Historique exhaustivité sur mysql livenne

cloture.Rmd

@@ -338,9 +338,9 @@ rum %>%
 ### Nombre de RSS produits et transmis, et taux d'exhaustivité : historique des clôtures de l'année
 ```{r tab5}
 exhau %>%
-  mutate(rss_prod = rss + manq,
-         exh = rss / rss_prod) %>%
-  select(rss_prod, rss, exh) %>%
+  mutate(rss_trans = rss - manq,
+         exh = rss_trans / rss) %>%
+  select(rss, rss_trans, exh) %>%
 
   datatable(colnames = c("Clôture", "Total RSS produits", "Nombre de RSS transmis", "Taux d'exhaustivité RSS (%)"),
             extensions = "Buttons",
@@ -352,8 +352,8 @@ exhau %>%
 ### Taux d'exhaustivité selon le mois clôturé de l'année courante
 ```{r fig5a}
 exhau %>%
-  mutate(rss_prod = rss + manq,
-         exh = 100 * rss / rss_prod) %>%
+  mutate(rss_trans = rss - manq,
+         exh = 100 * rss_trans / rss) %>%
 
   ggplot(
   aes(x = mois,

donnees.R

@@ -1,5 +1,6 @@
 source("functionsOvalide.R")
 library(lubridate)
+library(RMySQL)
 
 # Récupération des arguments pour utilisation non interactive ----
 arguments <- commandArgs()
@@ -117,4 +118,17 @@ exhau_pims %<>%
   mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>%
   filter(month(Sortie) <= mois)
 
-save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, gam, exhau, exhau_pims, file = "donnees.Rdata")
+dbConnect(MySQL(), host = "localhost", dbname = "pmsi_dim", user = user, password = password) %>%
+  dbWriteTable("exhaustivite", data.frame(annee = annee, mois = mois, nb_rss_tot = exhau_pims %>% nrow, nb_rss_manq = exhau_pims %>% filter(is.na(DP)) %>% nrow), row.names = F, append = T)
+
+src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
+  tbl("exhaustivite") %>%
+  filter(annee == annee) %>%
+  collect %>%
+  full_join(data.frame(mois = 1:12), by = "mois") %>%
+  select(mois, rss = nb_rss_tot, manq = nb_rss_manq) -> exhau
+
+# Écriture des données ----
+print("9/9 - Écriture des données")
+
+save(Ovalide, OvalideP, annee, mois, rum, rss, exhau, exhau_pims, file = "donnees.Rdata")