@@ -1,3 +1,5 @@ | |||||
# Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
S3method("label<-",data.frame) | S3method("label<-",data.frame) | ||||
S3method("label<-",default) | S3method("label<-",default) | ||||
S3method(label,default) | S3method(label,default) | ||||
@@ -248,10 +248,7 @@ diagnostic <- function(table, variables=NULL, variables_neg=NULL) | |||||
inc() | inc() | ||||
HTML("<tr>", paste("<th>", names(summary(table[[var]])), "</th>", collapse=""), "</tr>") | HTML("<tr>", paste("<th>", names(summary(table[[var]])), "</th>", collapse=""), "</tr>") | ||||
HTML("<tr>", sep="") | HTML("<tr>", sep="") | ||||
for (valeur in summary(table[[var]])) | |||||
{ | |||||
HTML("<td>", valeur, "</td>", sep="") | |||||
} | |||||
HTML("<td>",summary(table[[var]]),"</td>",sep="") | |||||
HTML("</tr>") | HTML("</tr>") | ||||
dec() | dec() | ||||
HTML("</table>") | HTML("</table>") | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{HTML} | \name{HTML} | ||||
\alias{HTML} | \alias{HTML} | ||||
@@ -6,21 +7,18 @@ | |||||
HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n") | HTML(x, ..., append = T, sep = "\\n") | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{x}{Contenu a ecrire} | |||||
\item{x}{Contenu a ecrire} | |||||
\item{...}{Contenu concatene sans espace a x} | |||||
\item{...}{Contenu concatene sans espace a x} | |||||
\item{append}{Decide si x... doit etre ajoute a un | |||||
fichier existant} | |||||
\item{append}{Decide si x... doit etre ajoute a un fichier existant} | |||||
\item{sep}{Separateur de fin de ligne, modifier pour | |||||
ecrire sur la meme ligne du fichier} | |||||
\item{sep}{Separateur de fin de ligne, modifier pour ecrire sur la meme ligne du fichier} | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit | Ecrit dans le fichier HTML cree par HTMLInit | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom | |||||
est contenu dans .HTML.file | |||||
Ecrit dans le fichier initialise par HTMLInit dont le nom est contenu dans .HTML.file | |||||
} | } | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{HTMLEnd} | \name{HTMLEnd} | ||||
\alias{HTMLEnd} | \alias{HTMLEnd} | ||||
@@ -9,7 +10,6 @@ HTMLEnd() | |||||
Ecrit le footer du fichier hTML | Ecrit le footer du fichier hTML | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre | |||||
le fichier dans le navigateur et supprime l'acces. | |||||
Ecrit le footer du fichier initialise par HTMLInit, ouvre le fichier dans le navigateur et supprime l'acces. | |||||
} | } | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{HTMLInit} | \name{HTMLInit} | ||||
\alias{HTMLInit} | \alias{HTMLInit} | ||||
@@ -7,20 +8,18 @@ HTMLInit(file = tempfile(pattern = "report", fileext = ".html"), title = "", | |||||
CSSfile = "") | CSSfile = "") | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{file}{Nom du fichier HTML a creer, par defaut un | |||||
fichier temporaire} | |||||
\item{file}{Nom du fichier HTML a creer, par defaut un fichier temporaire} | |||||
\item{title}{Titre de la page} | |||||
\item{title}{Titre de la page} | |||||
\item{CSSfile}{Fichier CSS a utiliser} | |||||
\item{CSSfile}{Fichier CSS a utiliser} | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Cree et remplit les headers pour un fichier hTML | Cree et remplit les headers pour un fichier hTML | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier | |||||
temporaire dans le repertoire temporaire Le nom du fichier | |||||
actuel est stocke dans .HTML.file | |||||
Si aucun nom de fichier n'est fourni, cree un fichier temporaire dans le repertoire temporaire | |||||
Le nom du fichier actuel est stocke dans .HTML.file | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{ | \dontrun{ | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{charger} | \name{charger} | ||||
\alias{charger} | \alias{charger} | ||||
@@ -6,32 +7,24 @@ | |||||
charger(fichier, feuille = 1, chemin = "../../data/") | charger(fichier, feuille = 1, chemin = "../../data/") | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{fichier}{Fichier de donnees a charger} | |||||
\item{fichier}{Fichier de donnees a charger} | |||||
\item{feuille}{Feuille a utiliser si fichier excel et en | |||||
cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder a une | |||||
feuille au-dela de la premiere)} | |||||
\item{feuille}{Feuille a utiliser si fichier excel et en cas de feuilles mutiples (et qu'on veut acceder a une feuille au-dela de la premiere)} | |||||
\item{chemin}{Chemin ou trouver le fichier de donnees | |||||
(par defaut ../../data/)} | |||||
\item{chemin}{Chemin ou trouver le fichier de donnees (par defaut ../../data/)} | |||||
} | } | ||||
\value{ | \value{ | ||||
La data frame avec les labels et formats | La data frame avec les labels et formats | ||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees | |||||
ainsi que les formats et labels | |||||
Charge un fichier texte ou excel contenant les donnees ainsi que les formats et labels | |||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de | |||||
donnees et renvoie une table de valeurs. Si des | |||||
