleen : obtenir un tableau en
-  anglais(intitules, separation des decimales), par defaut
-  FALSE}
-
   \item{note}{Note de bas de page, par defaut vide}
 
   \item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par
   defaut 1}
 }
 \description{
-  Produit un tableau comparatif par groupe de la table
-  courante
+Produit un tableau comparatif par groupe de la table
+courante
 }
 \details{
-  Permet de produire un tableau comparatif des variables
-  contenues dans la table courante selon les modalites
-  d'une d'entre elles. Si les labels et formats sont
-  definis et charges ils seront utilises pour peupler le
-  tableau. Tous les parametres ont une valeur par defaut,
-  il est donc possible de simplement lancer desc() pour
-  obtenir un tableau descriptif par defaut.
+Permet de produire un tableau comparatif des variables
+contenues dans la table courante selon les modalites d'une
+d'entre elles. Si les labels et formats sont definis et
+charges ils seront utilises pour peupler le tableau. Tous
+les parametres ont une valeur par defaut, il est donc
+possible de simplement lancer desc() pour obtenir un
+tableau descriptif par defaut.
 }
 

man/diagnostic.Rd

@@ -3,27 +3,27 @@
 \alias{diagnostic}
 \title{Diagnostics de la table courante}
 \usage{
-  diagnostic(table = NULL)
+diagnostic(table = NULL)
 }
 \arguments{
   \item{table}{Table a utiliser, par defaut la derniere
   chargee}
 }
 \description{
-  Produit un tableau descriptif de la table courante et des
-  graphiques pour la verification des conditions
-  d'utilisation des tests satistiques
+Produit un tableau descriptif de la table courante et des
+graphiques pour la verification des conditions
+d'utilisation des tests satistiques
 }
 \details{
-  Permet de produire un tableau descriptif des variables
-  contenues dans la table courante. Si les labels et
-  formats sont definis et charges ils seront utilises pour
-  peupler le tableau. La fonction attribue un parametre
-  "param" a chaque variable a partir de tests de normalite,
-  ce parametre est modifiable ensuite, il conditionne
-  l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
-  comparer(). Tous les parametres ont une valeur par
-  defaut, il est donc possible de simplement lancer
-  diagnostic() pour obtenir le diagnostic par defaut.
+Permet de produire un tableau descriptif des variables
+contenues dans la table courante. Si les labels et formats
+sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le
+tableau. La fonction attribue un paramètre "param" à
+chaque variable à partir de tests de normalité, ce
+paramètre est modifiable ensuite, il conditionne
+l'utilisation des tests statistiques dans la fonction
+comparer(). Tous les parametres ont une valeur par defaut,
+il est donc possible de simplement lancer diag() pour
+obtenir le diagnostic par defaut.
 }
 

man/label.Rd

@@ -7,15 +7,15 @@
 \alias{label<-.default}
 \title{Etiquetter un objet}
 \usage{
-  label(objet)
+label(objet)
 
-  label.default(objet)
+\method{label}{default}(objet)
 
-  label(objet, value) <- value
+label(objet) <- value
 
-  label.default(objet, value) <- value
+\method{label}{default}(objet) <- value
 
-  label.data.frame(objet, value) <- value
+\method{label}{data.frame}(objet) <- value
 }
 \arguments{
   \item{objet}{L'objet a nommer}
@@ -23,16 +23,16 @@
   \item{value}{Le texte de l'etiquette}
 }
 \value{
-  Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
-  l'objet
+Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de
+l'objet
 }
 \description{
-  Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
+Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet
 }
 \details{
-  Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
-  d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
-  supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
+Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette
+d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de
+supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction.
 }
 \examples{
 label(a) <- "Une variable"