Format export webpims

README.md

@@ -32,7 +32,7 @@ Il convient pour le moment d'**archiver** le rapport précédent dans le sous-r
 
 ### Acquisition des données
 
-Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **Exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (format par défaut : séparateur = ",") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script.
+Une première étape manuelle consiste à utiliser la requête Business Objects **Exhaustivite.wid** présente dans le répertoire et de sauvegarder le fichier csv (choisir les options de format : encodage en UTF8, séparateur = ";") sous le nom **exhau_pims.csv** dans le répertoire du script.
 
 Le script **donnees.sh** appelle le script **donnees.R** qui récupère les autres données depuis les différentes sources (base de données MySQL sur livenne et données ePMSI sur le site de l'ATIH). Il nécessite un appel en ligne de commande avec les paramètres suivants :
 * nom d'utilisateur de session CHU

donnees.R

@@ -159,7 +159,7 @@ exhau[exhau$mois == mois,]$manq <- gam %>% nrow
 save(exhau, file = "exhau.Rdata")
 
 # Données extraites de web100T pour l'exhaustivité par service
-exhau_pims <- read_csv("exhau_pims.csv", locale = locale(encoding = "ISO-8859-1"))
+exhau_pims <- read_csv2("exhau_pims.csv")
 names(exhau_pims) <- c("Pole", "Service", "RUM", "DP", "Erreur", "Sortie")
 
 exhau_pims %<>%