labels/formats sont definis ils seront appliques (fichiers | |||||
labels.sas, formats.sas et attribformats.sas) Les variables | |||||
pour lesquelles un format est defini seront considerees | |||||
comme des variables qualitatives. La table de valeurs prend | |||||
automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de | |||||
feuille). Le fichier de donnees est charge depuis | |||||
../../data/, les formats depuis le repertoire courant. | |||||
La fonction charge les donnees contenues dans le fichier de donnees et renvoie une table de valeurs. | |||||
Si des labels/formats sont definis ils seront appliques (fichiers labels.sas, formats.sas et attribformats.sas) | |||||
Les variables pour lesquelles un format est defini seront considerees comme des variables qualitatives. | |||||
La table de valeurs prend automatiquement le nom du fichier (suffixe par le numero de feuille). | |||||
Le fichier de donnees est charge depuis ../../data/, les formats depuis le repertoire courant. | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{Ma_table <- charger("donnees.xls", feuille=2)} | \dontrun{Ma_table <- charger("donnees.xls", feuille=2)} | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{desc_global} | \name{desc_global} | ||||
\alias{desc_global} | \alias{desc_global} | ||||
@@ -8,40 +9,31 @@ desc_global(table, html = "desc_global", titre = NULL, variables = NULL, | |||||
note = NULL, nbdec = 1) | note = NULL, nbdec = 1) | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{html}{Nom du fichier html, par defaut | |||||
"desc_global.html"} | |||||
\item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc_global.html"} | |||||
\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif | |||||
global de nom_de_la_table"} | |||||
\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Descriptif global de nom_de_la_table"} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, | |||||
par defaut toutes les variables contenues dans la table} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a | |||||
exclure de la description} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la description} | |||||
\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, | |||||
\%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et | |||||
max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} | |||||
\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} | |||||
\item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs | |||||
manquantes, par defaut TRUE} | |||||
\item{miss}{Booleen : afficher ou non les valeurs manquantes, par defaut TRUE} | |||||
\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} | |||||
\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} | |||||
\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par | |||||
defaut 1} | |||||
\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1} | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Produit un tableau descriptif d'une table | Produit un tableau descriptif d'une table | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Permet de produire un tableau descriptif des variables | |||||
contenues dans la table. Si les labels et formats sont | |||||
definis et charges ils seront utilises pour peupler le | |||||
tableau. Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output | |||||
Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table. | |||||
Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. | |||||
Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{ | \dontrun{ | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{desc_groupe} | \name{desc_groupe} | ||||
\alias{desc_groupe} | \alias{desc_groupe} | ||||
@@ -8,49 +9,36 @@ desc_groupe(table, groupe, param = character(0), html = NULL, | |||||
"\%/moy", "et"), note = NULL, nbdec = 1, pourcent = "total") | "\%/moy", "et"), note = NULL, nbdec = 1, pourcent = "total") | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{groupe}{Nom de la variable qualitative a utiliser | |||||
pour la comparaison} | |||||
\item{groupe}{Nom de la variable qualitative a utiliser pour la comparaison} | |||||
\item{param}{Vecteur de noms de variables considerees | |||||
comme parametriques} | |||||
\item{param}{Vecteur de noms de variables considerees comme parametriques} | |||||
\item{html}{Nom du fichier html, par defaut | |||||
"desc_groupe_nomdelavariable.html"} | |||||
\item{html}{Nom du fichier html, par defaut "desc_groupe_nomdelavariable.html"} | |||||
\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Comparaison | |||||
selon nom_de_la_variable"} | |||||
\item{titre}{Titre du tableau, par defaut "Comparaison selon nom_de_la_variable"} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer, | |||||
par defaut toutes les variables contenues dans la table | |||||
moins celle servant de comparateur} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a comparer, par defaut toutes les variables contenues dans la table moins celle servant de comparateur} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a | |||||
exclure de la comparaison #'} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la comparaison | |||||
