Scripts d'automatisation de cloture mensuelle

Installation

Les scripts ont été développés sous R version 3.2.3, à l'aide des packages suivants :

• Versions stables (CRAN)

  • tidyr 0.4.1
  • ggplot2 2.1.0
  • lubridate 1.5.6
  • rvest 0.3.1
  • stringr 1.0.0
  • readr 0.2.2
  • magrittr 1.5
  • dplyr 0.4.3.9001

• Versions de développement (github)

  • DT 0.1.45
  • knitr 1.13
  • rmarkdown 0.9.6
  • htmlwidgets 0.6.1

Ces paquets sont installés au niveau système pour tous les utilisateurs livenne.

Utilisation

La génération du rapport est séparée en deux parties :

• l'acquisition et le pré-traitement des données
• la génération du rapport en lui-même

Il convient pour le moment d’archiver le rapport précédent dans le sous-répertoire archives, avant de générer un nouveau rapport !

Acquisition des données

Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects Exhaustivite.wid présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = “;") sous le nom exhau_pims.csv dans le répertoire du script.

Le script donnees.sh appelle le script donnees.R qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH). Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants :

• nom d'utilisateur de session CHU

• mot de passe de session CHU (pour passer à travers le proxy)

• nom d'utilisateur ePMSI

• mot de passe ePMSI

• nom d'utilisateur MySQL livenne

• mot de passe MySQL livenne

• annee de la clôture

• mois de la clôture

Un appel incorrect au script rappelle les paramètres de ligne de commande à utiliser. Les noms d'utilisateurs/mots de passe contenant des caractères spéciaux (autres qu'alphanumériques) doivent être entourés de guillemets.

Le script donnees.R utilise le fichier Ovalide.Rdata contenant les données fusionnées du CHU et du CCEG pour 2015. Après 2016 ce fichier ne sera plus utile. Il utilise également le fichier exhau.Rdata pour sauvegarder les données d'exhaustivité depuis le début de l'année en cours. Ce fichier est réinitialisé en début d'années.

Les données récupérées et pré-traitées son enregistrées dans le fichier donnees.Rdata pour l'utilisation par le script de génération du rapport.

Génération du rapport

Le script render.sh appelle la commande render de Rmarkdown pour générer le rapport de clôture cloture.html à partir du fichier cloture.Rmd. Celui-ci génère les différents tableaux et figures à la volée à partir des données pré-traitées fournies par donnees.R dans le fichier donnees.Rdata.

Le fichier cloture.html généré est automatiquement utilisé par Joomla pour servir la page web.

À l'heure de l'écriture de ce script, certains packages sont utilisés dans leur version de dévelopemment pour profiter de certaines fonctionnalités :

• DT : format numérique complexe à l'aide de formatCurrency
• knitr, rmarkdown, htmlwidgets : mise en forme avec tabs et collapsibles bootstrap automatique, et gestion des widgets cachés à l'affichage de la page.