Commentaires pour code folding + ajout durée rss dans requête webpims

donnees.R

@@ -20,7 +20,7 @@ if (length(arguments) != 13)
   mois <- as.numeric(arguments[13])
 }
 
-# Récupération des fichiers ePMSI
+# Récupération des fichiers ePMSI ----
 print("1/9 - Connexion à ePMSI")
 connectOvalide(CHUuser, CHUpass, ATIHuser, ATIHpass)
 print(str_c("2/9 - Téléchargement du tableau de", mois, annee, sep = " "))
@@ -49,7 +49,7 @@ read.csv2("listOvalide.csv") %>%
   names(OvalideP) <<- .$name
 }
 
-# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU
+# Récupération des données ePMSI de 2015 fusionnées CCEG-CHU ----
 if (annee == 2016)
 {
   load("Ovalide.Rdata")
@@ -57,11 +57,11 @@ if (annee == 2016)
   rm("CCEGCHU2015")
 }
 
-# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées.
+# Nettoyage des fichiers extraits. Les archives sont conservées. ----
 unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee, mois, "html", sep = "."))
 unlink(str_c("OVALIDE T2A.MCO.DGF", annee - 1, mois, "html", sep = "."))
 
-# RUM + structure + calcul durée de séjour
+# RUM + structure + calcul durée de séjour ----
 print("5/9 - LIVENNE : RUM et structure")
 src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
   tbl(sql("SELECT finess, idhosp, idrss, idrum, date_entree, date_sortie, cmd, um FROM fix116
@@ -89,12 +89,12 @@ src_mysql("pmsi_dim", "localhost", user = user, password = password) %>%
   left_join(group_by(., idrss) %>%
             summarise(duree_rss = sum(duree_rum))) -> rum
 
-# CLOS14 Hémato
+# CLOS14 Hémato ----
 rum %<>%
   mutate(pole_libelle = ifelse(pole_libelle == "CLOS14 HEMATOLOGIE", "SPECIALITES MEDICALES", pole_libelle),
          service_libelle = ifelse(service_libelle == "CLOS14 HEMATO.S.INTENSIFS", "SERVICE HEMATOLOGIE", service_libelle))
 
-# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs
+# Création des RSSs des 3 dernières années à partir des RUMs ----
 print("6/9 - Création des RSS")
 rum %>%
   group_by(idrss) %>%
@@ -104,7 +104,7 @@ rum %>%
          mois_sortie = month(date_sortie)) %>%
   filter(annee_sortie > annee - 3) -> rss
 
-# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS
+# Sélection uniquement des RUMs appartenant aux RSS ----
 print("7/9 - Sélection des RUMs")
 rum %<>%
   right_join(rss %>% select(idrss, annee_sortie, mois_sortie))
@@ -112,7 +112,7 @@ rum %<>%
 # Exhaustivité ----
 print("8/9 - Exhaustivité")
 exhau_pims <- read_csv("exhau_pims.csv")
-names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie")
+names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie", "Duree")
 
 exhau_pims %<>%
   mutate(Sortie = Sortie %>% as.Date) %>%