#'} | |||||
\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, | |||||
\%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et | |||||
max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} | |||||
\item{stats}{Vecteur de valeurs a calculer, parmi N, \%, \%/moy, moy, \%/med, med, et, ic95, Q1, med, Q3, min et max. Par defaut c("N","\%/moy","et")} | |||||
\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} | |||||
\item{note}{Note de bas de page, par defaut vide} | |||||
\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par | |||||
defaut 1} | |||||
\item{nbdec}{Nombre de decimales apres la virgule, par defaut 1} | |||||
\item{pourcent}{Pourcentages pour les variables | |||||
qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), | |||||
par defaut sur le total} | |||||
\item{pourcent}{Pourcentages pour les variables qualitatives, en colonnes ("col") ou en lignes ("row"), par defaut sur le total} | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Produit un tableau comparatif par groupe | Produit un tableau comparatif par groupe | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Permet de produire un tableau comparatif des variables | |||||
contenues dans la table passee en parametre selon les | |||||
modalites d'une d'entre elles. Si les labels et formats | |||||
sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le | |||||
tableau. Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output | |||||
Permet de produire un tableau comparatif des variables contenues dans la table passee en parametre selon les modalites d'une d'entre elles. | |||||
Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. | |||||
Le fichier de sortie est place dans ../HTML Output | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{ | \dontrun{ | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{diagnostic} | \name{diagnostic} | ||||
\alias{diagnostic} | \alias{diagnostic} | ||||
@@ -6,32 +7,23 @@ | |||||
diagnostic(table, variables = NULL, variables_neg = NULL) | diagnostic(table, variables = NULL, variables_neg = NULL) | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{table}{Table a utiliser} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, | |||||
par defaut toutes les variables contenues dans la table} | |||||
\item{variables}{Vecteur de noms de variables a decrire, par defaut toutes les variables contenues dans la table} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a | |||||
exclure de la description} | |||||
\item{variables_neg}{Vecteur de noms de variables a exclure de la description} | |||||
} | } | ||||
\value{ | \value{ | ||||
Un vecteur contenant les variables considerees comme | |||||
parametriques | |||||
Un vecteur contenant les variables considerees comme parametriques | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Produit un tableau descriptif de la table et des graphiques | |||||
pour la verification des conditions d'utilisation des tests | |||||
satistiques | |||||
Produit un tableau descriptif de la table et des graphiques pour la verification des conditions d'utilisation des tests satistiques | |||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Permet de produire un tableau descriptif des variables | |||||
contenues dans la table. Si les labels et formats sont | |||||
definis et charges ils seront utilises pour peupler le | |||||
tableau. La fonction renvoie un vecteur de noms de | |||||
variables considerees comme parametriques apres un test de | |||||
normalite de Shapiro-Wilk. Le fichier est cree dans le | |||||
repertoire temporaire. Il est possible de le sauvegarder | |||||
avec ses graphiques a partir du navigateur. | |||||
Permet de produire un tableau descriptif des variables contenues dans la table. | |||||
Si les labels et formats sont definis et charges ils seront utilises pour peupler le tableau. | |||||
La fonction renvoie un vecteur de noms de variables considerees comme parametriques apres un test de normalite de Shapiro-Wilk. | |||||
Le fichier est cree dans le repertoire temporaire. Il est possible de le sauvegarder avec ses graphiques a partir du navigateur. | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{ | \dontrun{ | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{label} | \name{label} | ||||
\alias{label} | \alias{label} | ||||
@@ -18,21 +19,19 @@ label(objet) <- value | |||||
\method{label}{data.frame}(objet) <- value | \method{label}{data.frame}(objet) <- value | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{objet}{L'objet a nommer} | |||||
\item{objet}{L'objet a nommer} | |||||
\item{value}{Le texte de l'etiquette} | |||||
\item{value}{Le texte de l'etiquette} | |||||
} | } | ||||
\value{ | \value{ | ||||
Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de | |||||
l'objet | |||||
Renvoie une chaine de caracteres contenant l'etiquette de l'objet | |||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet | Attribuer ou recuperer l'etiquette d'un objet | ||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette | |||||
d'un objet ou d'un element d'un objet. Il est possible de | |||||
supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction. | |||||
Methode par defaut pour acceder et modifier l'etiquette d'un objet ou d'un element d'un objet. | |||||
Il est possible de supprimer l'etiquette en passant NULL a la fonction. | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
a <- c(18,25,23,32) | a <- c(18,25,23,32) | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{loadFormatsFromFile} | \name{loadFormatsFromFile} | ||||
\alias{loadFormatsFromFile} | \alias{loadFormatsFromFile} | ||||
@@ -6,33 +7,30 @@ | |||||
loadFormatsFromFile(dataframe, file_format, file_attrib) | loadFormatsFromFile(dataframe, file_format, file_attrib) | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{dataframe}{The dataframe to which you want to | |||||
assign labels} | |||||
\item{dataframe}{The dataframe to which you want to assign labels} | |||||
\item{file}{The flat file from which to load the label | |||||
data} | |||||
\item{file}{The flat file from which to load the label data} | |||||
} | } | ||||
\value{ | \value{ | ||||
The dataframe with label attributes | The dataframe with label attributes | ||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Loads factor levels from flat files and applies them to the | |||||
provided dataframe | |||||
Loads factor levels from flat files and applies them to the provided dataframe | |||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
This function takes a dataframe and assigns factor levels | |||||
to the corresponding variables. Two files must be provided | |||||
: One describing the formats to be used (permitting the | |||||
re-use of a defined format), which must be formatted like | |||||
so: value format_name value0_in_data_frame = 'Label for | |||||
level 0' value1_in_data_frame = "Label for level 1" and so | |||||
on. As shown, both single and double quotes are accepted. | |||||
The value before the equal sign can be numeric (categorical | |||||
coding) or text for recoding. The other file assigns | |||||
defined formats to variables in the dataframe. It must be | |||||
formatted like so: var1 var2 var3 varN format=format_name | |||||
with one line for every assigned format. As always, be | |||||
careful of the case sensitiveness. | |||||
This function takes a dataframe and assigns factor levels to the corresponding variables. | |||||
Two files must be provided : | |||||
One describing the formats to be used (permitting the re-use of a defined format), which must be formatted like so: | |||||
value format_name | |||||
value0_in_data_frame = 'Label for level 0' | |||||
value1_in_data_frame = "Label for level 1" | |||||
and so on. | |||||
As shown, both single and double quotes are accepted. | |||||
The value before the equal sign can be numeric (categorical coding) or text for recoding. | |||||
The other file assigns defined formats to variables in the dataframe. It must be formatted like so: | |||||
var1 var2 var3 varN format=format_name | |||||
with one line for every assigned format. | |||||
As always, be careful of the case sensitiveness. | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{df <- loadFormatsFromFile(df,"formats.txt","attribformats.txt")} | \dontrun{df <- loadFormatsFromFile(df,"formats.txt","attribformats.txt")} | ||||
@@ -1,3 +1,4 @@ | |||||
% Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand | |||||
\encoding{UTF-8} | \encoding{UTF-8} | ||||
\name{loadLabelsFromFile} | \name{loadLabelsFromFile} | ||||
\alias{loadLabelsFromFile} | \alias{loadLabelsFromFile} | ||||
@@ -6,25 +7,22 @@ | |||||
loadLabelsFromFile(dataframe, file) | loadLabelsFromFile(dataframe, file) | ||||
} | } | ||||
\arguments{ | \arguments{ | ||||
\item{dataframe}{The dataframe to which you want to | |||||
assign labels} | |||||
\item{dataframe}{The dataframe to which you want to assign labels} | |||||
\item{file}{The flat file from which to load the label | |||||
data} | |||||
\item{file}{The flat file from which to load the label data} | |||||
} | } | ||||
\value{ | \value{ | ||||
The dataframe with label attributes | The dataframe with label attributes | ||||
} | } | ||||
\description{ | \description{ | ||||
Loads label values from a flat file and applies them to the | |||||
provided dataframe | |||||
Loads label values from a flat file and applies them to the provided dataframe | |||||
} | } | ||||
\details{ | \details{ | ||||
This function takes a dataframe and adds label attributes | |||||
to the variables. The file must be formatted like so : | |||||
variablename = "Label for the variable" with one line per | |||||
variable As always, be careful of the case sensitiveness | |||||
and the use of double quotes ! | |||||
This function takes a dataframe and adds label attributes to the variables. | |||||
The file must be formatted like so : | |||||
variablename = "Label for the variable" | |||||
with one line per variable | |||||
As always, be careful of the case sensitiveness and the use of double quotes ! | |||||
} | } | ||||
\examples{ | \examples{ | ||||
\dontrun{df <- loadLabelsFromFile(df,"labels.txt")} | \dontrun{df <- loadLabelsFromFile(df,"labels.txt")} | ||||