R2b2

L’objectif de R2b2 est de fournir des fonctions standardisées d’interrogation de l’entrepôt de données et de DxCare.

Installation

R2b2 doit être installé depuis le GitLab de l’équipe avec la commande suivante :

devtools::install_git("https://git.maximewack.com/HEGP/R2b2")

Connexions

Le chargement du package avec :

library(R2b2)

provoque la connexion automatique à i2b2 et dxcare.

Le package vous demande alors interactivement vos identifiants et mots de passe pour chacun des deux systèmes.

Il est possible de configurer certaines options R afin de rendre ces connexions plus fluides.

• i2b2_user : permet de ne pas avoir à saisir le nom d’utilisateur i2b2 à chaque fois

• i2b2_pass : permet de ne pas avoir à saisir le mot de passe i2b2 à chaque fois

• dxcare_user : permet de ne pas avoir à saisir le nom d’utilisateur dxcare à chaque fois

• dxcare_pass : permet de ne pas avoir à saisir le mot de passe dxcare à chaque fois

Ces options peuvent être configurées une fois pour toute dans le fichier .Rprofile. Par exemple pour se connecter directement et uniquement à i2b2 :

options(
  i2b2_user = 'aph'
  i2b2_pass = 'pass'
  dxcare_skip = T
)

La fonction de réidentification nécessite également des identifiants de connexion qui seront demandés interactivement, ou peuvent être configurés avec les options suivantes :

• i2b2_map_user
• i2b2_map_pass