Comparatif absence/présence

index.Rmd

@@ -33,15 +33,17 @@ options(DT.options = list(paging = F,
 
 Chaque onglet fournit un outil d'analyse différent.
 
-### Comparaison des abondances relatives par groupe
+### Comparaison d'abondances
 
-### Comparaison des présences par groupe
+Fournir un fichier avec les abondances relatives et une variable de groupage (stress/témoin par exemple)
 
-### PCA
+L'outil fournit le tableau de comparaison des abondances relatives, le tableau de comparaison des présences de taxons, et la PCA.
 
-### Comparaison techniques
+### Comparaison de techniques
 
-## Abondances relatives
+Fournir un fichier avec les abondances relatives selon différentes techniques.
+
+## Comparaison d'abondances
 
 ### Données
 
@@ -53,42 +55,59 @@ Le fichier doit être fourni au format CSV avec les paramètres suivants :
 * séparateur de décimales = ,
  
 
-```{r data}
+```{r data_abondances}
 inputPanel(
-  fileInput("micro", "Abondances relatives", accept = "text/csv"),
-  uiOutput("groupes"),
-  uiOutput("variables")
+  fileInput("data_abondances", "Abondances relatives", accept = "text/csv"),
+  uiOutput("groupes_abondances"),
+  uiOutput("variables_abondances")
 )
 
-micro <- reactive(
+data_abondances <- reactive(
   {
-    req(input$micro)
+    req(input$data_abondances)
 
-    read_csv(input$micro$datapath, locale = locale(decimal_mark = ",")) %>%
+    read_csv(input$data_abondances$datapath, locale = locale(decimal_mark = ",")) %>%
       mutate_if(is.character, factor)
   }
 )
 
-output$groupes <- renderUI({
-  req(micro())
-  radioButtons("groupes", "Groupe", names(micro()))
+output$groupes_abondances <- renderUI({
+  req(data_abondances())
+  radioButtons("groupes_abondances", "Groupe", names(data_abondances()))
 })
 
-output$variables <- renderUI({
-  req(micro())
-  checkboxGroupInput("variables", "Variables à comparer", names(micro()))
+output$variables_abondances <- renderUI({
+  req(data_abondances())
+  checkboxGroupInput("variables_abondances", "Variables à comparer", names(data_abondances()))
 })
 ```
 
-### Résultat
+### Résultat {.tabset}
+
+#### Comparatif abondances
+
+```{r resultat_abondances}
+DT::renderDataTable({
+  req(input$groupes_abondances, input$variables_abondances)
+
+  data_abondances() %>%
+    group_by(!!as.symbol(input$groupes_abondances)) %>%
+    select(one_of(c(input$groupes_abondances,input$variables_abondances))) %>%
+    desctable %>%
+    datatable
+}, server = F)
+```
+
+#### Comparatif présence
 
-```{r resultat}
+```{r resultat_presence}
 DT::renderDataTable({
-  req(input$groupes, input$variables)
+  req(input$groupes_abondances, input$variables_abondances)
 
-  micro() %>%
-    group_by(!!as.symbol(input$groupes)) %>%
-    select(one_of(c(input$groupes,input$variables))) %>%
+  data_abondances() %>%
+    mutate_at(vars(input$variables_abondances), . %>% {. == 0} %>% factor(levels = c(T, F), labels = c("Absent", "Présent"))) %>%
+    group_by(!!as.symbol(input$groupes_abondances)) %>%
+    select(one_of(c(input$groupes_abondances,input$variables_abondances))) %>%
     desctable %>%
     datatable
 }, server = F)