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@@ -5,64 +5,32 @@ |
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Les scripts ont été développés sous R version 3.3.1, à l'aide des packages suivants : |
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* Versions stables (CRAN) |
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* tidyr 0.5.1 |
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* tidyverse |
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* ggplot2 2.1.0 |
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* lubridate 1.5.6 |
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* rvest 0.3.2 |
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* stringr 1.0.0 |
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* readr 0.2.2 |
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* magrittr 1.5 |
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* dplyr 0.5.0 |
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* knitr 1.13 |
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* rmarkdown 1.0 |
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* htmlwidgets 0.7 |
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* Versions de développement (github) |
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* DT 0.1.57 |
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Ces paquets sont installés au niveau système pour tous les utilisateurs livenne. |
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## Utilisation |
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La génération du rapport est séparée en deux parties : |
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* l'acquisition et le pré-traitement des données |
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* la génération du rapport en lui-même |
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Le rapport est sous la forme d'une application shiny+rmarkdown. |
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Une page permet d'entrer les informations nécessaires à la génération du rapport (codes d'accès, fichier d'exhaustivité issu de la requête BO), qui est généré au fur et à mesure dans un second onglet. |
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Une fois le rapport généré, il est possible d'en télécharger une version statique. |
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### Acquisition des données |
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Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ",") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script. |
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Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ","). |
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Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL (tables fix116, fix117, mvt_gam et structure) sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH, exhaustivité WebBIMS dans le fichier **exhau_pims.csv**, tableaux ePMSI CCEG+CHU de 2015 pré-assemblés dans le fichier **Ovalide.Rdata** (nécessaires uniquement pour les bilans de 2016). |
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Les tableaux ePMSI sont archivés dans le dossier **ePMSI**. |
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Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants : |
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* nom d'utilisateur de session CHU |
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* mot de passe de session CHU (pour passer à travers le proxy) |
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* nom d'utilisateur ePMSI |
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* mot de passe ePMSI (pour télécharger les tableaux depuis ePMSI) |
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* nom d'utilisateur MySQL livenne |
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* mot de passe MySQL livenne (pour interroger la base de données) |
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* annee de la clôture |
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* mois de la clôture |
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Un appel incorrect au script rappelle les paramètres de ligne de commande à utiliser. |
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Les noms d'utilisateurs/mots de passe contenant des caractères spéciaux (autres qu'alphanumériques) doivent être entourés de guillemets. |
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Le script **donnees.R** utilise le fichier **Ovalide.Rdata** contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier **exhau.Rdata** pour sauvegarder les données d'exhaustivité depuis le début de l'année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d'année. |
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Les données récupérées et pré-traitées son enregistrées dans le fichier **donnees.Rdata** pour l'utilisation par le script de génération du rapport. |
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Le fichier **gam.csv** est généré. Il contient les séjours présents dans la base de mouvements (GAM), mais qui n'ont ni été envoyés à l'ATIH, ni sont connus comme étant non exhaustifs dans WebPIMS. Il s'agit principalement d'erreurs de la base GAM (annulations, transformations) à corriger. |
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### Génération du rapport |
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Le script **render.sh** appelle la commande *render* de Rmarkdown pour générer le rapport de clôture **cloture.html** à partir du fichier **cloture.Rmd**. |
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Celui-ci génère les différents tableaux et figures à la volée à partir des données pré-traitées fournies par **donnees.R** dans le fichier **donnees.Rdata**. |
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Le fichier **cloture.html** généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire au-dessus dans l'arborescence (/var/www/html/cloture). |
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Le fichier **cloture.html** généré peut être vérifié avant publication. La publication se fait en copiant le fichier dans le répertoire /var/www/html/cloture. |
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Ce fichier doit également être copié dans le répertoire **archive** sous la forme **cloture*ANNEE_MOIS*.html** pour archivage. |
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