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@@ -13,10 +13,11 @@ |
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#' @param titre Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable" |
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#' @param variables Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur |
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#' @param variables_neg Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison |
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#' #' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et") |
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#' @param stats Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et") |
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#' @param note Note de bas de page, par defaut vide |
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#' @param nbdec Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1 |
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#' @param pourcent Pourcentages pour les variables qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), par defaut sur le total |
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#' @param paired Use a paired test for quantitative values. Must have equal number of observations in the two groups. Only works for two groups. |
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#' @examples |
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#' \dontrun{ |
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#' Ma_table <- charger("donnees.xls") |
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@@ -27,7 +28,7 @@ |
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#' desc_groupe(Ma_table, "sexe", param = para, titre="Comparatif selon le sexe", pourcent="row") |
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#' } |
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#' @export |
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desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL,stats=c("N","%/moy","et"), note=NULL, nbdec=1, pourcent="total") |
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desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NULL, variables=NULL, variables_neg=NULL,stats=c("N","%/moy","et"), note=NULL, nbdec=1, pourcent="total", paired=F) |
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{ |
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if (nbdec<2) |
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nbdecp<-2 |
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@@ -132,7 +133,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU |
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{ |
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if (nlevels(modulo) == 2) |
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{ |
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p <- tryCatch(t.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test t")}) |
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p <- tryCatch(t.test(table[[var]] ~ modulo, paired=paired,na.action=na.pass)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test t")}) |
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test <- "t" |
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} |
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else if (nlevels(modulo) > 2) |
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@@ -145,7 +146,7 @@ desc_groupe <- function(table, groupe, param = character(0), html=NULL, titre=NU |
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{ |
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if (nlevels(modulo) == 2) |
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{ |
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p <- tryCatch(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Mann-Whitney")}) |
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p <- tryCatch(wilcox.test(table[[var]] ~ modulo, paired=paired, na.action=na.pass)$p.value, error=function(e){erreur(e,var,"dans le calcul du test de Mann-Whitney")}) |
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test <- "M-W" |
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} |
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else if (nlevels(modulo) > 2) |
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